Атакованный десятком английских самолетов, "Гебен" в 10 ч. 30 м. 20 января наконец вошел в Дарданеллы, но беды его на этом не закончились. В 11 ч. 32 м. у Нагары перед проходом через ворота в сетевых заграждениях командир крейсера капитан 1-го ранга Штойцель перепутал сигнальные буи и на 15-узловом ходу выскочил на одноименную банку с глубиной 5 метров. Все попытки сойти с мели собственными силами не увенчались успехом.
П оложение корабля было очень серьёзным, так как он оставался вне сетевого заграждения, был открыт для атаки с воздуха и мог быть обстрелян перекидным огнем из Саросского залива.
Обстрел из Саросского залива, начавшийся вечером 24 января 1918 г. (из 152мм орудий с двух или трех кораблей) давая недолеты до 1000 м был безрезультатным. За 6 дней, в течение которых "Гебен" сидел на мели, на него было совершено 276 налетов и сброшено, по английским данным, 15,5 т взрывчатых веществ. По подсчетам немцев, было сброшено 180 бомб, но только две из них попали в корабль (1,1% попаданий), одна в заднюю трубу, другая в противоторпедную сеть по левому борту, при этом один человек был ранен.
Линейный крейсер "Гебен" на мели у Нагары (Фото вверху). "Гебен" у Севастополя.
Все турецкие миноносцы, даже самого малого водоизмещения, были привлечены к круглосуточной противолодочной обороне линейного крейсера."Гебен" прочно сидел носом на песчаной банке одной пятой длины своего корпуса. Для облегчения работы машин и буксиров было затоплено несколько кормовых отсеков, боеприпасы из носовых погребов перенесли в корму. Но всё было бесполезно – сняться с мели "Гебену" не удавалось.
Тогда к нему подвели старый турецкий броненосец "Тургут Рейс" (бывший немецкий "Вайсенбург"), который по предложению одного турецкого офицера поставили на правом крамболе "Гебена" кормою; вращение винтов броненосца должно было размыть песчаную банку. Через 24 часа работы винтов "Тургут Рейса" и усилий двух буксиров к полудню 26 января 1918 г. его удалось стянуть с мели. 27 января линейный крейсер встал на якорь в Константинополе и находился там до конца апреля 1918 г.
Характер повреждений корпуса "Гебена" от мин в литературе не освещен, но известно, что все мины были английского образца, с зарядом весом 100 кг. Взрыв первый мины произошел по левому борту впереди мостика, но отделение бортового торпедного аппарата повреждено не было. Взрыв второй мины произошел тоже по левому борту немного впереди барбета левой бортовой башни, вероятно, в том же самом месте, что и взрыв мины в 1914 г. Второй взрыв прогнул противоторпедную переборку и выбил несколько заклепок, но котлы заднего котельного отделения по левому борту не пострадали. Взрыв третьей мины произошел по правому борту на уровне заднего машинного отделения. Он также прогнул противоторпедную переборку, но меньше, чем взрыв второй, и турбина низкого давления правого борта также не пострадала.
2 мая 1918 г. "Гебен" вместе с легким крейсером "Гамидие" вошел в гавань оккупированного немецкими войсками Севастополя, где почти все русские корабли были покинуты своими экипажами. Они были взяты под охрану немцами. Во время немецкой оккупации Севастополя в июне 1918 г. "Гебен" прошел там докование, но, кроме очистки днища от наростов, мало что было сделано, и ремонт левого переднего минного повреждения опять- таки с применением кессона был произведен в период с 7 августа по 19 октября 1918 г. (за 72 дня) в Константинополе. Другие повреждения не ремонтировались до капитального ремонта в 1926-30 гг.
14 июня 1918 г. он снова выходит в море. После захода 27 июня 1918 г. в Новороссийск, 6 июня 1918 г. он доставил генерал-фельдмаршала Экхорна из Одессы в Севастополь и 12 июля снова прибыл в Константинополь. Военное и политическое положение, сложившееся во второй половине 1918 г., принудило Турцию 1 ноября 1918 г. заключить с Антантой перемирие. На следующий день 2 ноября 1918 г. вице-адмирал Робер-Пашвиц передал линейный крейсер "Гебен" Турции, теперь уже навсегда. Немецкая часть экипажа была отправлена на пароходе в Одессу.
Антанта потребовала передачи ей линейного крейсера для интернирования либо разборки на металл в случае его плохого технического состояния. Но из-за вмешательства Кемаль-Паши не произошло ни того, ни другого. "Гебен" провоевал войну 1914-18 гг. формально турецким кораблем под названием "Явуз Султан Селим" с немецким экипажем на борту и после войны был передан Турции. Корабль в 1919-26 гг. находился в небоеспособном состоянии в Стении, не находя себе применения.