Несмотря на это, общий морской департамент "А" сначала высказался против установки верхней палубы, поскольку это увеличивало силуэт корабля, представляя для противника более заметную цель. Увеличение силуэта корабля бесспорно являлось его значительным недостатком, возникающее при этом смещение тяжелых массо-габаритных частей надстройки сказывалось самым неудачным образом, но все же пришли к решению об установке проходящей через весь корпус бронированной палубы.
По проекту корабль имел высоту надводного борта в носовой части 8,5 м, в середине 6.6 м и у кормы 5,7 м. Это позволяло ожидать достаточно хорошие мореходные качества. Поэтому, по сравнению с носовыми частями других кораблей, ватерлиния "Макензена" была более заметна и имела резко выраженный S-образный поворот. Подъем днища в носовой части не был таким крутым, как у "Г инденбурга".
У "Макензена" башня "А" имела высоту ведения огня 9,2 м над ватерлинией, в то время как у "Дерфлингера" эта величина составляла только 8,2 м, поскольку его верхнюю палубу в носовой части опустили для лучшей остойчивости, чтобы передние башни можно было установить как можно ниже. У "Макензена" башня была значительно тяжелее и находилась на верхней палубе. Так как отношение L/B было еще большим, метацентрическая высота была ниже, чем у "Дерфлингера". Но она все же оставалась еще достаточно большой, поскольку в немецком военно-морском флоте всегда стремились обеспечить высокую остойчивость корабля. С другой стороны, удлинение периода качки при малой метацентрической высоте содействовало улучшению мореходных качеств.
Красиво закругленная бортовая линия палубы "Дерфлингера" была благодаря этому образована так, что пониженная в середине корабля батарейная палуба могла иметь достаточный надводный борт только у форштевня. У "Макензена", напротив, бортовая линия верхней палубы шла к носовой и кормовой частям, при этом не требовалась сильно выгнутая кривая. Фактически верхняя палуба представляла собой на большей части длины корабля прямую, поднимающуюся от кормы до форштевня и только у форштевня имеющую легкий изгиб. Поэтому весь корабль в целом имел, вероятно, мало общих с "Дерфлингером" элементов, но внешне был похож на него.
Проходящая через весь корпус верхняя палуба позволяла обеспечить значительное увеличение используемого под жилье помещения. Поэтому экипаж на корабле мог размещаться "довольно просторно", как и было запланировано. По этой же причине офицерские каюты не были размещены в палубной надстройке, которая, как и на "Дерфлингере", находилась между возвышенными башнями, поскольку для них было достаточно места в корме корабля. Предпочтение отдали установке в этом месте большой вентиляторной шахты котельного отделения таким образом, что бы она непосредственно выходила наверх и при этом боковые стенки шахты образовывали палубную надстройку. В носовой части надстройки располагался постоянно действующий лазарет.
На линейных крейсерах по проекту должны были стоять две дымовые трубы. Передняя труба была сдвинута далеко назад относительно переднего котельного отделения, чтобы таким образом устранить задымление поста управления артиллерийским огнем на фок-мачте.
Для установки поста управления артиллерийским огнем, как и на линкоре "Байерн", выбрали треногую мачту. Пост управления на фок-мачте находился на высоте 37 м над ватерлинией, как у "Гинденбурга" и "Байерна", что ограничивалось только высотой мостов через Кильский канал, максимальная высота которых над уровнем воды составляла 40 м. Для сравнения, у "Шарнхорста" (1934 г.) высота такого же поста над ватерлинией составляла 28,5 м, у "Тирпица" – 30,5 м.
"Эрзац Блюхер" – "Граф Шпее" во время спуска на воду. 15 сентября 1917 г.
Чтобы разместить радиоантенны соответственно требованиям того времени, фок-мачта была оборудована очень длинными стеньгами, а позади второй дымовой трубы пришлось установить еще одну трубчатую мачту без рангоута.
Первоначальное расположение прожекторов по две пары одна над другой изменили. Очевидно, к этому привел печальный опыт сосредоточенной установки прожекторов, который выявился в Ютландском бою. В дальнейшем дополнительно установили ночные посты управления огнем, и из-за этого адмиральский мостик располагался немного выше.