Однако после того, как позиция диктатора перестала быть просоветской (в 1942 году по требованию Чан Кайши Шен Шицай подверг репрессиям легально работавших в Синцзяне китайских коммунистов и «просоветских элементов», среди казненных были глава департамента культуры, родной брат Мао Цзэдуна Мао Цзэмин и брат самого Шен Шицая — Шен Шиин, выпускник московской военной академии), ситуация в очередной раз изменилась. В отличие от СССР, режим Чан Кайши не в состоянии был оказать Шен Шицаю серьезную военную помощь. Пользуясь этим, оппозиционные силы при поддержке СССР 7 ноября 1944 года начали восстание в Кульдже. Активную роль в восстании принимало русское население, но не те русские белогвардейцы, о которых упоминается в отдельных источниках, а русская молодежь «родившаяся и выросшая в Синьцзяне, знавшая о белогвардейцах и красногвардейцах по рассказам и учебникам истории». Именно они, как подчеркивает историк В. И. Петров, штурмовали губернаторский дворец, полицейское управление, тюрьму, сражались с гоминдановскими частями, оставшимися в городе и за его пределами. В январе 1945 года Кульджа и окрестности окончательно перешли в руки повстанцев. В ходе последующих военных действий китайские войска были полностью изгнаны из трех округов Синьцзяна — Илийского, Алтайского и Тарбагатайского. Шен Шицай был отозван Чан Кайши в Чунцин и погиб в 1948 году при невыясненных обстоятельствах.
12 ноября 1944 года в городе Кульдже была образована Восточно-Туркестанская республика (ВТР). Ее руководство, во главе с муллой Алихан-Тюре (Алихан Тура Сагони), узбеком по национальности, создавшим в 1943 году в Кульдже «Организацию свободы Восточного Туркестана», было настроено антикитайски и промусульмански. В правительство вошли уйгуры Ахметжан Касымов, Хакимбек-ходжа, Рахимджан Сабирходжаев, татары Анвар Мусабаев и Набиев, казахи Урахан и Абдулхаир, русские эмигранты Иван Полинов и Фотий Лескин, калмык Фуча.[700] 5 января 1945 года, на четвертом заседании Временного правительства ВТР, был принят «Манифест 9 пунктов». Согласно этому документу, на территории Восточного Туркестана ликвидировалось господство китайцев, и создавалась суверенная республика с равенством прав всех национальностей, провозглашалась необходимость развития промышленности, сельского хозяйства, животноводства, частной торговли, повышения материального благосостояния народа. Правительство заявило о намерении поддерживать ислам, как религию большей части населения Восточного Туркестана, но при этом провозгласило свободу и защиту других религий. Декларировалось также развитие культуры, образования и здравоохранения; установление дружественных отношений со всеми демократическими государствами, а в особенности с правительством граничащего с Восточным Туркестаном СССР; установление связей с правительством Китая в экономической и политической областях; организация армии из представителей всех национальностей Восточного Туркестана; национализация банков, почт, телеграфа, леса и природных недр; ликвидация «вредных проявлений индивидуализма, бюрократизма, национализма, алчности и коррупции».
После ухода с политической арены Алихан-Тюре (он был арестован советскими органами безопасности, вывезен в СССР и до самой своей смерти в 1976 году жил в Ташкенте, где написал книгу о пророке Мухаммеде) Временное правительство было реорганизовано, и к власти пришли откровенно просоветские группы. Армия республики, насчитывавшая около 30 тысяч человек, находилась под советским контролем. Армия, главным организатором которой был министр Ахметжан Касымов, была создана в апреле 1945 года из отрядов партизан-добровольцев. В основном она состояла из уйгуров, китайцы в армию не призывались. Второй по численности национальностью в армии стали русские эмигранты. Армия насчитывала две пехотные дивизии и Отдельный кавалерийский полк, которым командовал бывший белый офицер полковник Фотий Иванович Лескин. Успешно действуя в Тарбагатайском и Алтайском округах, он сформировал на базе полка кавалерийскую бригаду и отдельный стрелковый батальон.
