I отдел (организационный) занимался планированием и организацией деятельности, кадровыми вопросами, поддержанием связи с лагерями военнопленных и группами поляков на территории Рейха, которые были вывезены на принудительные работы. Руководителем отдела до июля 1944 года был полковник А. Санойца, затем его сменил полковник Ф. Каминский. Отделу подчинялись: Центральная часть; Руководство службы правосудия (возглавлял полковник К. Зелинский); Военная служба женщин; Пасторская служба (церковная часть). Последнюю последовательно возглавляли полковники Т. Яхимовский, С. Ковальчук (до августа 1944 года), М. Пашкевич (до ноября 1944 года), Сенкевич (до роспуска АК).
II отдел (информационно-разведывательный) занимался вопросами безопасности, разведки, контрразведки, легализации и связи. Его руководителями были подполковник Е. Дробик (до декабря 1943 года), полковник Казимир Иранек-Осмецкий (до октября 1944 года), затем полковник Б. Зелинский.
III отдел (оперативно-подготовительный) планировал и готовил мероприятия, связанные с вооруженной борьбой и будущим общенациональным восстанием, а также координировал работу инспекторов отдельных видов вооружения. Его руководителями были генерал С. Татар (до мая 1944 года), полковник И. Шостак (до октября 1944 года), затем майор И. Каменский. Отделу подчинялись: Саперный отдел; Артиллерийский отдел; Отдел флота.
IV отдел (снабженческий) координировал работу служб вооружения, интендантства, географической, санитарной, ветеринарной и обозной; также заведовал подпольным производством.
V отдел (оперативная связь) занимался вопросами оперативно-технической связи, оснащения оборудованием, планированием десантных выбросок, координировал работу курьерской службы, шифровальщики, главная канцелярия, опекал солдат союзнических войск. Руководитель — К. Плута-Чаховский.
VI отдел (Бюро информации и пропаганды) заведовал пропагандисткой деятельностью. Его руководителями были полковник Жененцкий (до октября 1944 года), затем капитан К. Мочарский.
VII отдел (Бюро финансов и контроля) контролировал финансовые потоки и денежное обеспечение, а так же организовывал конспиративные точки. Руководители: полковник С. Тун (до октября 1944 года), затем майор Е. Любовецкий.
В январе 1943 года была создано Управление диверсиями («Кедыв»), которое готовило и проводило диверсионные и специальные акции. Им руководили полковник А. Е. Фелдорф (до марта 1944 года), затем подполковник Мазуркевич.
В состав АК также входили структурные единицы, которые действовали за границей:
самостоятельный отдел по вопросам страны (Польши) при Штабе главнокомандующего. Руководители: подполковник Смоленский (до апреля 1942 года), подполковник М. Протасевич (до июля 1944 года), затем полковник Е. Утник.
Отдел АК в Венгрии «Лишт» — подполковник И. Коркозович. Отдел АК в Германии (Комендатура округа Берлин — «Блок»).
В начале 1944 года Главной комендатуре АК подчинялись четыре крупных административных единицы (территории) и восемь самостоятельных округов:
Белостокская территория (полковник Е. Годлевский) с округами: Белосток (полковник В. Линярский); Полесье (подполковник С. Добрский); Новогрудек (подполковник И. Шляский).
Львовская территория (полковник Владислав Филипковский, «Цись») с округами: Львов (полковник С. Червинский); Станиславов (капитан Владислав Герман «Глобус»), Тарнополь (майор Б. Завадский);
Западная территория (полковник С. Гродский) с округами: Поморье (полковник И. Палубицкий); Познань (полковник X. Ковалювка);
Варшавская территория (полковник А. Скорчинский) с округами: Правобережный (X. Сущинский); Левобережный (полковник Ф. Яхеч); Мазовия (подполковник Т. Табачинский);
Самостоятельные округа: Варшава (полковник А. Хрусцель); Кельце (полковник С. Двожак); Лодзь (полковник М. Стемпковский); Краков (полковник И. Спыхальский); Силезия (полковник 3. Янке); Люблин (полковник Т. Тумидайский); Вильно (подполковник Александр Кшижановский «Вильк»); Волынь (полковник К. Бомбинский).
В начале 1944 года численность АК достигла максимальной численности за весь период своего существования: 10 756 офицеров, 7506 юнкеров (подхорунжий), 87 886 сержантов (унтерофицеров). В этой подпольной армии насчитывалось 6287 полных взводов (по 50 человек в каждом) и 2633 неполных взвода (по 25 военнослужащих в каждом). Таким образом, всего насчитывалось 380 175 военнослужащих.
