5 февраля и 6 марта в RLM рассмотрели макет кабины разведывательного варианта Me 262. В результате было решено, что один предсерийный самолет будет изготовлен в этом виде.
Тем временем Me 262 VI с 5 августа 1941 г. находился на заводе Мессершмитта и был подготовлен для установки на нем реактивных двигателей. Наконец, в начале марта 1942 г. фирме BMW удалось довести до готовности свои моторы Р 3302, обозначавшиеся позднее в серии как BMW 003. Из соображений секретности, в документах их называли только как Sondertriebwerke (специальная силовая установка). После перевозки первых экземпляров в Аугсбург они были установлены на ожидавший их прототип. При этом был оставлен на прежнем месте мотор Jumo 210G, поскольку опасались, что новый двигатель может преподнести пилоту какой-нибудь сюрприз во время полета. После установки была проведена серия статических прокруток, а самолет подготовлен к первому старту.
25 марта 1942 г. Вендель снова занял свое место в кабине Me 262 VI, запустил двигатели и после долгого разбега взлетел в 19.29. Когда самолет оторвался от земли и находился уже на высоте 50 м, пилот начал убирать шасси. В этот момент, когда указатель уровня топлива показывал величину 100 дм3, подача горючего в левый двигатель стала неравномерной и Вендель отключил его. При этом он нечаянно передвинул также рычаг газа правого двигателя, в результате чего сначала выключился левый, а сразу за ним и правый Р 3302. Спасением оказался оставшийся работать поршневой двигатель, благодаря которому Венделю удалось еще немного подняться и, сделав круг, совершить посадку, правда, с небольшим повреждением шасси. Осмотр двигателей показал, что причиной аварии был дефект металла, из которого были изготовлены лопатки турбины. Другим объяснением были нарушения, вызванные работающим поршневым мотором, чей винт создавал завихрения перед воздухозаборниками реактивных двигателей. Тем не менее лопатки должны были выдерживать даже в таком случае. Ситуация усложнялась тем, что невозможно было устранить этот недостаток за день-другой — требовались длительные исследования и опыты для подбора материала с нужными свойствами. Вендель после прерванного пятиминутного полета утверждал, что разбег самолета чересчур длинный, а ускорение невелико. Поэтому пилот с обычной подготовкой был не в состоянии пилотировать новую машину. Демонтаж двигателей, отправленных на завод BMW для детального анализа причин аварии, на длительный срок приковал к. земле Me 262 VI. Специалистов фирмы BMW очень долго после этого не видели в цехах Мессершмитта…
Результатом неудачи первого полета прототипа Me 262 было сокращение заказа RLM до пяти машин. Переданное Мессершмитту 29 марта 1942 г. распоряжение содержало, однако, и обещание возобновить заказ при позитивном решении проблем с двигателями. За три дня до этого, 26 марта, специалисты провели экспертизу макета кабины разведывательного варианта, предложив сделать в ней ряд улучшений и изменений. Однако решение о постройки такой версии было также отложено. Для Мессершмитта стало очевидным, что — на данный момент — на двигатели BMW рассчитывать нет резона и надо думать о новой силовой установке. Простейшим выходом было использование первоначального проекта разведчика, в котором предусматривались двигатели Юнкерса Jumo 004.
Me 262 A-1a (W.Nr. 130167), обозначавшийся как V167, использовавшийся между прочим для испытаний дисковых тормозов.
Отдел фирмы Юнкерс, занимающийся моторами, начал работать в 1923 г. и назывался Junkers Motorenbau (сокращенно Jumo). Спустя некоторое время между подразделениями фирмы началось соперничество, в котором главные роли играли: профессор Герберт Вагнер, шеф отдела самолетных конструкций, делом чести для которого было создание своего реактивного двигателя, и Отто Мадер — его оппонент из Jumo. Оба отдела — самолетный и моторный — в 1936 г. объединились, но даже после этого Вагнер не прекратил работы над газовой турбиной для авиадвигателя. Для их реализации он даже создал тайный отдел в Магдебурге под руководством Макса Адольфа Мюллера.