Гоголь все пристальней стал вглядываться в окружающий его мир, изучать русские характеры. «Я стал знакомиться с людьми, от которых мог чему-нибудь научиться и разузнать, что делается на Руси: старался наиболее знакомиться с такими опытными практическими людьми все сословий, которые обращены были лицом ко всяким проделкам внутри России. Мне хотелось сойтись с людьми всех сословий и от каждого что-нибудь узнать».
В результате такого изменения замысла получилось, что Пушкин, ожидавший от автора комического повествования, не только не смеялся, слушая первые главы «Мертвых душ», но воскликнул под конец чтения: «Боже, как грустна наша Россия».
В 1840 году в Риме Гоголь значительно переработал текст. Первые главы он диктовал В. А. Панову, последующие — прибывшему в Рим П. В. Анненкову, который вспоминал: «Ежедневно после завтрака направлялись мы в разные стороны до условного часа, когда положено было сходиться домой для переписки поэмы. Тогда Гоголь крепче притворял внутренние ставни окон от неотразимого южного солнца, я садился за круглый стол, а Николай Васильевич, разложив перед собой тетрадку на том же столе подалее, весь уходил в нее и начинал диктовать мерно, торжественно, с таким чувством и полнотой выражения, что главы первого тома “Мертвых душ” приобрели в моей памяти особенный колорит. Это было похоже на спокойное, правильно разлитое вдохновение, какое порождается обыкновенно глубоким созерцанием предмета. Николай Васильевич ждал терпеливо моего последнего слова и продолжал новый период тем же голосом, проникнутым сосредоточенным чувством и мыслию. Превосходный тон этой поэтической диктовки был так истинен в самом себе, что не мог быть ничем ослаблен или изменен… Случалось, что он прекращал диктовку на моих орфографических заметках, обсуждал дело и, как будто не было ни малейшего перерыва в течении его мыслей, возвращался свободно к своему тону, к своей поэтической ноте».
На протяжении всей творческой работы в Риме над «Мертвыми душами» внимание автора было сосредоточено главным образом на зарисовках дополнительных эпизодов и характеристик, а также на стилистической отделке.
Он 28 декабря 1841 года из Рима пишет С. Т. Аксакову, размышляя над вторым томом поэмы: «Я теперь приготовляю к совершенной очистке первый том “Мертвых душ”. Переменяю, перечищаю, многое перерабатываю вовсе, и вижу, что их печатание не может обойтись без моего присутствия. Между тем дальнейшее продолжение его выясняется в голове моей чище, величественней, и теперь я вижу, что может быть со временем кое-что колоссальное, если только позволят слабые мои силы.
Печатание поэмы было сопряжено с большими цензурными трудностями, которые Гоголь описал в письме к Плетневу от 7 января 1842 года. Цензоры обвиняли автора в том, что «он вооружается против бессмертия», так как «мертвой души не может быть», а когда им доказывали, что речь идет о «ревизских душах», — заявляли, что «этого и подавно нельзя позволить», так как это-де направлено «против крепостного права». Цензура считала «предприятия Чичикова соблазнительным», так как «пойдут другие брать пример и покупать мертвые души».
В конце концов, Гоголь забрал рукопись из Московского цензурного комитета и через В. Г. Белинского послал ее князю В. Ф. Одоевскому с просьбой хлопотать о ней в Петербурге. В середине февраля 1842 года он получил от Плетнева известие о благополучном повороте дела в цензуре, а 9 марта цензор А. В. Никитенко сделал разрешительную надпись.
Петербургская цензура пропустила поэму, однако, в «Повести о капитане Копейкине» увидела уже прямую критику правительственных учреждений. Гоголь по этому поводу писал 9 апреля 1842 года своему другу Прокоповичу: «Выбросили у меня целый эпизод — Копейкина, для меня очень нужный более даже нежели думают они. Я решился не отдавать его никак. Переделал его уже так, что никакая цензура не может придраться. Генералов я всё выбросил и посылаю его к Плетневу для передачи цензору». Под давлением цензуры изменено было и название поэмы («Приключения Чичикова, или Мертвые души»).
