Тем временем военные суда и самолеты-разведчики США начали проявлять интерес к проводимым масштабным морским перевозкам и предпринимать более энергичные усилия по идентификации груза советских судов. В тех случаях, когда размеры и конфигурация груза — такого, как самолеты, вертолеты, грузовые автомобили и БТРы, — вынуждали перевозить эту технику на палубе, оборудование накрывалось брезентом, а самолеты разбирались, упаковывались в контейнеры и также накрывались. Однако полностью скрыть все грузы было невозможно, и вскоре разведывательные корабли и самолеты США определили, что началась масштабная переброска военных грузов морским путем.
Военнослужащие на борту судов были в гражданском платье, но распознавались как русские в основном по их полосатым тельняшкам, которые зачастую выглядывали из-под тропических рубашек. На Кубе им разрешалось носить кубинскую военную форму, однако большинство из них оставались в штатском. Светловолосому, с крупным телосложением русскому солдату или призывнику из среднеазиатских республик было тяжело, если не невозможно, сойти за кубинца. Связь между Министерством обороны и судами, привлеченными к морским перевозкам, обеспечивалась через курьеров, радио и телефон для передачи сообщений не применялись.
19 сентября ГК ВМФ адмирал флота С.Г. Горшков докладывал в Министерстве обороны о деталях натовских учений «Фоллекс-62», район проведения которых охватывал всю Европу, Средиземное море и северную Атлантику. Горшков заявил, что учения являются частью текущих маневров, в ходе которых силы НАТО отрабатывают переход к полномасштабной ядерной войне.
Штаб советского ВМФ с некоторым опасением наблюдал за усилением активности ВМС США в Атлантике. Немного позднее Советы и их кубинских союзников встревожило проведенное в начале осени крупномасштабное совместное амфибийно-десантное учение флота и морской пехоты США. Учение носило наименование «Операция „Ортсак“» (Кастро, если прочесть справа налево) и было проведено на острове Вьекес вблизи Пуэрто-Рико. Руководство советским военно-морским флотом сочло невозможным оставаться в стороне и наблюдать за продолжающим убывать в далекие моря потоком личного состава и грузов на невооруженных судах, не имевших никакого эскорта. 19 сентября 1962 г., в связи с усилением разведывательной активности со стороны Соединенных Штатов и втайне опасаясь, что секрет грузов будет раскрыт, премьер Хрущев обязал советский Генеральный штаб послать всем советским торговым судам телеграмму со следующими инструкциями:
«Советские суда являются частью Советского Союза, и любое открытое нападение на них со стороны иностранных кораблей или самолетов представляет собой акт агрессии против СССР.
В случае обстрела иностранными самолетами или кораблями капитан имеет право открыть огонь. Капитан судна, подвергшегося нападению, обязан принять все необходимые меры по поддержанию порядка. При докладе об атаке со стороны противника сообщение об атаке подлежит кодированию»[4].
Поддавшись давлению со стороны адмирала флота Горшкова, Совет обороны СССР 25 сентября нехотя согласился на отправку в Атлантику эскадры боевых надводных кораблей и вспомогательных судов одновременно из состава Северного, Балтийского и Черноморского флотов — как демонстрацию мощи в ответ на увеличение сил американского флота, которое, в свою очередь, было реакцией на массированный поток торговых судов с грузами разного типа, часть из которого была явно военным грузом, в порты Кубы. В последний момент, прежде чем корабли успели покинуть свои порты, Хрущев вместе с министром обороны Малиновским перебороли Совет обороны и вынудили агрессивного адмирала Горшкова отменить приказ о выходе кораблей, поскольку это наверняка бы вызвало у американцев еще более энергичную реакцию в Карибском море. Маршал Малиновский настоял на том, чтобы «Операция „Кама“» продолжалась по плану и что достаточно иметь в том районе в качестве сдерживающего фактора четыре дизельные ударные ПЛ с ядерными боеголовками на борту, но без надводного эскорта, наличие которого только усложнит ситуацию для Советов.