Перед отъездом из Комо Муссолини написал Кларетте Петаччи, что постарается перебраться в Швейцарию с немецкими солдатами, и уговаривал ее тоже попытаться бежать. Она убедила брата Марчелло везти ее на своем «альфа-ромео» вдогонку за немецкой колонной, в которой ехал Муссолини. Их сестре Мириам с новым любовником удалось бежать в Испанию. Марчелло же и Кларетту остановили партизаны, опознали и отвезли в Донго, присоединив к Муссолини и взятым в плен вместе с ним его сотрудникам.
В Донго Муссолини отделили от остальных пленников. Кларетта отказалась его покинуть, поэтому их обоих отвели в Джульяно-ди-Медзегра и посадили под стражу в фермерском доме. Бомбаччи, Марчелло Петаччи и других пленных расстреляли тут же, у озера в Донго. Последними словами Бомбаччи были: «Да здравствует Муссолини! Да здравствует социализм!» Другие видные фашисты, в том числе Фариначчи, были также захвачены в плен и расстреляны партизанами на месте. Прециози и его жена выпрыгнули из окна с пятого этажа, чтобы их не схватили и не отдали на расправу евреям.
Рассказы о том, что происходило с Муссолини в последние часы его жизни, очень противоречивы. Самой достоверной, пожалуй, является официальная версия. Национальный совет Сопротивления постановил, что Муссолини по совокупности содеянного должен быть казнен. Когда Тольятти, находившийся в Риме, услышал, что партизаны захватили в плен Муссолини, он по радио отдал приказ коммунистам — членам Национального совета Сопротивления не допустить, чтобы он попал живым в руки англичан или американцев. Как только личность его будет установлена, он должен сразу же быть казнен. Отношение Тольятти вполне объяснимо: слишком многие английские и американские политики в прошлом восхваляли Муссолини за его рвение в борьбе с коммунизмом.
Итальянские антифашисты не верили, что британские и американские власти накажут фашистских преступников. Действительно, из всех фашистов, осужденных в 1945 году за военные преступления, союзники казнили только одного: генерала Никола Белломо. Он приказал расстрелять пытавшегося бежать английского военнопленного. Белломо был казнен, несмотря на то что он оказывал потом услуги союзникам, воюя на их стороне. Но смертный приговор Кессельрингу, приказавшему расстрелять 335 итальянских заложников в Ардеатинских пещерах, был смягчен.
В течение многих лет считалось, что коммунистический лидер в Национальном совете Сопротивления, Луиджи Лон-го, отдал приказ о немедленной казни Муссолини без согласования с председателем совета генералом Кадорной. Однако недавно приказ о расстреле Муссолини был найден, и он был подписан Кадорной. Вполне возможно, что в 1945 году коммунистам не составляло большого труда убедить Кадорну сделать то, что они хотели.
Командир партизан-коммунистов, чей боевой псевдоним был полковник Валерио, командовал казнью. Настоящее его имя было Вальтер Аудизио. Впоследствии он стал коммунистическим депутатом в Палате депутатов в Риме. Днем 28 апреля он направился в дом, где Муссолини и Кларетта провели предыдущую ночь, и повел Муссолини на перекресток дорог неподалеку от дома. И снова Кларетта отказалась его оставить, поэтому они забрали ее с собой. Полковник Валерио зачитал смертный приговор Национального совета Сопротивления и вместе с товарищами расстрелял Муссолини и Кларетту. После первого выстрела Муссолини был только ранен, а пистолет-пулемет заело. Но они прикончили его из другого пистолета. Кларетта была убита первым выстрелом. Это произошло в 4.30 пополудни.
Недавно появились еще две версии случившегося. Согласно одной, Муссолини был убит британским секретным агентом, который, по одному рассказу, был британским солдатом итальянского происхождения и звался Сальваторе, а по другому — капитаном Малкольмом Смитом. Сальваторе, или Смит, убил Муссолини по приказу британского правительства, чтобы предотвратить разоблачение во время возможного суда над военными преступниками, что он поддерживал тайную переписку с Черчиллем в течение всей войны. Эта история не только ничем не подтверждена, но и абсолютно невероятна. Если письма Черчилля были настолько разоблачающими и порочащими его репутацию, что британское правительство готово было убить Муссолини, лишь бы не допустить разоблачения на суде, Черчилль, во-первых, никогда бы их не написал. Во-вторых, совершенно ясно, что Муссолини мог во время войны много раз показать их Гитлеру или опубликовать в немецких и итальянских газетах.
