Чтобы заставить воинские части наступать, командованию пришлось прибегать к угрозам. Срочно создается мощный репрессивный механизм, призванный переломить настроения красноармейцев (полевые выездные сессии рев-воентрибунала, чрезвычайные революционные тройки, осведомители в [каждой воинской части). Ненадежные части разоружаются и отправляются в тыл, а те, кого посчитали зачинщиками, расстреливаются. Приговоры к высшей мере наказания "за отказ от выполнения боевого задания", "за дезертирство" следовали один за другим. Их приводили в исполнение немедленно, поясняя, что так делается ввиду "особых условий, сложившихся в городе Кронштадте, и для поддержания революционного порядка". Расстреливали публично. Красноармейцы, производившие экзекуции, расписывались или ставили крестики в актах о расстреле, тем самым как бы скрепляя себя кровью с людьми, вынесшими приговор.
Подтягивались на исходные позиции считавшиеся наиболее надежными части. С 10 марта в районе станции Лигово сосредоточивалась 27-я Омская стрелковая дивизия>[8], вызванная с Западного фронта. Она имела хорошую боевую подготовку и с успехом сражалась на польском фронте. Но по прибытии ее в 235-м Невельском, 236-м Оршанском и 237-м Минском полках 79-й бригады началось брожение. Красноармейцы заявили, что они не будут штурмовать Кронштадт. Эти части удалось разоружить, начались аресты.
Процедура расправы была предельно упрощена: после короткого допроса обвиняемому сразу же выносили приговор. Только 14 марта постановлением чрезвычайной тройки был приговорен к расстрелу 41 красноармеец 237-го Минского полка. 15 марта та же участь постигла 33 красноармейцев Невельского полка. Приговоры зачитывались "всем ротам и командирам".
В ночь на 16 марта после интенсивного артиллерийского обстрела крепости начался новый ее штурм. Когда стало ясно, что дальнейшее сопротивление бесполезно и, кроме дополнительных жертв, ни к чему не приведет, по предложению штаба обороны крепости защитники ее решили уходить из Кронштадта. Запросили правительство Финляндии, может ли оно принять гарнизон крепости. После получения положительного ответа начался отход к финскому берегу. В Финляндию успели перейти около 8 тысяч человек. Финляндскую границу перешли почти все члены кронштадтского ВРК и штаба обороны.
К утру 18 марта крепость оказалась в руках красноармейцев. Власти скрыли количество погибших, пропавших без вести и раненых красноармейцев. Нет обобщающих сведений и о числе жертв среди защитников Кронштадта. Многие из погибших на балтийском льду даже не были преданы земле. С таянием льда возникла опасность заражения акватории Финского залива. В конце марта в Сестрорецке на встрече представителей Финляндии и советской России решался вопрос об уборке трупов, оставшихся в Финском заливе после боев.
Началась расправа над гарнизоном Кронштадта. Само пребывание в крепости во время восстания считалось преступлением. Все матросы и красноармейцы прошли через военный трибунал. На каждого составлялся протокол допроса. Обязательным был вопрос об участии в восстании. Специальная запись в протоколе фиксировала, где арестован подследственный. Почти отсутствуют в протоколах отметки, что кто-то из них захвачен с оружием в руках. Пленных среди осужденных не было, так как их расстреливали на месте. Под страхом наказания запрещалось даже оказывать помощь раненым матросам, которые после штурма оставались на балтийском льду и улицах Кронштадта.
Прошло несколько десятков открытых судебных процессов. Особенно жестоко расправлялись с моряками линкоров "Севастополь" и "Петропавловск". 20 марта слушалось дело по обвинению 13 человек с линкора "Севастополь" в мятеже и вооруженном восстании. Всех обвиняемых приговорили к расстрелу. Один из самых крупных открытых процессов над моряками восставших линкоров состоялся 1–2 апреля. Перед ревтрибуналом предстали 64 человека. 23 из них приговорили к расстрелу, остальных — к пятнадцати и двадцати годам тюрьмы. 20 марта на заседании чрезвычайной тройки слушалось дело по обвинению 167 моряков линкора "Петропавловск". Всех приговорили к расстрелу. На следующий день по постановлению чрезвычайной тройки было расстреляно 32 моряка с "Петропавловска" и 39 — с "Севастополя", а 24 марта по постановлению тройки расстреляли еще 27 моряков.
