Красная площадь у Казанского собора. Литография. 1840 год
Следуя за армией, карета с Казанской иконой Божией Матери оказалась под Тарутином, где Кутузов разворачивал лагерь русских войск.
Во время своего пребывания в Москве французы ограбили Казанский собор, но он не был разрушен. Площадь перед ним завалило грудами кирпичей от взорванной Никольской башни.
12 октября последние французские части ушли из Москвы, в тот же день была совершена служба в сохранившемся Страстном монастыре. В первых числах ноября в Москву возвратился архиепископ Августин со святынями. 1 декабря по Китай-городу прошли крестные ходы, во время которых Августин освящал краплением воды Москву: «…древний благочестивый град сей, богоненавистным в нем пребыванием врага нечестивого оскверненный». Среди других храмов был освящен и Казанский собор.
XX век, принесший русскому православию — вере, церкви и верующим тяжкие испытания, поругание святынь, страдания и гонения, сравнимые с гонениями, которым подвергались первые христиане, начался страшным и пророческим исчезновением подлинной чудотворной Казанской иконы Божией Матери из ее обители — Богородицкого казанского монастыря.
Утром 29 июня 1904 года служители обнаружили, что из монастырского собора исчезли две иконы: чудотворная Казанской Божией Матери и Нерукотворный образ Спасителя.
Полиции удалось обнаружить непосредственных похитителей — двадцативосьмилетнего крестьянина Варфоломея Стояна, он же Чайкин, и тридцатилетнего крестьянина Комова, а также их сообщников — сожительницу Чайкина и ее мать, которые обвинялись в укрывательстве похищенного, ювелира, купившего золото и жемчуг с окладов икон, и церковного сторожа, который, возможно, содействовал похищению.
Главное желание следователей, игуменьи монастыря, духовных и светских властей заключалось в том, чтобы вернуть святыни. Но сожительница Чайкина, ее малолетняя дочь и мать показали на суде, что они видели, как Чайкин разрубил иконы на мелкие щепки и жег их в печи. При обыске в печи были найдены четыре обгорелые жемчужины, грунтовка с позолотой, два гвоздика, 17 петель, которые, по показаниям монахинь, находились на бархатной обшивке иконы. Сам Чайкин во время следствия отрицал уничтожение им икон, чтобы не отягчать свою вину еще и богохульством, после же приговора признался в этом.
Чайкин представлял собой характерный тип, с которым русскому православию предстояло встретиться в недалеком будущем. Следствие обнаружило еще ряд совершенных им церковных ограблений, правда, он сдирал с икон драгоценные ризы, самих же образов не похищал, что характеризовало его как заурядного уголовника. Между тем он старался представить себя публике «политиком», социалистом, убежденным атеистом, объясняя уничтожение икон тем, что ему «…ужасно хотелось тогда доказать всем, что икона вовсе не чудотворная, что ей напрасно поклоняются и напрасно ее чтят, что … сожгу ее и никакого не случится чуда: сгорит — и все».
После приговора Чайкин сидел в Шлиссельбургской каторжной тюрьме. Следствие по поиску икон продолжалось и после приговора. У следователей не было уверенности в том, что они уничтожены: Чайкин путался в своих показаниях, в уголовном мире ходил слух, что иконы были проданы. Древние иконы имели спрос у коллекционеров, их скупали старообрядцы, поэтому следователи сомневались в том, что Чайкин мог своими руками уничтожить иконы, цена которых превышает цену их оклада.
В 1930-е годы прошел слух, будто Казанская икона Божией Матери была продана большевиками за границу в числе многих других старинных икон.
Московский Казанский собор во время боев Октябрьской революции 1917 года оказался в самом центре военных действий. При наступлении на Кремль отряды красногвардейцев двигались по Никольской улице, у собора было поставлено орудие, которое прямой наводкой било по Никольской башне.
Обстрел Никольской башни стал первым случаем осквернения и разрушения православных святынь коммунистами: пострадал надвратный образ святителя Николая, почитаемый в Москве чудотворным за то, что при взрыве французами в 1812 году Никольской башни остался неповрежденным.