Король и его семья отныне считались политическими преступниками, их вина с каждым днем становилась все тяжелее. 29 сентября им передали решение о переводе короля в тюремную башню. На следующий день Марии-Антуанетте не разрешили ужинать с мужем. После долгих просьб королева получила разрешение находиться вместе со своей семьей, по крайней мере, на время обеда. Через три недели уже всех узников перевели в тюремную башню. Новые апартаменты состояли из двух этажей, первый и второй в общей сложности по четыре комнаты, меблированные довольно просто. Обои в гостиной навевали мысли о тюрьме. Окна забраны толстыми решетками, тяжелые занавеси совсем не пропускали воздух. Несмотря на печное отопление, там было холодно, и король заболел. Королева и Елизавета ухаживали за ним вместе с Клери, пока тот тоже не свалился. Женщинам добавилось работы.
Новый муниципалитет, избранный 2 декабря, ужесточил содержание заключенных. У них отобрали ножи, ножницы и все режущие предметы. Несмотря на строгий контроль и притеснения властей, королевская семья получала известия, которые их вовсе не радовали (эвакуация союзных войск из Лонги и Вердена, оккупация Майнца и Франкфурта французскими войсками). А вот о том, что Конвент готовил процесс над Людовиком XVI, они не знали. В то время, как депутаты обсуждали правомочность этого процесса, Ролан, министр внутренних дел, заявил, что он неизбежен. Во дворце Тюильри, в апартаментах короля, он нашел тайник с компрометирующими документами, в частности письма Мирабо. Документы доказывали, что Людовик XVI предпринимал подрыв революционной политики. Они доказали отношения короля с эмигрантами и тайные переговоры с Австрией. Итак, положение короля, мягко выражаясь, ухудшилось. 3 декабря Конвент принял решение вызвать Людовика XVI на заседание. Была организована комиссия по расследованию «преступлений» Людовика, которые легли в основу обвинения. Таковы были новости, которые Клери передал своему хозяину. Ни король, ни королева не подозревали, что на процессе Конвентом будут поставлены политические и юридические вопросы. Они вообще ничего не знали о желаниях Конвента в том декабре 1792 года.
11 декабря с 5 часов утра послышался шум. Король, королева и Елизавета поняли, что процесс начался. Завтрак прошел в полной тишине под неусыпным надзором стражей. Людовик XVI и его близкие смогли переброситься лишь несколькими словами. Дофинчик с умилительным выражением лица попросил отца поиграть с ним. Король согласился, однако идиллия длилась недолго. За Людовиком пришли. Ребенка отвели к матери. Король должен был подчиняться мэру Парижа, который сопровождал его до Конвента. Марии-Антуанетте было объявлено лишь, что ее муж отправился на заседание Конвента. Вечером, несмотря на выраженный королем протест, ему запретили вернуться к жене и детям. Мария-Антуанетта ничего не знала из того, что происходило в Собрании. Все следующие дни короля по-прежнему запирали в его комнате, не давая возможности перемолвиться словом с близкими. Клери отчаянно пытался узнать хоть что-нибудь. Правдами и неправдами ему удалось передать несколько записок. 14 декабря Мария-Антуанетта узнала, что король встречался с Малезербом. Только и всего. С тех пор как короля заперли, у королевы часто случались нервные припадки, она часами плакала навзрыд, не имея возможности взять себя в руки. Клери удалось поговорить с королем и он изо всех сил старался убедить Марию-Антуанетту, что депутаты заинтересованы в депортации короля в какую-то нейтральную страну, например Испанию. 19 декабря Людовику XVI было разрешено встретиться с дочерью по случаю ее дня рождения. Принцессе исполнилось 14 лет. Первого января преданный Клери от имени короля пожелал всей семье счастливого Нового года…
Королеву парализовали страх и непроходящая тревога. Она знала, что 26 декабря короля допрашивал Конвент и суд был неминуем. Так получилось, что Людовик сообщил ей о наказании, которому он будет подвергнут. Королева ожидала этого, тем более, что вечером 20 января 1793 года ей было, наконец, разрешено встретиться с ним, мадам Елизаветой и ее детьми. Все бросились в объятия короля: несколько минут никто не мог произнести ни слова из-за непрекращающихся рыданий. Наконец, они успокоились и в течение двух часов разговаривали полушепотом. Тюремщики, следившие за ними через стеклянную дверь, ничего не могли услышать. В четверть одиннадцатого король встал. Людовик XVI и Мария-Антуанетта, каждый держал дофина за руку. Принцессы обняли их. Все плакали. «Уверяю вас, — сказал им король, — завтра в девять утра я снова увижу вас». «Вы обещаете?» — в один момент, не сговариваясь, спросили они все вместе. — «Да, я обещаю». — «Почему не в семь часов?» — спросила королева. «Ах, да! Ну, конечно, в семь часов, — ответил король. — Прощайте». Он обнял их всех и ушел в свою комнату. Рыдая, принцессы разошлись по своим комнатам. Дрожа от ужаса, Мария-Антуанетта легла спать, не раздеваясь. С шести утра она ждала, что за ней придут, чтобы отвести ее к королю. Но никто не пришел. Аббат, который был с королем в последние минуты его жизни, посоветовал ему не встречаться с семьей. Это было бы ужасно! Послушав своего исповедника, король позвал к себе Клери: «Скажите королеве, моим любимым детям и моей сестре, что я обещал встретиться с ними утром, но я хочу избежать страданий от этой ужасной разлуки; сколько же это стоит мне — уехать и не проститься с ними, не обнять их в последний раз. […] Я поручаю вам… попрощаться с ними от моего имени». Он отдал ему шейный платок для сына и обручальное кольцо — для жены. «Скажите ей, я оставляю ее с большой мукой в сердце», — добавил он. И срезал локон — Марии-Антуанетте. Клери удалось обмануть охрану и передать послание короля.
