14 сентября заговорщики явились на Бударинский форпост и сдали Пугачева с рук на руки сотнику Харчеву. В ночь на 15 сентября Пугачева доставили в Яицкий городок, а через день капитан Маврин начал допрос Пугачева. Оттуда в специальной железной клетке, под охраной воинских частей с артиллерией, Пугачева повезли в Симбирск, куда он был доставлен 1 октября. Через день в Симбирск приехал командовавший войсками, действовавшими против Пугачева, граф Панин. «Как смел ты, ворон, назваться государем?» — с яростью спросил Пугачева его «усмиритель». «Я не ворон, я вороненок, а ворон-то еще летает», — бросил ему в ответ Пугачев. Панин набросился на Пугачева, избил его, и вырвал клок бороды. В ноябре Пугачева привезли в Москву и посадили на цепь в Монетном дворе в Охотном ряду. Начались новые допросы. Здоровье Пугачева уже было подорвано пытками, которым он подвергался в Яицком городке и Симбирске. Опасаясь, что Пугачев умрет до того, как от него «выведают» все, Екатерина II отдала приказ, чтобы во время допросов, проявлял и «возможную осторожность». 31 декабря Пугачев предстал перед судом, а 9 января был вынесен приговор: «Учинить смертную казнь, а именно: четвертовать, голову взоткнуть на кол, части тела разнести по частям города и наложить на колеса, а после на тех же местах сжечь».
Настал день 10 января, холодный, ветреный. На Болотной площади, оцепленной войсками, стоял эшафот. В санях привезли Пугачева и Перфильева, тоже приговоренного к четвертованию. Современники сообщают: «Незаметен был страх на лице Пугачева. С большим присутствием духа сидел он на своей скамейке». Пугачев взошел на эшэфот, перекрестился и, кланяясь во все стороны, стал прощаться с народом: «…прости, народ православный». Палачи набросились на Пугачева, сорвали тулуп, стали рвать кафтан. Пугачев упал навзничь и «вмиг окровавленная голова уже висела в воздухе» (А. С. Пушкин). Не желая создавать Пугачеву ореол мученика, Екатерина II отдала приказ не четвертовать Пугачева, а отсечь ему голову. «Привеликим гулом» и «оханьем» ответил народ на смерть вождя.
Вместе с Пугачевым казнили Перфильева, повесили Шигаева, Подурова и Торнова. Предатели Чумаков, Творогов, Федульев и другие получили «высочайшее помилованье» и были высланы на жительство в Лифляндскую губернию.
В старую крепость Кексгольма сослали семью Пугачева: Софью, Трофима, Аграфену, Христину и вторую жену Устинью Кузнецову. Отсюда они уже не вышли.
На народ обрушились страшные репрессии. Тысячи людей погибли в тюрьмах, под кнутом, тысячи убиты карательными войсками, подвергнуты тяжелым наказаниям, сосланы. Волжское казачество ликвидировали и перевели на Кавказ, разгромили Запорожскую Сечь. Реку Яик переименовали в Урал, яицкое казачество в уральское, станицу Зимовейскую в Потемкинскую.
Дворянская реакция торжествовала.
В исследованиях, посвященных Крестьянской войне 1773–1775 гг., часто ставится вопрос об ошибках Пугачева.
Но правомерна ли сама постановка вопроса в такой плоскости? Не были ли так называемые ошибки Пугачева результатом и объективных условий, в которых развертывалась крестьянская война, и ее особенностей?
Екатерина II и ее окружение считали осаду Оренбурга «счастьем» для себя. Следовательно, для Пугачева осада Оренбурга была «несчастьем»? Но можно ли представить себе яицких казаков, которые удержались бы от соблазна взять ненавистный Оренбург?
Осаду Яицкого городка, также потребовавшую много времени и сил и отвлекшую внимание от Оренбурга, тоже принято считать тактической ошибкой Пугачева. Пугачевский полковник Тимофей Подуров на следствии говорил, что если бы Пугачев «не привязался к Яику, то, конечно, бы взял он Оренбург». Но как иначе могли поступить яицкие казаки, для которых полковник Симонов, укрывавшийся в самом центре яицкого казачества, был воплощением зла?
Пугачев и пугачевцы не умели превращать тактические успехи в стратегические, но в том-то и специфика крестьянской войны, что в силу своей стихийности, неорганизованности или, в лучшем случае, слабой организованности, в силу ограниченности кругозора и рядовых участников, и руководителей восстания крестьянская война не может завершиться победой крестьянства, т. е. стратегической победой до тех пор, пока борьбу крестьян не возглавит пролетариат.
