Он немедленно вернулся через Бенгальский залив и вечером 22 сентября появился у Мадраса, обстрелял там цистерны с нефтью, сделав по ним 130 выстрелов, поджег и уничтожил таким образом 450 000 галлонов топлива. На берегу были убиты 5 чел. и ранены 12. Когда береговые батареи открыли огонь, «Эмден» скрылся невредимым и затем появился перед французским портом Пондишери. Тут он едва ускользнул от «Хемпшира» и «Тикумы», которые находились поблизости, а несколько дней спустя поступили сообщения, что он находится у западного берега Цейлона, где он с 25 по 27 сентября захватил 6 судов, 5 из которых потопил, а шестое с командами отправил в порт. После этого Мюллер принял правильное решение — удалиться на Мальдивские острова, где он погрузился углем у одного мало посещаемого острова; затем он пошел на юг к островам Чагос, где население ничего не знало о войне, и там кренговал и чистил свой корабль, точь-в-точь как это делали в старину пираты.
Перехватив британскую радиограмму: «Путь Аден-Коломбо совершенно безопасен», «Эмден» решил нанести туда визит и проделал это настолько успешно, что о 16 по 20 октября захватил 6 британских судов (одно из них с грузом ценностью свыше чем в 200 000 фунтов) и еще одно отправил в порт с командами. 21 октября он необыкновенно удачно избежал встречи с «Хемпширом», который искал его и прошел вблизи него, не заметив из-за шквалов с дождем. Между тем 12 октября два угольщика Мюллера были захвачены крейсером «Ярмут» около голландского острова Сималер, к западу от Суматры; оба они протестовали, ссылаясь на то, что находятся в нейтральных водах. Один из них — греческое судно «Понтопорос» — был приведен в Сингапур, другой — «Маркомания» — был потоплен. Оба находились вне трехмильной полосы, и, хотя голландцы утверждали, что их территориальные воды простираются дальше, британский командир не признал этой претензии, да и голландское правительство серьезно ее не поддерживало.
Теперь «Эмден» пересек Индийский океан и, погрузившись по пути углем с одного из захваченных им судов у Никобарских островов, 26 октября направился в Пенанг. На одном из остановленных им пароходов Мюллер узнал, что военные корабли союзников, находящиеся в этой незащищенной гавани, очень плохо охраняются*. С фальшивой четвертой трубой и окрашенный в цвет британских кораблей «Эмден» рано утром 28 октября подошел к Пенангу под британским военным флагом. Подойдя на 2 каб. к стоявшему там на якоре русскому легкому крейсеру «Жемчуг» (бортовой залп из четырех 120-мм орудий, 3130 т, 21 узел) и подняв германский флаг**, «Эмден» пустил в «Жемчуг» торпеду и вслед за тем начал осыпать его залпами. Торпеда попала в «Жемчуг», и от артиллерийского огня он загорелся; «Эмден», развернувшись, выпустил вторую торпеду, раздался сильный взрыв и «Жемчуг» пошел ко дну через каких-нибудь 15 мин после открытия «Эмденом» огня. Как раз в то время, когда германский крейсер уходил, показался британский пароход, который немедленно получил приказание остановиться, но тут появился на сцене возвращавшийся из дозора французский эскадренный миноносец «Мускэ», небольшой корабль водоизмещением в 298 т, вооруженный всего лишь одной 9-фунтовой (65-мм) и шестью 47-мм пушками и двумя 380-мм торпедными аппаратами. Его появление спасло британский пароход.
«Мускэ» доблестно вступил в безнадежный бой с «Эмденом» и очень скоро был потоплен. Мюллер весьма человечно отнесся к оставшимся в живых, подобрал их, оказал им полное внимание, а затем полным ходом ушел. Потери на «Жемчуге» составили 91 убитыми и 108 ранеными. Впоследствии командир и старший помощник были присуждены военным судом к строгому наказанию за непринятие мер предосторожности. 3 других слабых французских корабля (старая торпедно-канонерская лодка и 2 миноносца), находившихся в гавани, не приняли участия в бою, а если бы и приняли, то погибли бы бесцельно. На эскадренном миноносце «Мускэ» 43 чел. погибли и 36 были взяты в плен, из последних 5 вскоре умерли от ран.
После этого смелого дела «Эмден» пошел на запад к Никобарским островам, захватив по пути британский пароход — свой последний приз, который он отправил с пленными в порт на Суматре. В последний раз он принял уголь вблизи одного из маленьких островов к западу от Суматры, всего произведя за свое плавание 11 угольных погрузок. 5 ноября он пошел к Зондскому проливу, затем повернул и направился к Кокосовым островам маленькой группе островков в Индийском океане, где Мюллер намеревался разрушить кабельную станцию. Это был с его стороны опрометчивый поступок, так как он должен был бы догадаться, что в Индийском океане его ищут многочисленные союзные военные корабли. Правда, он не мог знать, что как раз в это время целая союзная эскадра находилась вблизи, занятая конвоированием транспортов с австралийскими и новозеландскими войсками. Радиопереговоры стали редки, и те, которые удавалось перехватить, были кодированы, так как англичане установили теперь строгую радиодисциплину.
