Приказом НКВД СССР № 0033 от 28 января 1936 г. было объявлено о передаче Управления коменданта Московского Кремля из состава НКО СССР в состав НКВД СССР. Этим же приказом комендантом Московского Кремля был назначен комдив Ткалун П.П.
— На основании постановления СНК СССР от 3 марта 1938 г. в составе НКВД СССР было организовано Главное управление строительства шоссейных дорог (ГУШОСДОР). Его начальником был назначен Г.И.Благонравов (с 5 июля 1936 г. — комиссар гб 1 ранга).
— 15 марта 1936 года А.Г.Горянов был освобожден от должности начальника Отдела лесной охраны НКВД СССР, а сам этот отдел был включен в состав ГУРКМ НКВД СССР на правах самостоятельного отдела. Начальником Отдела лесной охраны ГУРКМ НКВД СССР был назначен С.Ф.Белоногов.
— 26 июня 1936 года на основании постановления СНК СССР в состав НКВД СССР было включено Центральное управление мер и весов, которое вскоре было переименовано в Главное управление мер и весов (Главмервес) НКВД СССР (врио начальника — Г.К.Карманов).
— 26 сентября 1936 г. Генеральный комиссар гб Г.Г.Ягода был освобожден от должности наркома ВД СССР и назначен наркомом связи СССР. 3 апреля 1937 г. постановлением ЦИК СССР он был отстранен от этой должности и арестован. Военной коллегией Верховного Суда СССР 13 марта 1938 г. Г.Г.Ягода был приговорен к расстрелу. В прошении о помиловании в адрес Президиума Верховного Совета (ЛВС) СССР от 13 марта 1938 г. он написал: "Вина моя перед родиной велика. Не искупить ее в какой-либо мере. Тяжело умирать. Перед всем народом и партией стою на коленях и прошу помиловать меня, сохранив мне жизнь". Ходатайство было отклонено и 15 марта 1938 г. Г.Г.Ягода был расстрелян.
— 26 сентября 1936 года наркомом ВД СССР был назначен Н.И.Ежов.
С приходом в НКВД СССР Н.И.Ежова там произошли следующие перестановки на ключевых постах:
— 29 сентября 1936 г. комиссар гб 1 ранга Г.Е.Прокофьев был освобожден от должности заместителя наркома ВД СССР и назначен первым заместителем наркома связи СССР;
— первый заместитель наркома ВД СССР комиссар гб 1 ранга Я.С.Агранов 29 декабря 1936 г. был назначен начальником ГУГБ НКВД СССР, но был на этом посту недолго: 15 апреля 1937 г. он был назначен начальником 4 отдела ГУГБ НКВД СССР и 17 мая 1937 г. освобожден от должности заместителя наркома ВД СССР;
— 29 сентября 1936 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен начальник ГУЛАГа, комиссар гб 3 ранга М.Д.Берман;
— 16 октября 1936 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен начальник ГУПВО комкор М.П.Фриновский, а 15 апреля 1937 г. он стал первым заместителем наркома ВД СССР и начальником ГУГБ НКВД СССР;
— 3 ноября 1936 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен начальник ГУРКМ комиссар гб 2 ранга Л.Н.Бельский;
— 15 апреля 1937 г. заместителем наркома ВД СССР стал начальник 1 отдела ГУГБ НКВД СССР комиссар гб 3 ранга В.М.Курский;
8 июля 1937 г. застрелился начальник 3 отдела и заместитель наркома вн. дел СССР комиссар государственной безопасности 3 ранга В.М.Курский, приказом НКВД СССР № 1153 от 11 июля 1937 г. он был исключен из списков личного состава НКВД СССР за смертью.
— 7 августа 1937 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен начальник ГУРКМ комдив В.В.Чернышов;
— 16 августа 1937 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен старший майор гб М.И.Рыжов;
— 8 января 1938 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен старший майор гб С.Б.Жуковский;
— 29 января 1938 г. заместителем наркома ВД СССР был назначен комиссар гб 1 ранга Л.М.Заковский (одновременно он возглавил УНКВД по Московской области).
Прошел год после снятия с должности наркома внутренних дел СССР Г.Г.Ягоды и назначения на эту должность Н.И.Ежова. Выступая 20 декабря 1937 г. на торжественном заседании по случаю 20-летия со дня организации ВЧК-ОГПУ-НКВД, А.И.Микоян так оценил работу Н.И.Ежова на посту наркома внутренних дел СССР: "… товарищ Ежов Николай Иванович, прийдя в НКВД, сумел быстро улучшить положение в НКВД закрепить его и поставить на высшую ступень работу НКВД в кратчайший срок… Ежов создал в НКВД замечательный костяк чекистов, советских разведчиков, изгнав чуждых людей, проникших в НКВД и тормозивших его работу".