Тем временем Ниен активно развивался. Под началом инженера С.Г. Хельмфельта здесь построили, по европейским фортификационным правилам того времени, 5-бастионную с двумя равелинами[23] цитадель Ниеншанц. Ее бастионы получили названия Гельмфельтов, Мельничный, Старый, Мертвый и Карлов, а равелины назывались Большой и Малый.
По планам конца XVII в., Ниен располагался по обоим берегам речки Чернавки (притока Охты), напротив Ниеншанца, а также севернее, вдоль берега Невы. Ниен включал 66 прямоугольных кварталов городской застройки. В городе размещались шведский кафедральный собор, немецкая церковь, старая и новая ратуши, шведская школа при соборе, таможня, бараки для солдат, склады и сараи для хранения припасов. Центр города украшали три площади – площадь вокруг шведского собора со зданием школы, площадь вокруг немецкой церкви, главная городская площадь с ратушею и таможней. Из города к Ниеншанцу вел через Охту подъемный мост, а через Чернавку установили несколько постоянных мостов. От Ниеншанца и устья Охты к противоположному берегу Невы, где издавна находилось село Спасское с православной церковью Спаса Преображения, был устроен перевоз.
30 мая 1681 г. Ниен подвергся страшному опустошению пожаром, от которого удалось спасти лишь четвертую часть всех строений. После этого жилая застройка с церквями и городскими площадями окончательно закрепилась на правом берегу Охты. Спешные восстановительные работы велись на рубеже XVII–XVIII вв., и потребовалось усиление крепости, для чего было разработано несколько проектов кардинальной перестройки фортификационных сооружений, вплоть до срытия существовавшей пятибастионной цитадели и ее кронверка и замены на новую, шестибастионную крепость с равелинами.
Крепостные валы «никуда не годились», а укрепления находились в незаконченном состоянии, но, по мнению шведского инженера Дальберга, город обладал стратегическим значением как торговый центр. Население его составляли шведы, финны, русские и немцы, прибывшие из самых отдаленных областей, поэтому Ниен не нуждался в мощных укреплениях. Но поскольку русские всегда будут настойчиво стремиться «осуществить свое вековое желание и закрепиться в Восточных провинциях», то шведам было важно сохранить Ниен как сильную позицию к западу от Ладоги.
Но и эти работы не были осуществлены. Весной 1703 г. русские войска подойдут к Ниеншанцу, и его время закончится.