На третьем году обучения умер его товарищ Иоганн Гиллер. Немедленно в учебных целях было проведено вскрытие, и именно Фридрих вел на нем протокол: «Легкие были тут и там воспалены и покрыты мелкими гранулами. На верхней части левого легкого было нечто гнойное». Без сомнения, причиной смерти стал туберкулез. Вскоре после этого случая умерло еще двое его товарищей по школе, и у одного из них было обнаружено то же заболевание. Но Фридрих как врач не сделал никакого вывода о возможных последствиях для себя. Вместо этого он как поэт написал «Элегию на смерть юноши».
Шиллер окончил свое пятилетнее обучение без звания доктора, но с многочисленными наградами. После этого он два года работал военным врачом, пока в 1782 году не удалился ради своего писательского призвания в Мангейм. В целом он занимался медициной семь лет, и его можно назвать квалифицированным врачом, однако лечение, которое он сам себе назначал в случае болезни, было обычно до легкомыслия неверным. И семя своей ранней смерти он посеял еще во время занятий медициной.
Фридрих Шиллер, по свидетельству его сестры, «с самого раннего возраста был нежным ребенком», и тяжелые детские болезни протекали у него особенно остро. Хотя он и получил направление в военную академию, там ему стало еще хуже. Один товарищ сказал о нем: «Чрезвычайно больное и слабое тело не позволяло ему еще до сих пор проявить своих способностей». В течение первых двух лет в высшей школе он семь раз лежал в лазарете, чаще всего с кашлем и «катаром легких».
Сыграло свою роль и то, что после трудного учебного дня поэт до поздней ночи сидел за своей литературной работой. Правда, в одной из своих выпускных медицинских работ, «Связь плотской природы человека с его духовной природой», Шиллер писал о том, что «любое состояние духа в свое время вызывает, как следствие, определенное состояние тела», но для себя самого он не извлек из этого никакого урока. На его жизнь повлияли во многом два фактора: слишком много работы и слишком мало отдыха. Шиллер чересчур далеко выходил за те границы, которые ему предписывало его слабое тело.
После своей непродолжительной службы в качестве военного врача он отправился в Мангейм: ему пришлось оставить армию, так как его начальникам не понравилась постановка «Разбойников». Мангейм показался ему наиболее подходящим местом для предполагаемого изгнания, поскольку его пьесы ставились в городском театре. Но там правила бал «холодная лихорадка»: тысячи горожан заболевали малярией. Она поразила и молодого писателя. Вероятно, увидев, как режиссер его театра был насмерть залечен врачом, Шиллер постановил, что впредь сам будет за собой ухаживать. Фридрих прописал себе кремортартар (винный камень), супы на воде и кору хинного дерева, которую он ел как хлеб.
Его пищеварительная система была сильно ослаблена, и на выздоровление ушло гораздо больше времени, чем предполагалось. Его отец, бывший врач-травматолог, не мог прийти в себя от возмущения: «То, что он целых восемь месяцев провозился с малярией, не делает его образованию никакой чести. И, без всякого сомнения, если бы он взялся кого-то лечить, он довел бы пациента до худшего возможного состояния, поскольку и сам не придерживается предписанной диеты и режима».
В мае 1789 года Шиллер начал читать лекции в качестве профессора философии Йенского университета. Но вскоре после этого он был вынужден прекратить свою преподавательскую деятельность из-за заболевания дыхательных путей. Насморк и кашель преследовали его всю жизнь. Когда 22 февраля 1790 года Шиллер женился на Шарлотте фон Легенфельд, он заметил, что «его проблемы со здоровьем перекочуют и в брак». Ему стоило хорошо это запомнить. Уже в начале 1791 года, в возрасте тридцати двух лет во время пребывания в Эрфурте он пережил воспаление легких.
В какой-то момент в его страданиях образовалась пауза. Ответственный профессор приехал назад в Йену, чтобы продолжить свои университетские лекции. Но 13 января случилась катастрофа: Шиллер начал кашлять кровью и гноем, и чрезвычайно сильная лихорадка свалила его с ног. Среди студентов, дежуривших при нем, был юный Новалис — он умер несколько лет спустя от туберкулеза.
