Как истинный сын своего отечества, Николай Иванович не забывал и об истории родного края. В 1897 г. он опубликовал исторический очерк о городе своего детства Золотоноше, его святых храмах. Он был одним из учредителей Полтавской ученой Архивной Комиссии, основанной 26 октября 1903 г., в которую входили такие видные ученые, как И. Ф. Павловский, JI. В. Падал–ка, В. Василенко и др., занимавшиеся исследованием истории и культуры Полтавщины.
В мае 1898 г. Н. И. Сагарда обратился с письмом к профессору Η. Н. Глубоков–скому, входившему в Совет Санкт–Петербургской духовной академии. В письме высказывалась просьба о представлении научной работы «Первое соборное послание св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Исагогико–экзегети–ческое исследование» на соискание студенческой премии высокопреосвященного митрополита Макария. После рассмотрения Советом Академии вышеуказанного исследования Н. И. Сагарда был удостоен Макарьевской премии.
26 апреля 1904 г. на собрании Совета Академии научное исследование преподавателя Полтавской духовной семинарии было признано вполне достаточным для получения степени магистра богословия и принято к защите. Обсуждение диссертации приурочили ко дню церковной памяти св. Апостола Иоанна Богослова (8 мая). В работе Н. И. Сагарды не только превосходно была выполнена «первая задача экзегета — восстановить текст комментируемого писания», но и тщательно и глубоко объяснены «главнейшие термины и кардинальные идеи апостольской теологии»[20]. Именно профессор Η. Н. Глубоковский давал отзыв на эту работу, особо указав на чрезвычайное обилие источников не только специально–богословского характера, но также и исторической, филологической, этнографической, археологической, географической литературы. Он и экстраординарный профессор о. Тимофей Налимов были назначены официальными оппонентами при защите диссертации. Анализируя научный труд Николая Ивановича, профессор Глубоковский указал, что автор не только выполнил необходимые для магистерской диссертации требования, но и безусловно их превзошел, приблизившись к нормам следующей богословской степени.
Советом Санкт–Петербургской духовной академии Н. И. Сагарда был удостоен степени магистра богословия и 28 июля 1904 г. утвержден в ней указом Св. Синода.
В период трудовой деятельности в Полтаве Николай Иванович неоднократно пытался сменить как место жительства, так и место работы. Мотивом для этого было стремление посвятить себя в полной мере науке. В письме к Η. Н. Глу–боковскому он пишет: «… я всей душой рвусь из Полтавы туда, где можно было бы отдаться научной работе, и труда не боюсь. Потерявши с окончанием диссертации уголок, в котором отдыхал душой от житейских дрязг, я до сих пор не могу ни на чем остановиться, и мятусь, и мучусь…»[21]. Глубоковский по мере возможности пытался помочь Сагарде, и по его протекции Николаю Ивановичу предлагают кафедру гражданской истории, но от занятия ее он отказывается «ввиду материальной обстановки, в которой я должен буду очутиться»[22]. Он пытается устроиться на работу в Московскую семинарию или в любое другое учреждение, подведомственное Св. Синоду, в Москве или Санкт–Петербурге. Однако настоящей мечтой ученого было желание получить место на академической кафедре, которая открывала путь как к материальной независимости, так и к масштабной научной работе, что в перспективе значило бы «…добиться высшей богословской степени»[23].
Вскоре он был избран доцентом кафедры патрологии Санкт–Петербург–ской духовной академии, а с 10 декабря 1905 г сверхштатным экстраординарным профессором этой же кафедры.
В ноябре 1907 г. в Академии прошли чествования, приуроченные к 1500–летию со дня кончины великого Святителя Иоанна Златоуста. На торжественном собрании Академии, куда были приглашены члены Св. Синода, представители столичного духовенства, почетные члены Академии и др., Николай Иванович выступил с речью «Учение св. Иоанна Златоуста о Церкви», посвященной этой знаменательной дате.
В 1908 г. за выслугу лет Н. И. Сагарда указом Правительствующего Сената по департаменту Герольдии был произведен в статские советники. 1 сентября 1909 г. решением Совета академии он утвержден в звании штатного экстраординарного профессора. В 1910 г. Николая Ивановича ввели в состав учрежденной Св. Синодом комиссии при Синодальном Учебном Комитете по пересмотру программ преподавания церковной истории в духовных семинариях и училищах.
