В судебно-экспертных учреждениях МВД России головным органом по вопросам предоставления права производства экспертиз является Центральная экспертно-квалификационная комиссия МВД России, действующая при ГУ ЭКЦ МВД России. Аттестация на правопроизводства экспертиз осуществляется также региональными экспертно-квалификационными комиссиями, созданными на базе экспертно-криминалистических центров МВД, ГУВД, УВД субъектов Российской Федерации.
В судебно-экспертных учреждениях Минюста РФ (в соответствии с ведомственным Положением об организации обучения кадров, утв. замминистра 20 июня 1996 г.) профессиональная подготовка включает: подготовку по типовой программе по конкретной экспертной специальности под руководством наставника, повышение квалификации путем обучения на курсах, организованных на базе РФЦСЭ Российской правовой академией Минюста России, прохождение стажировок в ведущих экспертных и научных учреждениях, участие в работе научно-практических семинаров и школ, обучение в аспирантуре и подготовка диссертационных работ в качестве соискателей.
Аттестация экспертов на право самостоятельного производства экспертиз по конкретным экспертным специальностям и методам исследования проводится Центральной экспертно-квалификационной комиссией, действующей при Российском федеральном центре судебной экспертизы, а также зональными экспертно-квалификационными комиссиями, созданными в региональных центрах и центральных лабораториях судебной экспертизы.
Повышение квалификации сотрудников в таможенных органах экспертизы осуществляется путем стажировки под руководством наставника по индивидуальному плану в течение года. Предусмотрена на базе РФЦСЭ также самостоятельная подготовка и обучение на очно-заочных курсах организаций, имеющих право выдавать свидетельства или аттестаты в установленном законом порядке. При всех таможенных лабораториях созданы аттестационные комиссии, которые проводят аттестацию экспертов на право самостоятельного производства экспертиз. Право утверждения результатов аттестации и выдачи свидетельств единого образца возложено на Центральную аттестационную комиссию, образованную в Центральном экспертно-криминалистическом таможенном управлении ГТК России.
В федеральных органах налоговой полиции ранее также имелись государственные судебно-экспертные учреждения. В марте 2003г. Федеральная служба налоговой полиции упразднена, а ее штатная численность, в том числе основная часть штатных единиц экспертных подразделений, передана вновь созданному Государственному комитету по контролю за незаконным оборотом наркотических и психотропных веществ. Профессиональная подготовка экспертов ранее осуществлялась в соответствии с Положением об организации обучения сотрудников экспертных подразделений федеральных органов налоговой полиции.
Квалификационная аттестация судебно-медицинских экспертов осуществляется путем получения обязательного для каждого эксперта сертификата на занятие судебно-медицинской экспертной деятельностью, а также при прохождении аттестации на получение квалификационной категории (присваивается приказом по учреждению). В соответствии с Приказом Минздрава России от 9 августа 2001г. N 314 „О порядке получения квалификационных категорий“ регламентирован порядок прохождения такой аттестации в судебно-медицинских учреждениях Минздрава России. В Минобороны России подобная аттестация проводится в соответствии с Положением о порядке получения квалификационных категорий медицинского персонала Вооруженных Сил Российской Федерации, введенным Приказом от 5 ноября 2001г. N 530.
Судебно-медицинские эксперты Минздрава и Минобороны России в целях повышения квалификации осуществляют дополнительную специальную подготовку в образовательных учреждениях, имеющих соответствующее разрешение, не реже одного раза в пять лет. Специализация и усовершенствование судебных экспертов (судебных медиков, судебных психиатров, криминалистов, химиков, биологов, генетиков, гистологов) проводится также в образовательных учреждениях и судебно-экспертных учреждениях Минздрава России и других федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации, имеющих экспертные учреждения.