Состояние здоровья Мияги не позволило ему быть на суде. Он оставался в тюремном госпитале в Токио. Вукелич сообщил суду только свое имя и подтвердил, что является журналистом. На все другие вопросы отвечать отказался. Прокурор выдвигал против Вукелича одно обвинение за другим. Судьи то и дело обращались к нему с предложением сказать что-нибудь в свою защиту. Судебное заседание откладывалось изо дня в день. Однако японцы так ничего и не добились от Вукелича. Его приговорили к пожизненному заключению.
Клаузен ответил на все вопросы суда. Он рассказал о своей деятельности и о работе Зорге, Вукелича, Одзаки и Мияги. Его приговорили к пожизненному тюремному заключению. Анна Клаузен была признана лишь соучастницей, и суд приговорил ее к трем годам лишения свободы.
Величайшим достоинством Одзаки была его убежденность в том, что его деятельность служит интересам страны. Поэтому он никогда не задумывался над возможными последствиями ареста и не боялся смерти.
На судебном процессе в 1942 году Одзаки заявил, что Япония, по его мнению, будет первой страной, где в социальном строе произойдут радикальные изменения. Японии, считал Одзаки, предначертано судьбой воевать против США и Англии. Из этой войны Япония, возможно, и вышла бы победительницей, но радость победы была бы недолгой ввиду общей экономической слабости страны и неразрешимости конфликта в Китае. Одзаки заявил далее, что не считает себя виновным и в своих действиях не видит ничего предосудительного.
Зорге принял на себя всю ответственность за деятельность группы. В свете показаний других главных и второстепенных агентов группы для него вряд ли было целесообразным попытаться скрыть что-то от суда. Зорге держался на суде гордо, с достоинством, чем завоевал уважение к себе всех присутствующих на процессе.
Вынесение приговора Одзаки и Зорге суд отложил на неопределенный срок. Это было сделано по инициативе полковника Осаки, который во что бы то ни стало хотел до конца разобраться в деятельности руководимой Зорге разведывательной организации.
После окончания судебного процесса послу Отту разрешили свидание с Зорге, но к этому времени немецкий дипломат уже знал наверняка, что Зорге — разведчик. Отт понимал также, что Зорге получал от него секретную информацию, сыгравшую немалую роль в разгроме немецких армий на полях России. В донесениях, отправляемых в Берлин, посол пытался затушевать свои дружеские отношения с Зорге, но один из сотрудников посольства через немецкое консульство в Манчжурии направил в гестапо письмо, в котором рассказал о связях посла Отта с Зорге.
Риббентроп в резкой форме потребовал от Отта объяснений и, не удовлетворившись ими, приказал Отту немедленно выехать в Берлин. Новым послом в Японии был назначен Генрих Штамер.
Возвращение в Германию не сулило Отту ничего хорошего. На подводной лодке перебрался он из Токио в Пекин, где и оставался до конца войны.
Японцы разрешили нескольким журналистам посетить Зорге в тюрьме. В беседе с ними советский разведчик высказал убежденность в том, что его не казнят. Он заявил, что Сталин высоко оценивает его работу и примет меры для его спасения. Зорге был твердо уверен, что его обменяют на одного из важных политических заключенных, содержащихся в России.
В сентябре 1943 года, два года спустя после ареста, суд приговорил Зорге и Одзаки к смерти. Оба подали апелляцию в верховный суд, а Зорге вызвался выступать на этом процессе от своего имени и от имени Одзаки. В конце своей многочасовой речи Зорге, как указывается в материалах американской разведки, заявил:
«Формулировки японских законов допускают их трактовку в широком плане или буквальное понимание каждой из статей. Хотя утечка информации, строго говоря, и может преследоваться законом, на практике в Японии разглашение секретов неподсудно. Я считаю, что при составлении обвинительного заключения была дана неправильная оценка нашей деятельности и характеру полученной нами информации. Сведения, которые давал нам Вукелич, не имели важного значения и не были секретными. То же самое можно сказать и о Мияги. Что же касается Одзаки и меня, то мы собирали главным образом политическую информацию.