Директор НИИ-88 К. Н. Руднев поручил конструкторскому коллективу ОКБ и лично Королёву заняться разработкой ракеты на высококипящих компонентах топлива. Но главный конструктор считал такие ракеты неэффективными, а направление – неперспективным и искал какую-то возможность делегировать всю ответственность за выполнение этого поручения. Янгель, который к тому времени уже занял на основании приказа министра Устинова должность заместителя главного конструктора, знал о нелюбви военных к жидкому кислороду, понимал, что страна нуждается в принципиально новом виде вооружения и в противоположность Королёву считал, что будущее ракетной техники именно за топливом на основе высококипящего окислителя. Он выручил главного конструктора, взяв на себя ответственность за разработку ракеты Р-11 на долгохранимых компонентах топлива, которой был впоследствии присвоен заводской индекс 8А61.
Теперь Янгелю приходилось решать все больше серьезных задач и нести ответственность за целый ряд направлений деятельности – чрезвычайно стрессовая работа не оставляла ему не минуты свободного времени, забирала все силы и энергию. Так как доминирующим было мнение, что создание и проведение успешных испытаний такой ракеты невозможно, то считалось, что Янгель просто оказал услугу Королёву, позволив ему сосредоточить внимание на разработке Р-5, первых расчетах будущей межконтинентальной Р-7, организации серийного производства Р-1 и Р-2 и прочих насущных задачах. Королёв полагал, что ракета Р-11 повторит судьбу Р-101 – проекта зенитной ракеты на высококипящих компонентах топлива, предназначенной для запуска с борта подводных лодок. Р-101 была разработана на базе трофейной немецкой ракеты Wasserfall, но вследствие выявления проблем с системой наведения была признана неэффективной и в сентябре 1951 года передана в ОКБ-301 С. М. Лавочкина.
На самом же деле Янгель по-настоящему верил в это направление. Преследуя цель добиться высокой боеготовности, он сделал ставку на высококипящее топливо (керосин Т-1) и окислитель АК-20И, представляющий собой раствор АК-20И («меланж» от фр. melanger – «смешивать») 20 % азотного тетраоксида в азотной кислоте с добавкой ингибитора – йода. Но проблема заключалась в том, что азотная кислота – очень агрессивное химическое соединение, смертельно опасное для человека. Для его изготовления, хранения и транспортировки требовались дорогостоящие материалы, а работа с ним была крайне опасна. Поиск решений проблем, связанных с созданием этих материалов, поддержанием стабильности компонентов топлива на протяжении всего времени их нахождения в топливных баках и пр. требовал отдельного крупного финансирования, поэтому всю затею с ракетами на долгохранимых компонентах топлива в КБ было принято считать нерациональной и неперспективной. Таким образом, спустя совсем небольшой период времени после появления Янгеля в ОКБ № 1, он вступил в «идеологическое» противостояние со своим главным конструктором. Королёв работал с низкокипящим жидким топливом, считал, что нельзя уменьшать импульс работы двигателя, а в качестве окислителя для горения низкокипящих спиртов использовал жидкий кислород. И он имел резон: оба компонента топливной пары «керосин – кислород» были дешевы и доступны, ракеты на этом топливе успешно прошли испытания, были запущены в массовое производство – так зачем же тратить деньги, время и энергию на создание чего-то еще, если то, что есть, хорошо работает? Но Янгель же настаивал на том, что боеготовность ракет должна быть сильно увеличена, что с таким вооружением страна не готова к реальным боевым действиям и что необходимо разработать более простые и надежные в эксплуатации ракеты – на долгохранимых компонентах топлива.
Тем временем постановление о внедрении в серию Р-1 и Р-2 реализовывалось на Днепропетровском автомобильном заводе, где в этой связи сразу же образовался ряд проблем. Производство, неподготовленное к работе с таким инновационным видом техники, не справлялось с задачей и срочно требовало помощи из Москвы. Назначенный главным конструктором завода № 586 (именно так стал называться завод после передачи его Министерству Вооруженных сил) В. С. Будник не смог наладить выпуск технической документации для серийного производства Р-1 и Р-2, и тогда Королёв решил командировать в Днепропетровск Янгеля, уже показавшего себя талантливым организатором. Работы по Р-11 на время отошли на второй план: в апреле 1952 года Янгеля назначили ответственным за освоение ракет и направили в УССР курировать серийное производство Р-1 и Р-2.