Между ее приближенными стали зарождаться гибельные замыслы об избавлении королевы от ненавистного мужа. Летингтон составил план столько же искусный, сколько и безнравственный. Этот план официально назывался «Дело о разводе королевы с мужем». О нем сообщили Босуэлу и другим придворным. Босуэл и королева охотно примкнули к нему. Но все знали, что испросить развод у папы нелегко, потому что для этого надо было сослаться на близость родства; не было также основания и начать с Дарнлеем процесс о нарушении супружеской верности или же обвинить его в измене. Мария видела эти затруднения. Но бесстыдный Летингтон попросил королеву предоставить это дело ему и ее друзьям. Организовалось тайное общество, члены которого подписали акт об убийстве короля как молодого сумасброда и тирана, врага дворянства и человека, державшего себя невыносимо по отношению к королеве. Бальфер, Гэнтли, Аджиль и Летингтон подписали его и сдали Босуэлу. Между тем состоялось крещение сына Марии Стюарт и Дарнлея. Королева Англии Елизавета, изъявив согласие быть восприемницей новорожденного, прислала вместо себя графиню Арджиль, а графу Бетворду поручила отвезти золотую купель. Хотя крещение было совершено по католическому обряду, но распоряжался им протестант Босуэл. Дарнлея даже не пригласили на церемонию.
Видя такое презрение к себе, а также с ужасом узнав о возвращении в отечество своих врагов Мортона, Рутвена и Линдсея и о полном прощении их королевой, Дарнлей немедленно уехал в Глазго к своему отцу графу Леноксу. Не успев приехать туда, он заболел оспой. Заговор против его жизни шел безостановочно. Босуэл приобретал все новых соучастников.
Спустя несколько недель после заболевания Дарнлея к нему в Глазго приехала сама королева. Это неожиданное посещение удивило выздоравливающего. Стороною он случайно узнал о заговоре против него. Но усыпленный видимой нежной привязанностью Марии, Дарнлей снова подпал под влияние королевы. В глубине сердца Дарнлей всегда страстно любил ее, и причиной его удаления от двора были столько же мучения ревности, сколько и оскорбленное самолюбие. Когда Мария стала упрекать его за боязливость и подозрительность, выказав при этом больше ласки, чем отвращения, Дарнлей обнаружил перед ней глубокое раскаяние, приписав свои ошибки молодости и неопытности, и обещал не впадать в них более. Он выразил ей, какое удовольствие он испытывает, видя ее около себя, и умолял не покидать его снова. Королева предложила ему переехать в Крэгмилар. Дарнлей обещал это, если она будет жить с ним в супружеском согласии. Она согласилась, но потребовала, чтобы он сохранил это примирение в тайне. После этого, нежно пожав его руку, она уехала.
Такое примирение королевы с Дарнлеем, разумеется, не было искренним. Ослепленная страстью и подчинявшаяся зверским и честолюбивым намерениям своего любовника, Мария отправилась в Глазго с целью коварно овладеть доверием Дарнлея и, выказав ему лицемерное участие, привлечь в Эдинбург и здесь предать в руки его врагов. Подобное вероломство кажется невероятным, но письмо к Босуэлу, однако, доказывает это. Она пишет: «Вы принуждаете меня до такой степени притворяться, что я прихожу в ужас; мало того, вы заставляете меня играть роль предательницы; не забудьте, что если бы не желание угодить вам, то я скорее бы решилась на смерть, чем на подобные поступки… Он хочет ехать со мной не иначе как с условием разделить со мной по-прежнему стол и ложе… если я соглашусь на это, то он сделает все, что мне угодно, и последует за мной».
Чтобы достигнуть брака с Босуэлом, Мария Стюарт не побоялась пожертвовать своею честью, обременить свою совесть, подвергнуть опасности свою особу, заглушить в себе голос сострадания и пожертвовать отцом своего сына. «Да простит мне Бог», — говорила она потом, терзаемая угрызениями совести. Вскоре королева перевезла Дарнлея, по совету Босуэла, не в Крэгмилар, а в Керк-оф-Фильд. Несмотря на предупредительность королевы, Дарнлея не покидали подозрения. Все еще слабого от болезни короля поместили в двухэтажном доме Бальфера. Он занял первый этаж, королева же велела поставить свою кровать в комнате, находившейся под спальнею короля. Устроившись таким образом, хотя и неудобно, возле Дарнлея, королева провела несколько ночей под одной с ним кровлей. Босуэл между тем заботился о приготовлениях к убийству. Чтобы обеспечить себе безнаказанность, он подыскал второстепенных помощников. Орудиями его замысла стали: его лакей, портной, привратник, его брат и два головореза из бывших солдат. Босуэл заказал поддельные ключи ко всем дверям дома Бальфера и привез бочонок пороху, который решено было поставить в комнату королевы и поджечь, взорвав дом.
