Почвоведение в Лесном институте читалось на третьем и четвертом курсах по две лекции в неделю. На третьем курсе Костычев излагал студентам физические и химические свойства почв, их происхождение и классификацию. Лекции на четвертом курсе посвящались прикладным вопросам — прежде всего удобрению и обработке почв. Посещение лекций было для студентов тогда не обязательным, но они этим правом не злоупотребляли, когда речь шла о лекциях по почвоведению. Костычев предпочитал читать их в самые ранние утренние часы, но, несмотря на это, аудитория была всегда полна. Блеск и простота изложения, его предельная логическая стройность, насыщенность результатами личных экспериментальных исследований — вот что привлекало студентов в лекциях Костычева. «Лекции его, — вспоминал профессор А. Ф. Рудзкий, — всегда отличались ясностью, стройностью и последовательностью; слушатели называли его изложение «математическим», и лучшей похвалы, действительно, трудно придумать».
Но еще больше любили студенты практические занятия по почвоведению. Лаборатория Костычева всегда была доотказа переполнена желающими здесь работать. И это при том условии, что практические занятия по почвоведению были в Лесном институте вообще не обязательными. А если учесть, что подавляющая масса студентов остро нуждалась и, не получая стипендий, постоянно искала себе заработков, то тем непонятнее, на первый взгляд, должно казаться это стремление тратить время на не обязательные занятия.
Что же влекло студентов так непреодолимо в лабораторию почвоведения? Прежде всего их привлекала сама симпатичная личность руководителя, а также особая постановка дела в этой лаборатории, в которой каждый студент втягивался в самостоятельную исследовательскую работу. А. Ф. Рудзкий указывал, что Костычев, в отличие от огромного большинства преподавателей высшей школы того времени, «был крайне отзывчив к научным стремлениям учащихся и мастерски руководил первыми их попытками к научному исследованию и первыми шагами на поприще практической деятельности».
Умелая постановка самостоятельных студенческих работ в лаборатории Костычева определялась не только его выдающимся педагогическим дарованием и любовью к молодежи. Студенческие исследования были важной составной частью той большой научной работы, которую вел он сам. Поэтому он был в них непосредственно заинтересован. Педагогические воззрения Костычева были передовыми, он считал необходимым углубить практические занятия, настаивал на обязательном овладении каждым студентом навыками самостоятельной исследовательской работы. Учебный процесс должен основываться на умелом сочетании теории и практики. А между тем официальными программами практическим занятиям отводилось второстепенное место Именно в этом Костычев видел причину низкой успеваемости студентов по некоторым предметам.
Осенью 1880 года Костычев был единогласно избран секретарем совета института и получил формальное право вмешиваться в ход и постановку учебных занятий. Он почти на каждом заседании ответа ставит вопрос о расширении летней практики и самостоятельных занятий студентов в лабораториях и кабинетах.
На одном из заседаний в 1881 году группа профессоров внесла предложение о введении повторительных бесед и репетиций, рассматривая это как средство повышения успеваемости студентов. Не возражая в принципе против этой меры, но и не видя в ней большого значения, Костычев указал, что «не репетиции, а практические занятая должны быть предметом особой заботливости». Но этим «практическим замятиям» он предлагал придать совсем новый характер. Он говорил на совете:
— Систематические практические занятия параллельно курсу, по предметам специальным, на высших курсах могут состоять хотя бы отчасти в опытном решении научных вопросов, посильных для слушателей, для того чтобы ознакомить их с теми методами, посредством которых добываются научные положения. Так как, кроме того, всякого рода занятия прививаются тем легче, чем они интереснее будут для слушателей, то желательно было бы занятия по специальным предметам и вообще на высших курсах организовать так, чтобы работы отдельных слушателей или нескольких из них, а может быть и всего курса вместе, составили бы исследование, которое могло бы быть напечатанным.
