Однако, рукопись свою он хранил в глубокой тайне, и до своего появления в свет она подвергалась еще многочисленным изменениям, поправкам и дополнениям.
Коперник ни с кем не делился своими планами, он работал втайне, и даже дядя ничего не знал о той революции в астрономии, которую в тиши рабочей комнаты подготовлял его гениальный племянник. Впрочем, дяде хотелось совсем другого: он желал сделать своего любимца политическим деятелем, который мог бы стать его надежным помощником. Мы уже говорили, что тевтонский орден не отказался от мысли вернуть себе самостоятельность и, несмотря на формальную зависимость от Польши, вел себя агрессивно. В частности, он не мог примириться с потерей Вармийской области. Среди членов Вармийского капитула были некоторые лица, готовые оказать поддержку ордену в этих его притязаниях. Епископ Лука был противником этой ориентации и проводил во всех политических комбинациях политику польского правительства. Орден поэтому ненавидел вармийского епископа и был бы очень доволен присоединить Эрмеланд к своим владениям. Вармийская епархия вообще была яблоком раздора между польским королевством и тевтонским орденом. И рыцари ордена, и польские отряды часто грабили ее границы, но после того, как между епископом Ватцельроде и польским королем установились хорошие отношения, отношения с Польшей, естественно, улучшились. Зато набеги меченосцев и их своеволие на границах Вармии продолжались.
Епископ в свою очередь старался делать всяческие неприятности ордену. На сеймах Ватцельроде произносил громовые речи по адресу ордена, доказывая, что Польша до тех пор не может быть спокойна за судьбу своих владений, пока орден не будет переселен куда-нибудь в другое место. Он даже придумал такой проект: так как Пруссия стала уже страной христианской и «обращать» там стало уже некого, то и ордену там оставаться не для чего. Поэтому Ватцельроде предлагал переселить орден в Подолию: там-де рыцари могут воевать с «неверными» (с турками) и тем самым выполнять свою настоящую миссию.
Орден, конечно, на этот план не соглашался. Покидать насиженные места, свои замки, свои коммерческие операции совсем не улыбалось немецким дворянам. Проект Ватцельроде не прошел; его не поддержал и польский король, быть может, потому, что не считал себя достаточно сильным, чтобы заставить орден выселиться в Подолию. Но все же проект Ватцельроде наделал ордену много неприятностей. Потерпев неудачу, дядя Коперника придумал тотчас же другую комбинацию: преобразовать Вармию в архиепископство. Но на подобный план не согласился папа. Очевидно, в Риме пересилило влияние ордена. Если бы план превращения вармийского епископства в архиепископство удался Ватцельроде, то ему оказались бы подчинены другие епархии, зависевшие от ордена, — он стал бы полновластным духовным владыкой в Пруссии, и его влияние соответственно возросло бы.
Так шли годы, борьба между орденом и Ватцельроде ничем не закончилась; в конце-концов орден пошел на уступки Польше, и польское правительство, и орден постарались притти к некоторому соглашению. Посредником снова оказался неугомонный Ватцельроде, хотя рыцари ордена продолжали его ненавидеть и, как пишет один из современников, ежедневно молили бога «прибрать поскорее этого дьявола в образе человеческом».
Коперник охотно сопровождал дядю в его поездках по епархии: они давали ему возможность входить в курс административных дел епископа. Дядя брал с собою племянника и в другие свои путешествия. Так, Коперник сопровождал епископа на собрания прусского ландтага, на различные сеймы. В 1507 году дядя и племянник ездили в Краков на коронацию Сигизмунда I, в 1508 году — снова в Краков, в 1509 году — на сейм в Петрокове, и т. д. Гейльсберг при епископе Ватцельроде был своего рода политическим центром.
Политические интриги и комбинации завязывались там, и оттуда расходились их нити. Коперник втягивался в эту сложную сеть интриг и административной политики своего дяди. Именно в это время Коперник и развил в себе навыки администратора и политика, которые в дальнейшей его жизни ему очень пригодились.