После нападения фашистской Италии на Грецию осенью 1940 года, Захариадис из тюрьмы обратился с открытым письмом к членам партии. В нем он призвал коммунистов «встать в ряды защитников родины, превратив каждую скалу, каждый дом в крепость национально-освободительной борьбы».[359] На пламенный призыв откликнулись тысячи членов КПГ «Против итальянского фашизма с большой ненавистью воюют коммунисты», — признал министр госбезопасности К. Маньядакис.[360] Греческая армия, оправившись от неожиданности удара, перешла в наступление и перенесла боевые действия в Албанию, оккупированную итальянскими войсками, с территории которой Муссолини и начал вторжение в Грецию.
В апреле 1941 года германская армия, сломив сопротивление греко-английских войск, оккупировала страну. Захариадис попал в руки гитлеровцев. Вначале его отправили в венскую тюрьму, а затем перевели в концлагерь Дахау. Когда Никоса увозили в Вену, взглянуть на именитого узника пожелал специальный уполномоченный третьего рейха по Греции Альтенбург.
Заключение в Дахау оказалось для Захариадиса, человека деятельного и кипучего, трудным испытанием. Он тяжело переживал свое вынужденное бездействие. Тем более что в отличие от других заключенных, Захариадис благодаря знанию немецкого языка, использовался лагерной администрацией в качестве переводчика, а потому имел определенную свободу передвижения вне лагеря. Летом 1944 года Захариадис сумел переправить из плена записку в КПГ, в которой ставил вопрос об организации его побега из лагеря. По свидетельству видного члена партии Я. Иоаннидиса, о неожиданной просьбе Генсека было доложено главе советской военной делегации полковнику Попову, находившемуся в это время в штабе ЭЛАС. Однако Попов ушел от прямого ответа о содействии советской стороны в побеге. «Мы позаботимся», — уклончиво ответил полковник. Тем не менее, побег Захариадиса не состоялся. Долгожданная свобода пришла к нему в виде американских войск, освободивших узников Дахау весной 1945 года.
Вернувшись в Грецию Никос Захариадис нашел, что дела в КПГ за время его отсутствия пришли в удручающее состояние. Атмосфера в руководящих партийных органах и среди многих членов партии, как позже вспоминал сам Генсек, характеризовалась духом «полной самоудовлетворенности», а Варкизский договор рассматривался как крупное достижение. Однако, не желая накалять партийную обстановку, Захариадис переговорил о замеченном непорядке с рядом проверенных, старых соратников. В разговоре с ними Генсека прямо-таки трясло от ярости, и он ругал последними словами членов Политбюро Г. Сяндоса, Н. Плумбидиса, X. Хадживасилиу и многих других, обвиняя их в позерстве, чванстве, бестолковщине, трусости и даже ренегатстве.
Кроме того, группировкой непримиримого А. Велухиотиса возвращение Н. Захариадиса было воспринято с надеждой на радикализацию политической линии партии.
Еще во время работы XI пленума партии, Велухиотис обратился в Политбюро с предложением о создании Фронта национальной независимости и боевых Групп национальной независимости (МЕА). «Первостепенное значение имеет национальная борьба, независимость страны. Чтобы убрались иностранцы и, чтобы народу была предоставлена возможность, решать и определять форму государственного устройства. В соответствии с этой линией призываем народ в общий Фронт национальной независимости», — писал яростный революционер в своей записке в Политбюро.[361]
Предложение А. Велухиотиса сильно озадачило и даже напугало членов Политбюро. Делегация компартии во главе с Н. Плумбидисом встретилась с Велухиотисом, одним из основателей ЭЛАС и предложила в обмен на отказ от дальнейшей вооруженной борьбы, организовать для него и бойцов группы МЕА переход в Албанию или Югославию. Велухиотис обещал подумать над предложением, поняв, что руководство КПГ против его предложения о создании Фронта национальной независимости и будет всячески препятствовать деятельности боевой группы. Теперь же, зная о решительном характере вернувшегося Генсека, Арис Велухиотис воспринял духом, надеясь встретить поддержку своих радикальных идей со стороны Н. Захариадиса.