Среди событий последних лет жизни нашего академика наиболее интересна борьба с Таубертом из-за адъюнкта Шлёцера и вторичная попытка добиться утверждения нового регламента для университета.
Шлёцер, прослужив в Академии четыре года адъюнктом истории, стал требовать себе должность профессора, причем указывал на предложение Геттингенского университета занять в нем кафедру.
В доказательство своей состоятельности Шлёцер представил два плана: первый из них – “Мысли о способе разработки древней русской истории” – подразумевал написание истории России согласно методу автора, но по собраниям и сочинениям Мюллера, Ломоносова и Татищева; второй план предполагал составление популярных руководств по истории, географии и статистике. Понятно, что ни Мюллер, ни Ломоносов не могли примириться с тем, чтобы молодой ученый работал над материалами, ими собираемыми и издаваемыми. Следует заметить, что Шлёцер был самого неуживчивого и сварливого характера и в то же время крайне высокого мнения о самом себе и своих знаниях. Самолюбие Ломоносова было задето, и он поднял целое гонение на молодого ученого. Академик писал, что у Шлёцера нет достаточных сведений о российских древностях, что похвалы иноземцев в этом случае ничего не значат, так как они сами не сведущи в том, за что хвалят, что, наконец, в Академии нет места профессора по кафедре истории и что он сам пишет русскую историю.
Действительно, Ломоносов еще в 1758-м году написал первую часть “Российской истории”, которая стала печататься в 1763-м, а вышла в свет после его смерти, в 1766 году; кроме того, в 1760 году вышел его “Краткий Российский летописец”. Во время же борьбы со Шлёцером наш академик готовил второй выпуск своей “Истории”.
Когда Шлёцер стал готовиться к отъезду за границу, Ломоносов, относившийся с большой подозрительностью к занятиям молодого ученого, подал донесение в Сенат о том, что у Шлёцера есть русские рукописи, издание которых предосудительно для России. Шлёцера сейчас же задержали, не выдавали ему паспорта, обыскивали и так далее. Все это тянулось до тех пор, пока не вмешалась в дело сама Екатерина II, которая именным указом назначила Шлёцера профессором Академии и в то же время разрешила ему свободный доступ ко всем древним спискам в библиотеках.
Преобразовательные меры императрицы относительно воспитания детей и учреждения для них учебных заведений побудили и графа Разумовского дать распоряжение канцелярии, чтобы Ломоносов и Тауберт “обще или, если не согласятся, то порознь, приглася каждому к себе из г.г. профессоров кого пожелают, учинить проекты, во-первых, на каком основании академическому ученому корпусу по нынешнему состоянию и впредь быть должно, а потом и прочим департаментам порознь, токмо б располагаемая сумма не превосходила апробованного штата…”
Ломоносов, радуясь, что наконец-то исполнятся его заветные мечты, взялся за это дело с обычной своей настойчивостью и горячностью. Из-под пера его посыпались опять проекты, которые немногим отличались от составленных им 10 лет тому назад. Все силы нашего ученого были направлены на то, чтобы сделать из Академии вполне русское учреждение и избавить ученое общество от гнета канцелярии. Но и на этот раз старания Ломоносова не увенчались успехом.
Хотя проекты нашего ученого никогда не были осуществлены полностью, но все-таки некоторые из них были после смерти его приняты. Когда директором Академии наук стал граф Владимир Орлов, академическая канцелярия была тотчас же уничтожена, управление ученым обществом передано членам его и все заведения по части художеств и ремесел отделены от Академии. В этом бесспорно следует видеть одну из крупных заслуг Ломоносова перед русским обществом.
Последние два года наш знаменитый писатель все чаще и чаще стал недомогать. Иногда по нескольку недель подряд он не выходил из дому. 7 июня 1764 года императрица, узнав о болезни Ломоносова, посетила его на дому вместе с княгиней Дашковой и некоторыми из придворных. Не велев докладывать о своем приезде, императрица прямо прошла в его кабинет, где и застала Ломоносова сидящим у своего письменного стола в глубокой задумчивости. Императрица видела, что силы великого человека иссякают, и старалась ободрить его. Она приглашала его к себе обедать и уверяла, что у нее щи будут такие же горячие, как подает ему его хозяйка. Ломоносов отблагодарил государыню за ее визит восторженными стихами, которые и преподнес ей при ее отъезде из его дома.
