В истории знаменитой башни было еще много загадок, которые предстояло разгадать, чему могло помочь изучение самой башни. В декабре 1925 года члены Комиссии «Старая Москва» — археолог, посвятивший всю жизнь поискам библиотеки Ивана Грозного, знаток подземной Москвы И. Я. Стеллецкий, архитектор Н. Д. Виноградов и краевед О. И. Пенчко обследовали подземелья Сухаревой башни и обнаружили пять замурованных подземных ходов. На очередном заседании Комиссии постановили: «Обратиться в МКХ, чтобы оно дало возможность продолжить работы по исследованию этих ходов». Были высказаны соображения, что они ведут к дому Я. В. Брюса на 1-й Мещанской.
Коммунальный музей занял прочное место среди московских музеев, и его руководство планировало дальнейшее развитие и расширение экспозиционной, выставочной, научной и культурной работы. Однако 17 августа 1933 года в газете «Рабочая Москва» неожиданно даже для работников Музея появилась краткая заметка «Снос Сухаревой башни», в которой сообщалось, что с 19 августа, то есть через день, «соответствующие организации» приступят к сносу Сухаревой башни, так как она мешает движению транспорта, и к 1 октября Сухаревская площадь будет от нее «очищена». Это сообщение было странно и загадочно именно своей неожиданностью.
В Москве к этому времени снесли уже много памятников истории и архитектуры, в основном церквей, но обычно в газетах уведомляли об очередном сносе заранее. В перечнях московских зданий, намеченных к сносу, Сухарева башня до сих пор не значилась. Поэтому заметка в «Рабочей газете» прогремела для москвичей как гром среди ясного неба.
Только из газетной заметки узнала о намерении снести Сухареву башню и московская архитектурная общественность.
27 августа академики И. Э. Грабарь, И. А. Фомин, И. В. Жолтовский и А. В. Щусев отправили письмо в два адреса — И. В. Сталину и «руководителю московских большевиков» Л. М. Кагановичу.
«Глубокоуважаемый Иосиф Виссарионович! — писали они. — Газетное известие о сломке Сухаревой башни заставляет нас, пока еще не поздно, сигнализировать Вам об ошибочности принятого решения, в твердом убеждении, что наши голоса не случайны и не единичны, а являются выражением мыслей и чувств, разделяемых всей научной и художественной советской общественностью, независимо от направления, убеждений и вкусов». Далее шло обоснование защиты Сухаревой башни: «Сломка башни нецелесообразна по существу, ибо, если цель ее — урегулирование уличного движения, то тот же результат с одинаковым успехом может быть достигнут иными путями… Группа архитекторов берется в течение одного месяца разработать проект реорганизации Сухаревой площади, с идеальным решением графика движения. Сухарева башня есть неувядаемый образец великого строительного искусства, известный всему миру и всюду одинаково высоко ценимый… Пока еще не поздно, мы убедительно просим приостановить бесцельную сломку башни, недостойную наших славных дней построения социализма и бесклассового общества, и пересмотреть постановление, если таковое существует».
От Сталина ответа не последовало. На письмо ответил Каганович в своем выступлении на совещании московских архитекторов-коммунистов 4 сентября 1933 года: «В архитектуре у нас продолжается ожесточенная классовая борьба. Но коммунисты ею не руководят. Пример можно взять хотя бы из фактов последних дней — протест группы старых архитекторов против слома Сухаревой башни. Я не вхожу в существо этих аргументов, возможно, Сухареву башню мы и оставим, но ведь характерно, что не обходится дело ни с одной завалящей церквушкой, чтобы не был написан протест по этому поводу. Ясно, что эти протесты вызваны не заботой об охране памятников старины, а политическими мотивами — в попытках упрекнуть Советскую власть в вандализме. А создают ли коммунисты-архитекторы атмосферу резкого отпора и общественного осуждения таким реакционным элементам архитектуры? Нет, сейчас не только не создают, но и потворствуют этим реакционерам. Такая пассивность наших коммунистов приводит к тому, что часть беспартийной молодежи начинает группироваться вокруг стариков, а не вокруг нас».