Броня башен 305-мм орудий успешно выдерживала попадания японских снарядов того же калибра, но часто выходили из строя электроприводы башенных механизмов вследствие нарушения контактов электрических соединений и обрывов кабелей, трассы которых не бронировались. Менее надежными оказались башни 152-мм орудий. Броневые плиты отставали от рубашек. Это указывало на неправильную систему броневых креплений. 50-мм броня палубы и 76.2-мм броня казематов выдерживали разрывы 305-мм фугасных снарядов, впрочем, как и верхний броневой пояс толщиной 152 мм и броня башенных установок.
Однако от сотрясения при взрыве нарушались крепления броневых плит. Они отставали от рубашки, поворачивались вокруг своего центра тяжести и, вдавливаясь в борт, срывались с мест. Именно срыв броневых плит в носовой части верхнего броневого пояса при повторных попаданиях снарядов в одно и то же место способствовал гибели броненосца "Ослябя". Нарушения креплений и срывы броневых плит верхнего броневого пояса, башен 152-мм орудий и боевой рубки наблюдались и на броненосце "Орел".
На большинстве кораблей типа "Бородино" клетчатая конструкция корпуса, расположенная ниже ватерлинии, сохранилась неповрежденной. Поэтому даже с совершенно разбитым небронированным бортом корабли могли оставаться на плаву, если бы они были в состоянии поддерживать вертикальное положение. Однако на большинстве броненосцев отсутствовали специальный пост и оборудование, с помощью которых можно было централизованно осуществлять борьбу за живучесть и быстро выравнивать опасный крен, заполняя водой отсеки противоположного борта.
Серьезным недостатком в конструкции корпуса броненосцев типа "Бородино" было низкое расположение казематов противоминной артиллерии, заимствованное из французского проекта броненосца "Цесаревич". Это выявилось еще в процессе испытаний новых броненосцев. Так, в 1903 г. на ходовых испытаниях броненосец "Император Александр III" на 17-узловом ходу при повороте зачерпнул воду через открытые орудийные порты каземата центральной батареи 75-мм пушек, расположенные на высоте 2,75 м от грузовой ватерлинии, когда крен на циркуляции достиг 15-17°. Только быстрое стопорение машин и перекладка руля на другой борт спасли новый броненосец от опрокидывания.
7 мая 1904 г. броненосец "Орел", находясь в достройке у стенки Кронштадтского порта, при сильном понижении уровня воды в заливе сел одним бортом на грунт, накренившись на противоположный борт. Бронирование еще не было закончено, и в корабль стала поступать вода через отверстия для броневых болтов, увеличивая крен. Когда крен достиг 15°, вода хлынула через порты каземата 75-мм орудий. Только посадка корабля всем корпусом на грунт спасла броненосец от опрокидывания.
Большую опасность для русских броненосцев представляли пожары, так как при постройке применялось значительное количество горючих материалов: настил палубы, мебель, отделка рубок, кают-компаний, жилых помещений офицерского состава, салонов флагмана и командира, а также теплоизоляция бортов и переборок. Это способствовало быстрому распространению пожаров по всему кораблю.
Рассмотренные недостатки броненосцев типа "Бородино" в той или иной степени были присущи всем броненосцам того времени, но усугублялись их перегрузкой. Именно перегрузка, повлиявшая на их важнейшие тактико-технические характеристики, явилась той роковой причиной, которая в конечном итоге привела к гибели новейшие русские броненосцы.
Строительная перегрузка была хронической болезнью русских кораблей. Она возникла вследствие непрерывных изменений, вносимых в процессе проектирования и строительства кораблей, а также неточного учета отдельных статей нагрузки масс. В результате проектный запас водоизмещения быстро исчерпывался, и корабли оказывались перегруженными еще на стапеле. Строительная перегрузка дополнялась эксплуатационной из-за отсутствия промежуточных баз, где можно было пополнить различные запасы, в том числе и топлива.
Перегрузка влекла за собой уменьшение начальной метацентрической высоты и увеличение осадки, что, в свою очередь, приводило к ухудшению остойчивости и погружению главного броневого пояса в воду. По воспоминаниям В.П. Костенко, тогда молодого корабельного инженера, осадка последнего корабля 2-й Тихоокеанской эскадры— эскадренного броненосца "Орел" достигала 8,85м (вместо проектной, равной 7,93 м), а главный броневой пояс ушел под воду, хотя по проекту должен был возвышаться на 1,5 фут выше ватерлинии.
