Как только императрица начала выздоравливать, в одном из своих замков принц Альберт Саксонский, муж эрцгерцогини Марии-Кристины почувствовал первые признаки болезни. Однако его удалось спасти.
21 июля, когда болезнь, казалось, была уже побеждена, императорская семья в полном составе присутствовала на благотворительной акции в соборе Святого Стефана в Вене. Полным ходом шли приготовления к празднествам, посвященным свадьбе эрцгерцогини Жозефины с королем Неаполя. Мария-Терезия сидела рядом с послом Франции. «Вчера в Шенбрунне состоялся большой прием. Императрица, так же как и эрцгерцогини, принимала участие в игре. В тот момент, когда игра была окончена, посол Испании и я подошли к столику, где играла эрцгерцогиня Антуанетта, — писал Дюрфор. — Немного погодя к нам подошла императрица: „Я очень рада видеть здесь вас обоих“. Затем она обратилась к испанскому послу: „Я надеюсь, что она добьется своего; мы с вами можем говорить более откровенно, так как, — добавила она, — посол Франции мне ничего не говорит“. Я высоко ценю юную принцессу, и молчание, что я хранил, лишь свидетельствовало о проявлении глубокого уважения к тем качествам, которыми она наделена. Наконец, я лишь притворяюсь, что не слышу того, что я на самом деле прекрасно слышу», — добавил он, немного смущаясь. Указания, поступающие из Версаля, были весьма формальны. «Король желает, чтобы вы действовали очень осторожно, до тех пор пока обстоятельства не изменятся», — предостерегал Шуазель.
Вскоре оспа снова настигла императорскую семью. Смертельно заболела эрцгерцогиня Жозефина, как раз в тот день, когда должна была обручаться по доверенности в Вене с королем Неаполитанским. Эрцгерцогиня Елизавета, заболевшая почти одновременно со своей сестрой, выжила, но на лице остались ужасные следы. Сразу же после того как тело Жозефины было погребено в семейном склепе, Мария-Терезия устроила брак короля Неаполитанского с другой своей дочерью Марией-Каролиной, а также брак Марии-Амелии с инфантом Пармским. Итак, оставалось лишь уладить дело со свадьбой Марии-Антуанетты.
Весть о свадьбе Марии-Каролины очень огорчила Марию-Антуанетту, так как она теряла своего самого близкого друга. Обе они были немного ленивы и очень смешливы, поэтому эрцгерцогини никогда не разлучались. Они постоянно над чем-то хихикали и подолгу шептались. Уважая дружбу двух сестер, их привязанность и любовь, императрица решила все же разлучить их, начиная с августа. «Я запрещаю вам иметь всякие секреты и вести тайные разговоры… — писала она Марии-Каролине. — Все эти „секреты“, впрочем, лишь язвительные замечания в адрес ваших родственников или учителей. Я предупреждаю вас о том, что за Вами будут строго следить, и желаю, чтобы Вы как старшая вели себя более благоразумно и благотворно влияли на Вашу сестру»
Несмотря на строгий присмотр, сестры продолжали вести уединенные беседы. Однако час их разлуки уже пробил. Обе они были сильно опечалены, но все же в день свадьбы в апреле 1768 у них были приветливые и веселые лица. В своих письмах к графине Лерхенфельд, которая заменила графиню Брандесс, Мария-Каролина всегда вспоминала свою младшую сестру. «Пишите мне обо всем, что касается Марии-Антуанетты, что она говорит, что делает, даже о чем она думает. Я умоляю Вас, любите ее, это так важно для меня», — просила молодая королева через неделю после отъезда из Вены. «Прошу Вас передайте моей сестре, что я очень ее люблю», — добавляет она позднее. «Ничто не доставит мне большего удовольствия как известие о том, что мою сестру ждет счастье. Я испытываю к ней столько нежности, и когда представляю, что сестру ждет моя судьба, я хочу написать ей целые тома писем и признаться, что страдаю словно тайный мученик, который должен всегда выказывать довольство собой», — писала она 13 августа 1768 года, разочаровавшись в супружеской жизни.
Хотя императрица и не получала никаких вестей от французского двора, граф де Мерси-Аржанто, ее новый посол во Франции при дворе Людовика XV, периодически беседовал с Шуазелем и обнадеживал МариюТерезию. С начала 1768 года она решила завершить образование своей дочери, которой только что исполнилось тринадцать лет. Она поручила Глюку научить ее игре на клавесине, а Новеру — версальским придворным танцам. Оба учителя хвалили принцессу за успехи, но были ли они искренни? Мария-Антуанетта проявляла интерес скорее к урокам Новера, чем к занятиям Глюка.
