Осенью 40 г. до н. э., около шести месяцев спустя после отъезда Антония, Клеопатра родила близнецов, мальчика и девочку, которых она назвала Александр Гелиос и Клеопатра Селена, Солнце и Луна. Вместе с этим событием она почти полностью исчезает со страниц истории на более чем три года, и нам едва ли что-то известно о ней вплоть до начала 36 г. до н. э. В течение этого времени Клеопатра, вероятно, была сильно занята управлением своим собственным царством и с долей отчаяния наблюдала за ходом непростых событий в римском мире. Вероятно, время от времени до нее доходили сообщения из Европы и Передней Азии о том, как там идут дела, но почти все вести, которые она таким образом получала, разочаровывали и приводили ее в замешательство. Надо полагать, Клеопатра провела эти годы в глубокой печали и унынии. Я не думаю, что какой-нибудь историк предпринимал попытку обратить внимание своих читателей на мучительное состояние разочарованности, в котором теперь оказалась миниатюрная царица. Когда Антоний покинул ее, Клеопатра, должно быть, ожидала, что он либо вскоре вернется к ней, либо пошлет за ней своих людей. Но шли недели, а ничего подобного не происходило. Пока она переживала в одиночестве родовые муки, ее супруг был занят делами, в которых она напрямую не играла никакой роли. И кажется несомненным, что, находясь под давлением своих безнадежных обстоятельств, непоследовательный Антоний почти совершенно выбросил ее из головы.
Когда Антоний оставил весной 40 г. до н. э. Египет, он поплыл прямо через Средиземное море в Тир, где, к своему смятению, узнал, что практически вся Сирия и Финикия уже в руках парфян, и нет никакой возможности помешать их успешному продвижению, и римские войска удерживают лишь немногие оставшиеся в их руках морские порты. Поэтому с двумястами кораблями Антоний поспешил мимо Кипра и Родоса в Грецию, оставив на некоторое время Сирию врагу. Прибыв в Эфес, Антоний узнал подробности беспорядков в Италии: как его сторонники были осаждены Октавианом в Перузии (совр. Перуджа), которая в конце концов была взята, и как все его друзья и родственники бежали из Италии. Ему сообщили, что его жена Фульвия в сопровождении трех тысяч всадников отплыла из Брундизия (совр. Бриндизи) в Грецию и вскоре присоединится к нему там; а его мать Юлия бежала к народному герою Сексту Помпею (незаконному сыну великого Помпея), который принял ее очень тепло. Таким образом, для Антония оказалась закрытой не только Италия, раз Октавиан теперь стал единовластным хозяином в стране, но, по-видимому, и восточные провинции – из-за наступления парфян. Положение Антония было отчаянным, и теперь он, вероятно, и упрекал себя за пустую трату времени в Александрии, и винил своих родственников за их поспешное объявление войны Октавиану.
К концу июня Антоний прибыл в Афины, и там ему пришлось пройти испытание встречей с властной Фульвией, которую здорово побаивался, особенно ввиду всем известной связи Антония с царицей Египта. Последовавшие за встречей беседы между ними, наверное, были очень неприятными. Фульвия, вероятно, резко упрекала своего сбившегося с пути мужа за то, что тот бросил ее и так долго оставался с Клеопатрой; а Антоний, вероятно, сильно ругал Фульвию за то, что она так катастрофически испортила ему его дела в Италии. В конечном счете несчастная женщина, видимо, оказалась сломленной постоянным гневом Антония и впала в уныние. Находясь в Сикионе, расположенном на Пелопоннесе, к западу от Афин, Фульвия заболела и, не имея желания бороться за жизнь, в августе умерла. Тем временем Антоний, заключивший союз с Секстом Помпеем, разорял побережье Италии в тщетных попытках вернуть себе свой утраченный авторитет, но, как только его известили о смерти Фульвии, он возложил всю вину за войну на плечи своей усопшей супруги и быстро замирился с Октавианом. Двое соперников встретились в Брундизии в сентябре 40 г. до н. э., и между ними был заключен договор, который гарантировал Риму мирную жизнь в течение нескольких ближайших лет. Они условились, что Октавиан останется единоличным правителем в Италии и ему достанутся все европейские провинции, включая Далмацию и Иллирик; а Антоний будет хозяином на Востоке, и в его владения будут входить провинции: Македония, Греция, Вифиния (на северо-западе Анатолии), Азия (запад Анатолии), Сирия и Киренаика. Остальные провинции Северной Африки к западу от Кирены достались третьему триумвиру, не игравшему никакой роли, Лепиду. Этот договор был скреплен браком Антония с Октавией, сестрой Октавиана, молодой женщиной, оставшейся вдовой за несколько месяцев до этого. Свадьбу сыграли в Риме в октябре 40 г. до н. э., и население было особенно довольно, видя на улицах столицы двух помирившихся соперников, ссоры которых стали причиной такого кровопролития и бед.