С самого начала своей деятельности в Сколково Вексельберг стал привлекать к его работам Израиль. В июле 2011 г. он именно с этой целью посетил Израиль. 7 декабря 2011 г. в Москве он провел несколько часов в беседе с министром иностранных дел Израиля Авигдором Либерманом, который приехал на встречу с президентом «Сколково» сразу же после своих переговоров с президентом Путиным. На встрече обсуждались перспективы взаимодействия «Сколково» с израильскими исследовательскими центрами и частными структурами в сфере высоких технологий. К маю 2011 года в проекте участвовали 50 компаний, объем одобренных государственных инвестиций на тот момент превышал три миллиарда рублей, объем привлеченных внешних инвестиций составил более полумиллиарда рублей. К июню 2012 года число компаний-резидентов зоны «Сколково» достигло пятисот и с тех пор постоянно растет. Основной функцией фонда стало выделение грантов инновационным компаниям, в том числе иностранным. Как выяснилось, Вексельберг активно использовал фонды, выделенные Сколково не только для того, чтобы развивать такие технологии в России, но и для передачи этих денег своим протеже.
«После того как Генпрокуратура нашла в 2012 г. в фонде «Сколково» нарушения на 22 млрд. рублей, под проверку силовиков могут попасть более двух десятков российских и западных компаний, которым наукоград фактически бесконтрольно раздавал десятки и сотни миллионов рублей в виде грантов, займов и по сомнительным контрактам, — писали «Известия» в июне 2012 г. — Теперь Генпрокуратура опасается, что в наукограде могут пропасть еще 125 млрд. рублей, которые планируется выделить в ближайшие годы из бюджета на его развитие» («Известия» 22.10.2013).
По данным следствия, с 2010 по 2012 год фонд получил из госбюджета около 50 млрд. рублей. Никакого контроля над тем, как они тратятся, не было. Воспользовавшись такой свободой, руководство фонда выводило деньги из «Сколково» с помощью теневых финансовых схем: в офшоры, на счета фирм-однодневок, аффилированных компаний и грантополучателей.
Источники в правоохранительных органах рассказали, что фондом «Сколково» было перечислено за период с 2010 по 2011 год около 52,4 млн. рублей на счета иностранных консалтинговых компаний Urlich F Kunz & Partners AG, Jurong Consultants Pte Ltd, UBS Swiss Financial Advisers AG, Maxmakers Ltd, Valode & Pistre Management SA, Pierre De Meuron. Кроме того, 93,5 млн. рублей было переведено на счет российского филиала АО «Ренова менеджмент АГ» (Швейцария), где президентом остается Вексельберг. «По данным прокуроров, еще около 5,7 млрд. рублей было распределено в виде грантов среди «своих» грантополучателей еще до того, как фонд вообще определил порядок распределения дотаций, — отмечали «Известия». — 1,2 млрд. рублей ушло грантополучателям, несмотря на то, что профильное подразделение «Сколково» отказало им в получении денег. Еще 17 грантов на 3,6 млрд. рублей было выделено вообще без обоснованных заявок. В трех случаях прокуратура установила, что члены грантового комитета, а также президент фонда имели личную заинтересованность в этом» (там же).
На гранты покупалась валюта, которую затем переводили за границу или на счета близких Вексельбергу фирм. В 2010–2011 годах фонд «Сколково» купил векселя в АКБ «Мострансбанк», а также ценные бумаги на бирже ММВБ — на брокерский счет в ВТБ24 было перечислено 1,2 млрд. В марте 2012 года фонд заключил два договора на создание небольших рекламных роликов — по 60, 30 и 10 секунд. За работу над роликами «Сколково» заплатил 54 млн. рублей. Однако исследование рыночных цен показало, что реальная стоимость работ не превышает 5 млн. рублей. Таким образом, ущерб составил свыше 49 млн. рублей. На одни только консультации за два года фонд «Сколково» израсходовал около 600 млн. рублей, из которых 400 млн. были растрачены из-за завышенной стоимости консультационных услуг. Некоторые грантополучатели вывели деньги в фирмы-однодневки и офшоры — на счета руководителей компаний. 1,2 млрд. руб. грантовых денег были выделены при отрицательном заключении профильного кластера, 3,6 млрд. руб. — без экспертизы обоснованности заявок» («Известия» 22.10. 2013). В ходе следствия вскрывались все новые факты, и доследственная проверка выяснила, что 145 млн. рублей, выделенных фонду «Сколково» государством, были переведены «дочке» Реновы и некоторым другим иностранным фирмам.
