Эти «господствовавшие теории» пришли к нам из-за границы, они были некритически перенесены на русскую почву. Недаром Энгельгардт говорил, что русские помещики «считают ученым агрономом всякого, кто знает, как сеют и убирают клевер в Германии». С этим нужно было покончить, и Костычев смело вступил в борьбу с преклонением перед заграничными авторитетами. Дело не в авторитетах, говорил он, а в том, подходит ли тот или другой прием для наших условий. Если не подходит, то его нужно без всяких колебаний отбросить. «В конце концов, — писал Костычев, — не что иное, как практика, произносит окончательный приговор по сельскохозяйственным вопросам. Я думаю, однако, что мои соображения противоречат только практике заграничной, приспособленной к иным климатическим и почвенным условиям. Я думаю, что не должно отрицать голословно своего только потому, что оно не соответствует общепризнанным теоретическим соображениям».
Костычев остроумно высмеивал это «агрономическое низкопоклонство» перед Западом. В 1888 году вышло в свет сочинение некоего Пономарева «Исторический обзор правительственных мероприятий к развитию сельского хозяйства в России от начала государства до настоящего времени». Этот пухлый труд, не имевший научной ценности и самым беззастенчивым образом прославлявший деяния русских царей и императоров в области сельского хозяйства, был представлен на соискание премии Д. Л. Толстого. В связи с этим книга попала на отзыв к Костычеву. Он подверг ее критике, высмеял утверждение автора о том, что немецкие колонисты будто бы послужили примером для наших земледельцев. Пономарев написал свой труд, не выезжая из Петербурга, а Костычев исколесил южную Россию и наблюдал здесь совсем другое. Он писал: «…в настоящее время многие колонисты, после неудачных попыток вести хозяйство по-своему, напротив, в многом переделывают его по примеру русского народа».
Еще в конце сороковых годов Министерством государственных имуществ была предложена такая тема на премию: «составить простонародное изложение правил сельского хозяйства применительно к условиям крестьянского быта в каком-либо крае России».
«О судьбе этой темы, — иронически замечает Костычев, — мы находим у г. Пономарева следующие сведения: «Задача была решена самым успешным образом известным в то время агрономом Гейдемейстером, представившим на немецком языке полное руководство по земледелию… для южной России». Сочинение это было удостоено большой золотой медали. Костычев нашел русское издание этого «простонародного руководства», написанного первоначально немцем и по-немецки. Сочинение Гейдемейстера Костычев назвал «безграмотнейшим» и «нисколько не приспособленным к русскому крестьянскому быту». Тем не менее оно было издано в семидесятых годах и рекомендовалось как получившее 30 лет назад золотую медаль.
На основании свода и обобщения технических успехов русского сельского хозяйства Костычев задумал и осуществил издание нескольких научных трудов, которые вместе охватили все главнейшие стороны земледельческого производства. Эти книги, каждая объемом в 200–250 страниц, были подготовлены в необычайно короткие сроки, свидетельствующие еще раз о завидном трудолюбии Костычева. В 1884 году он выпустил «Общедоступное руководство к земледелию» и «Учение об удобрении почв». В следующем году появилось «Учение о механической обработке почв», а спустя некоторое время — такие выдающиеся сочинения, как «Возделывание важнейших кормовых трав…» и «Обработка и удобрение чернозема».
Появление этих трудов было подобно дуновению свежего ветра, а в нем так нуждалась русская агрономическая наука. Свои рекомендации Костычев обосновывал прежде всего практикой русского сельского хозяйства, наблюдениями — своими и других отечественных ученых и агрономов-практиков, но не игнорировал он и достижения зарубежной науки.
«Изучая русскую литературу по механической обработке почвы, — писал он, — я вынес убеждение, что в ней находится масса ценных и оригинальных наблюдений и множество самостоятельных выводов». И он умело популяризирует плуги, другие земледельческие орудия, приемы обработки почвы, выработанные в разных частях России.