23 сентября Григорий Иванович нашел приют на квартире сцепщика вагонов Михаила Романова, жившего близ станции, в доме № 20 по Гончарной улице. Ермичей узнал о том, что Котовский скрывается у Романова, и донес об этом Хаджи-Коли.
Хаджи-Коли и приставы других участков Македон и Чубаров, с усиленным нарядом стражников и целой ватагой околоточных я городовых, окружили дом Романова. Котовский сидел на кухне и беседовал с хозяином. Увидев приближение полиции, Григорий Иванович спрыгнул через окно во двор соседнего дома, перебрался через забор и… столкнулся с полицейскими, сидевшими в засаде в Остаповском переулке. На этот раз ему пришлось сдаться без сопротивления. Он мог убить одного-двух, но все равно был бы схвачен. К тому же после прыжка нестерпимо разболелась раненая нога.
Пристав Хаджи-Коли снова торжествовал. Он лично надел Котовскому ручные кандалы; при обыске отобрал у него револьвер с двумя обоймами и сам проводил до дверей пустовавшей камеры.
Начальник тюрьмы рапортовал бессарабскому губернатору о том, что Котовский вновь заключен в вверенную ему тюрьму, при этом указал, «что у названного Котовского имеются две огнестрельные сквозные раны на правой ноге — одна выше колена, а другая — ниже колена, ввиду чего он временно, впредь до выздоровления, освобожден от ножных кандалов и закован в наручники».
О поимке Котовского было немедленно сообщено в Петербург. «Котовский задержан, прекратить розыски». Эта телеграмма, за подписью бессарабского губернатора, была отправлена всем уездным исправникам, полицмейстерам и агентам.
26 сентября 1906 года газета «Бессарабская жизнь» сообщала: «Вчера пристав второго участка произвел в тюрьме допрос Котовского, с целью выяснить обстоятельства побега. На все вопросы Котовский отказывался отвечать, заявив только, что побег им подготовлялся давно. Каким образом он его совершил — сказать отказался. Между прочим, он сообщил, что уехать из Кишинева ему мешали раны, но через два-три дня он должен был получить паспорт и выехать из Кишинева. О надзирателях Иванове и Топалове, подозреваемых в содействии его побегу и по распоряжению судебной власти заключенных в тюрьму, Котовский отзывается неведением».
Новый надзиратель усиленно наблюдал за Котовским. В глазок он видел, как заключенный становился на колени, вдыхал воздух, опускался, снова поднимался, наклонял корпус в разные стороны, а потом прислонялся к стене и медленно поднимал, ногу, на которой еще не зажили недавние раны. Котовский тренировал свое тело — только сила и ловкость могли помочь ему в будущих побегах.
Железная решетка разделяла камеру Котовского на две части. Раньше надзиратели смотрели в «глазок», теперь же они дежурили у решетки в самой камере. Часами бессмысленно смотрели они на узника. Разговаривать с ним запрещалось. Котсвский уже привык к тому, что на него постоянно был устремлен чужой взгляд. Он беспрерывно шагал по камере от решетки к стене, взад и вперед, точно маятник.
Во время общих прогулок арестанты заполняли двор. Поравнявшись с башней, они смотрели вверх, как бы приветствуя Котовского. А он в эти минуты, приподнимаясь на носках, жадно прислушивался к доносившимся голосам. Он научился слушать тюрьму. Уголовники в общих камерах шумели, играя в карты, дрались между собой; сидящие в одиночках насвистывали к напевали; политические переговаривались, спорили.
Котовский все мерил и мерил шагами свою клетку. Больше полугода сидел он уже в тюрьме. За это время он двадцать четыре дня был на свободе, которая досталась ему дорогой ценой.
Только затянулись раны, как на него снова надели и ножные кандалы. Бывали ночи, когда Котовский просыпался от шума. Он слышал крики и стоны. Каменная тюрьма сотрясалась от стуков. Дребезжали и падали стекла. Начинался очередной тюремный «бунт», или кого-то избивали, или политические демонстрировали свой протест против произвола тюремщиков. И тогда Котовский в своем каменном мешке также начинал с неудержимой яростью бить ногами в решетчатую дверь и кричать. Надзиратели, дежурившие у его одиночки, не решались его успокаивать. Молча продолжали они смотреть на него. А когда в тюрьме воцарялась, тишина, Котовский долго еще не ложился и все без устали ходил по камере, освещенной мутным светом ночника, мигавшего в коридоре…