Повышение прочности связей корпуса при возможно меньшем расходе металла привело к применению на “Дерфлингере” продольной системы набора днища, которая также нашла применение в конструкции корпуса новых легких крейсеров, начиная с “Магдебурга”. На “Дерфлингере” это внешне не заметное нововведение явилось значительным шагом вперед.
Напротив, другая новинка стального судостроения была встречена настороженно. Подводные части “Мольтке” и “Зейдлица” были разделены двумя продольными переборками на три части. В отличие от них на “Дерфлингере” была предусмотрена одна средняя продольная переборка. Бортовые продольные переборки, которые, как и подбашенные, проходили дальше в носовую и кормовую части, образовывали значительную жесткую продольно изгибаемую и работающую на скручивание связь. Отказ от бортовых продольных переборок был, вероятно, продиктован условиями размещения котельных отделений или в связи с экономией веса корпуса.
Обращает на себя внимание большое расстояние между кормовыми линейно-возвышенными башнями, которое, правда, уже имело место на японском линейном крейсере “Конго”. Преимущество такого расположения состояло в том, что при случайном попадании обе башни не могли быть одновременно выведены из строя. Между этими двумя башнями размещались два задних турбинных отделения, турбины которых приводили в движение внутренние валы. Два передних турбинных отделения (турбины которых приводили в движение внешние валы) были расположены рядом с погребами боеприпасов кормовой возвышенной башни “С”. При этом экономилась длина целого турбинного отделения.
На ранее построенных немецких линейных крейсерах такое расположение было невозможно, поскольку при перемещении кормовой возвышенной башни к середине корабля из-за недостатка места нельзя было бы разместить ни бортовые башни по диагонали, ни дымовые трубы и надстройки.
Эта экономия помещения делала возможным соответствующее сокращение длины цитадели, которая, как обычно, простиралась от передней до кормовой башни. Тем самым был достигнут целый ряд преимуществ. Понизился общий вес брони, поскольку оконечности корабля всегда были защищены слабее цитадели. Большое отстояние башен от оконечностей корабля уменьшало продольный изгибающий момент корпуса, так как он стал легче или при одинаковом водоизмещении жестче. Это также уменьшало момент инерции корабля относительно вертикальной оси и таким образом при изменении курса улучшало поворотливость.
Но самым важным было то, что концевые башни в процессе проектирования можно было перемещать в широких пределах, так что рядом с их погребами противоминный пояс смог получить большую ширину, поскольку его эффективность в основном зависит от ширины. Если в средней части корабля она по большей части была вполне достаточна, то на уровне концевых башен она неизбежно уменьшалась до недопустимо малой величины. (В качестве примера приведем данные кораблей последующих проектов, а именно “Шарнхорста” (1936 г.): в середине корабля 4,5 м, на уровне башни “А” только 2,4 м , (измеренное на половине осадки). У “Дерфлингера” в этом отношении соотношение являлось более благоприятным, чем у его предшественников, так как расстояние башни “А” от форштевня составляло 54 м, тогда как у “Зейдлица” только 46, а у “Мольтке” 42 м.
Из всего сказанного неясно, почему разработка проекта линейного крейсера “Дерфлингер” не была использована для того, чтобы отделение бортового подводного торпедного аппарата расположить в районе цитадели, то есть каким-либо образом продлить до него противоторпедную переборку. Во всяком случае не было никакой существенной причины, чтобы не обеспечить такую важную для непотопляемости защиту передних бортовых отсеков также и на линейных крейсерах более ранней постройки, за исключением, вероятно, “Блюхера”.
Бронирование, по сравнению с “Зейдлицем", почти не претерпело изменений. В первую очередь было усилено бронирование башни и барбетов соответственно увеличенному калибру орудий.
Главный броневой пояс из крупповской цементированной брони толщиной 300 мм, как и на “Зейдлице” (почти равный величине главного калибра орудий), начинался от переднего края барбета башни “А” и немного заходил за задний край барбета башни “Д”, располагаясь на 1,4 м выше и на 0,4 м ниже главной ватерлинии. Толщина пояса постепенно уменьшалась до 150 мм у его нижней кромки в 1,7 м ниже главной ватерлинии и до 230 мм у верхней палубы. Пояс установили на прокладку из тикового дерева толщиной 90 мм. Поперечные переборки главного пояса имели толщину 250-200 мм.