Огромное влияние на решение Костычева ехать в Па риж оказало происшедшее как раз в это время знакомство его со Львом Семеновичем Ценковским (1822–1887) — выдающимся русским ботаником Ценковский, многосторонний ученый, больше всего занимался низшими организмами — растительными и животными.
Он установил родство между ними и укрепил научные эволюционные воззрения на развитие органического, мира. Ценковский одновременно с Пастером и известным немецким ученым Робертом Кохом (1843–1910), а отчасти и раньше их изучил многие особенности бактерий, прежде всего болезнетворных. К. А. Тимирязев относил Ценковского к числу наиболее выдающихся русских ученых.
Открывая IX съезд русских естествоиспытателей и врачей в Москве в январе 1894 года, Тимирязев говорил: «Лобачевские, Зимины, Ценковские, Бутлеровы, Пироговы, Боткины, Менделеевы, Сеченовы, Столетовы, Ковалевские, Мечниковы — вот те русские люди… после художников слова, которые в области мысли стяжали русскому имени прочную славу и за пределами отечества».
Формально Ценковский не возглавлял группу русских ученых, едущих за границу, но они единодушно считали его своим руководителем. Кроме Ценковского и Костычева, в Париж поехали видный ветеринарный врач Аркадий Александрович Раевский (1849–1919), преподаватель Юрьевского ветеринарного института Е. М. Земмер (1843–1906) и еще несколько человек.
Прибывая в Париж в разное время, русские ученые поочередно обращались к Пастеру за разрешением изучить у него в лаборатории технику получения вакцин, о которой еще тогда не было опубликовано никаких работ. Однако все они получили от знаменитого микробиолога решительный отказ. Он заявил им, что его лаборатория является только научно-исследовательским учреждением, но не учебным. Даже широко известному в научных кругах Ценковскому Пастер отказал в каком бы то ни было содействии. Вот как вспоминал об этом А. А. Раевский:
«…Профессор Ценковский, по приезде в Париж в марте месяце, тотчас же отправился к Пастеру, который оказал ему крайне нелюбезный прием, сопровождавшийся полным отказом на просьбу изучать под его руководством или под руководством одного из ассистентов приготовление вакцин сибирской язвы. Напрасно профессор Ценковский отправлялся к Пастеру во второй и третий раз: прием с каждым разом был все нелюбезнее».
Костычев, который также ничего не добился от Пастера, вынужден был устроиться для работы в лабораторию парижского зоолога Эдуарда Бальбиани (1823–1899). В этой лаборатории, которая занималась вопросами эмбриологии и изучением простейших животных, никто толком ничего не знал о пастеровских прививках, но здесь имелась коe-какая новая, неизвестная Костычеву аппаратура, и можно было освоить методику микробиологических исследований. Спустя некоторое время Ценковский тоже начал работать в лаборатории Бальбиани. Тут-то они и сошлись с Костычевым особенно коротко, хотя познакомились ученые еще в Питере. Им пришлось, по существу, заново «открывать» вакцины Пастера — им ведь был известен только конечный результат его работ и некоторые подробности их проведения.
Попутно ученые вели некоторые опыты по изучению почвенных бактерий. «С этой целью, — вспоминал потом Ценковский, — мы с профессором Костычевым засевали бульон или пептоны садовою землею, взятой из Люксембургского сада». Уже в Париже была получена вакцина, близкая по своему действию к пастеровской.
«Полученная сообща с профессором Костычевым вакцина, — писал Ценковский, — была испробована нами на двух кроликах… Заражение удалось как нельзя лучше». Постепенно у кроликов выработалась способность противостоять заражению уже очень большими дозами болезнетворного начала. Первая часть задачи была, таким образом, решена.
Друзья съездили в Лион и побывали в местной высшей ветеринарной школе, поприсутствовали они при массовых предохранительных прививках овцам сибирской язвы. На обратном пути в Россию Костычев задержался в Берлине и ознакомился с лабораторией Коха. Этот широко известный немецкий бактериолог считался большим авторитетом в вопросах техники микробиологических исследований. Русские ученые получили ряд полезных сведений у Коха, но эти сведения их не могли полностью удовлетворить. Дело в том, что Кох нетерпимо относился к открытиям других ученых. Автоклавов, считающихся в настоящее время аппаратами совершенно необходимыми для всякой микробиологической лаборатории, у Коха не было — он «не признавал» их. Кох считал, что «все внесенное Пастером в медицину не заслуживает особого внимания».