После Богдана Хмельницкого началось разложение казачества, потерявшего уже свое прежнее значение. Из среды однородного населения выделилась войсковая канцелярия; занимаемые ее членами должности, прежде выборные, теперь фактически сделались наследственными. Вместе со своим возвышением члены канцелярии обнаруживали стремление уравняться в правах с панами и подчинить себе массу, почему и тянули к аристократической Польше.
С другой стороны московское правительство систематически сокращало вольности воевод, проводя на выборах своих кандидатов, наконец, разными милостями склоняя на свою сторону гетманов. Все это вызывало беспрерывные смуты и частую смену гетманов. Представителями интересов старшины являются преемник Хмельницкого Выговский и сын его Юрий Хмельницкий, которые передались Польше. Произошло разделение Малороссии на право– и лево-бережную. Последняя осталась верна Москве и утвердилась за ней, по Андрусовскому договору в 1667 г., после второй войны России с Польшей.
За указанными гетманами в левобережной Украине следовали: избранный на черной раде Брюховецкий, впоследствии убитый казаками за излишнюю угодливость Москве, и Многогрешный. В гетманство Многогрешного Москве удалось ввести воевод в Киев, Переяслав, Чернигов и Остр. После Многогрешного был избран гетманом Иван Самойлович.
На правой стороне Днепра также происходила в это время постоянная смена гетманов. Один из них – Петр Дорошенко – предложил турецкому султану Магомету IV подчинить Малороссию на условиях вассального государства. Это вызвало войну России и Польши с Турцией. По Бахчисарайскому миру в 1681 г. правый берег Днепра утвердился за Турцией, а левый – за Россией. Левобережная Украина была признана за Москвой также на вечном мире России с Польшей в 1686 г. Новая попытка образовать из Малороссии автономное государство была сделана преемником Самойловича – Мазепой. Задумав отделение от России, Мазепа вел тайные переговоры с польским королем Станиславом Лещинским, а в 1708 г., когда шведский король Карл XII вступил в пределы Малороссии, – передался ему. Благодаря энергичным мерам Меньшикова, за Мазепой последовало, однако, очень немного казаков. После Полтавской победы в 1709 г. Петр Великий принял решительные меры, чтобы обеспечить себя от двуличной политики гетманов, которая едва не привела к печальному исходу войну со шведами. Гетманское управление было подчинено контролю, для чего при преемнике Мазепы Скоропадском был назначен особый чиновник. Кроме того, важное значение, получила генеральная войсковая канцелярия, которая представляла собой всегда послушное орудие в руках правительства. Наконец, верховное управление по делам малороссийским было передано особой Малороссийской коллегии.
После смерти Скоропадского временно гетманские обязанности исправлял Полуботок. Вскоре он вызвал неудовольствие Петра и был заключен в Петропавловскую крепость. С тех пор до Петра II управление сосредотачивалось в Малороссийской коллегии. Подчиняя управление Малороссией центральному правительству, Петр Великий и в других отношениях старался поставить край в одинаковые условия с остальными областями России. С целью уравнения малорусского казачества с прочим населением, Петр Великий поселял среди малорусов пришлый, чуждый им элемент. Так, в 1711 г. близ Харькова были отведены земли молдаванам, пришедшим с князем Кантемиром, в 1723 г. были поселены близ Тора сербы, наконец, земли по Айдару (Старобельский у.) были отданы острогожским казакам.
При Петре II была уничтожена Малороссийская коллегия, и управление перешло ко вновь избранному гетману Даниилу Апостолу. Вместе с тем был проведен ряд реформ: казаки получали подтверждение прежних вольностей, было произведено следствие о местностях, составлен «сборник прав, по которым судится малорусский народ», переведено на русский язык магдебургское право. Реформы эти, однако, не могли воскресить прежней Малороссии, тем более что они сопровождались мерами совершенно противоположными, а именно широкой раздачей земель русским вельможам. Последние привозили с собой из центральных великорусских местностей своих крестьян, с которыми постепенно и уравнивалось малороссийское население.
