В XVII веке эти ворота представляли собой мощное фортификационное сооружение. Еще в конце XIX века Воскресенские ворота, как пишет современник, «обнаруживали свое первоначальное назначение… Ворота эти сделаны из крепостного тяжеловесного кирпича с железными связями и закрепами. В толстых стенах у обоих проездов еще остались железные пробои от двойных ворот, а в арках — прорехи для опускных решеток, коими запирались эти проезды. Под зубцами воротных стен еще уцелели осадные стоки, через которые осажденные лили на неприятелей кипяток и растопленную смолу, серу и свинец. В двухъярусных палатах и в двух над ними осьмигранных башнях помещались прежде огнестрельные орудия, или так называемый огненный бой, и стояли пушкари и стрельцы в случае нападения врага и осады. Амбразуры, или пушечные и мушкетные бои, обращены потом в окна».
Сейчас около ворот лежит горка старинных пушечных ядер, найденных при земляных работах на Красной площади.
В XVII веке Воскресенские ворота служили входом и въездом на Красную площадь. В отличие от других ворот они имели не одну, а две проездные арки, были украшены каменной резьбой и покрыты золоченой медью.
Через Неглинную к воротам был построен широкий и красивый каменный мост. (Его фрагменты можно видеть в подземном Археологическом музее, находящемся на Манежной площади против Воскресенских ворот.) Мост и площадь перед ним всегда были многолюдны, и лучшего места для Вратарницы нельзя было найти. А кроме того, именно здесь 13 октября 1648 года царь Алексей Михайлович, бояре, священство и народ встречали прибывшую с Афона Иверскую икону Божией Матери.
Мастерская Ф. Я. Алексеева. Вид на Воскресенские ворота и Иверскую часовню. Акварель. 1800-е годы
В 1669 году Иверская икона Божией Матери была установлена в деревянной часовне у Воскресенских ворот, со стороны Красной площади. С этого времени ворота стали называть также Иверскими. В 1680 году при царе Федоре Алексеевиче Неглиненские ворота были отремонтированы и надстроены двумя шатровыми башнями. Над воротами разместили в киотах написанные «добрым письмом» иконы святого великомученика Георгия, святого Федора Стратилата, московских святителей Петра и Алексея. На башне также установили большую праздничную икону Воскресения Христова, и было предписано царским указом отныне называть ворота не Неглиненскими, а Воскресенскими.
Для Иверской иконы Божией Матери построили новую часовню. Ее поставили на внешнюю сторону башни между проездами, где она находится и теперь.
В начале XVIII века деревянную часовню заменили каменной. В 1723 году в связи с указом Петра I о закрытии часовен Иверскую закрыли, после смерти царя ее открыли вновь. В 1782 году была построена новая часовня по проекту М. Ф. Казакова. В 1801 году ее украсили медными вызолоченными пилястрами и гирляндами, на ее крыше был установлен медный ангел с крестом.
Иверская икона Божией Матери обрела в духовной жизни москвичей огромное значение. Ее чудотворная сила изливалась на обращающихся к ней щедро и неиссякаемо. А главное, каждый молящийся перед ней верил, что Богоматерь услышит его и не пренебрежет его просьбой. В старой Москве с полным основанием считали, что нет в Первопрестольной человека, который хотя бы раз в своей жизни не обращался к Иверской в трудную минуту.
«Иверская, пожалуй, была самым почитаемым и доступным образом в Первопрестольной, — пишет современный православный историк в календаре „Москва православная“. — Она составляла предмет благоговейного почитания не только Москвы, но и всей России. Чудотворный образ почитали и старообрядцы, и христиане неправославных исповеданий. С раннего утра и до глубокого вечера двери часовни были открыты для паломников, здесь всегда толпился народ.
О. Кадоль. Воскресенские ворота. Литография. 1820-е годы
В самые ответственные для Российского государства времена, в дни войн и народных бедствий, перед Иверской совершались всенародные молебны, собиравшие десятки тысяч москвичей. Молебны в этом святом месте являлись обязательной частью церемониала посещения Москвы русскими царями. Каждый раз, вступая в город или покидая его, они прикладывались в Иверской часовне к Животворящему кресту и преклоняли колени пред чудотворною иконою». В XIX веке было популярно стихотворение поэта пушкинской поры Е. Л. Милькеева «Молитва Иверской»: