От этого удара судьбы и от несправедливой бессердечной реакции мужа Элеонора уже не сумела оправиться. Несмотря на усилия врачей, сделавших все возможное для спасения жизни императрицы, ее воля к жизни оказалась сломленной. Слишком поздно Фридрих отправил ее на лечение на воды, и горячие ванны не принесли Элеоноре улучшения. Напротив, состояние больной ухудшалось день ото дня, и все с ужасом поняли: ей суждено вскоре умереть. Глаза императрицы закрылись навсегда 3 сентября 1467 г. в венском Нейштадте, ей исполнился 31 год. Всю жизнь Максимилиан скорбел о ней. В лице матери он потерял единственного человека, неизменно окружавшего его любовью.
Элеонора нашла последнее место упокоения в Нейклостере. Памятник из аднетского мрамора — творение известного скульптора Никласа Герхерта ван Лейдена — представляет умершую императрицу в образе святой. Эпитафия «Столь смиренной жены, как я, еще никогда не знала земля» идеально подходит ей.
Колокола не возвещали о рождении второго сына императора 22 марта 1459 г., так как в этот день, согласно старой христианской традиции, все колокола «улетали в Рим». Но в истории Габсбургов эта дата незабываема благодаря комете, просиявшей в ночном небе, и Максимилиану, озарившему эту эпоху подобно яркой звезде. Именно он основал мировую империю, над которой потом долго не заходило солнце.
Осторожный отец поручил знаменитейшему математику, астроному и астрологу того времени, Региомонтану, составить гороскоп на момент рождения ребенка. И хотя гороскоп оказался не вполне благоприятным, Максимилиан всю жизнь ориентировался по нему, принимая важные решения.
Максимилиану исполнилось восемь лет, когда его любимая мать упокоилась в могиле. Ее смерть означала для чувствительного ребенка настоящую катастрофу, ведь Элеонора горячо любила сына, а кроме того, ей удалось убедить упрямого мужа в необходимости найти для мальчика с богатой фантазией воспитателей, способных подобрать нужные меру и тон в общении с ним. В ее присутствии Максимилиан чувствовал себя уверенно, она день и ночь заботилась о его телесном и душевном благополучии, и он не испытывал страха в опасных ситуациях.
Элеонора хотела воспитать детей — Кунигунду и Максимилиана — настоящими людьми и добрыми христианами. Поэтому, согласно ежедневному распорядку дня, дети осознанно вместе с ней исполняли религиозные обязанности, благоговейно совершали молитвы и посещали мессу. Такова была воля и ее набожного супруга. Подобным воспитанием Элеонора заложила в детях основу веры в Бога. Взрослый Максимилиан веровал по своему разумению, иногда сильно расходясь во мнениях с католической церковью. Нежная мать двумя тихими словами или одним взглядом могла призвать к благоразумию своего подчас неуправляемого сына. Но Максимилиан не мог припомнить ни одного случая бесполезной строгости, и только после ее смерти познакомился, к сожалению, с совсем другими методами воспитания.
После ранней смерти первого сына, Кристофа, родители стали считать Максимилиана, лежавшего в императорской колыбели, наследником Фридриха. Для мальчика, крещенного через три дня после рождения, 25 марта, в церкви Святого Георгия в венском Нейштадте, выбрали богатого крестного отца, могущественного воеводу Николаса Уйлаки, друга короля, пользующегося абсолютным доверием Фридриха. На Николаса, одного из немногих, он мог слепо положиться — большая редкость по тем временам.
Максимилиан был еще ребенком, когда Фридрих после долгих колебаний решил перенести резиденцию правительства из Нейштадтской крепости в Вену из-за сложной политической обстановки. Присутствие в городе самого императора не отменило тайных происков его брата. Фридрих по своему обыкновению не слишком следил за развивающимися в Вене событиями, поэтому все произошло так, как задумал Альбрехт: императорская семья оказалась заперта в крепости, под угрозой для жизни. Максимилиану тогда не исполнилось и трех лет. Разразился грандиозный скандал: император Священной Римской империи и его семья — узники венских горожан! Так как Фридрих категорически отклонил капитуляцию, следовало готовиться к долгой осаде с минимальными шансами на успех. Запасов продовольствия явно не хватало, потому что никто прежде не видел смысла в долгосрочном хранении припасов. Чем дольше длилось затворничество, тем меньше оставалось еды, и в один прекрасный день слугам императорской семьи пришлось начать охоту на домашних животных. Голод утоляли жареными собаками и кошками и даже вареными певчими птицами. Максимилиан на всю жизнь запомнил людей, под угрозой смерти помогавших его семье в этой трудной ситуации. Позже, уже имея власть и почет, он воздал за все добрые поступки, совершенные ими для маленького мальчика. Многие не могли понять, почему Максимилиан предоставил богатый приход бывшему студенту Кронбергеру. А он именно так выразил благодарность за помощь, оказанную Кронбергером голодающей императорской семье в Вене. Семья находилась тогда в унизительном положении. Никогда Элеонора не могла и вообразить себе подобных обстоятельств.
