Клеопатра, с другой стороны, была готова ко всем случайностям, и, пока она надеялась каким-то образом найти выход из своего затруднительного положения, она не забывала готовиться к смерти, которую ей, возможно, придется встретить. Вскоре в Александрию пришла весть о возвращении Октавиана в Малую Азию, и Клеопатра, наверное, понимала, что ее шансы преодолеть свои трудности невелики. Поэтому она занялась собиранием коллекции всевозможных ядовитых снадобий и часто ходила в темницу, чтобы там проводить свои эксперименты на осужденных преступниках. Она с волнением наблюдала за агонией пленников, которым она давала различные яды, забраковывая те из них, от которых люди испытывали боли и бились в конвульсиях, и продолжая свои опыты с теми снадобьями, которые предлагали быстрый уход из жизни. Клеопатра экспериментировала и с ядовитыми змеями, подвергая животных и людей их укусам. Плутарх пишет: «Она вполне удовлетворилась тем, что ничто не могло сравниться с укусом египетской кобры [гаи], который, не вызывая судорог или стонов, приводил к тяжелой дремоте и коме с легкой испариной на лице и постепенным притуплением чувств, когда жертва явно не чувствует боли и раздражается, если ее беспокоят или будят, то есть ведет себя как человек, который пребывает в глубоком естественном сне». Клеопатра решила, что, если дойдет до крайности, она лишит себя жизни таким способом. И, уладив этот вопрос, она снова обратила пристальное внимание на проблемы, которые ее осаждали.
К маю Октавиан вошел в Сирию, где ему сдались все гарнизоны. Он послал Корнелия Галла принять командование теми легионами, которые сдались ему в Северной Африке, и эта армия теперь овладела Паретонием, где находился Антоний после своего бегства с места битвы при Акции. Весть о том, что эта пограничная крепость перешла в руки врага, еще не достигла Александрии, но о продвижении Октавиана через Сирию в городе уже было известно, что, вероятно, вызывало там величайшую тревогу. Тогда Клеопатра решила предпринять смелые и достойные действия. К концу мая она отправила своего сына Цезариона вместе с его учителем Родоном вверх по течению Нила в Коптос, а оттуда через пустыню – в порт Беренику, где все корабли, которые она смогла собрать, получили приказ ожидать его. Молодой Цезарь путешествовал, по-видимому, с большой помпой и вез с собой большую сумму денег. Его прибытие в Беренику ожидали в конце июня, и, когда к середине июля купцы, отправлявшиеся в Индию, начали отплывать в свой далекий путь, все было устроено так, что он тоже поплывет с ними в эти далекие земли, чтобы завести дружбу с царями Индии и, быть может, создать великое объединение восточных народов, о котором так часто мечтала Клеопатра. Сама она решила остаться в Александрии, чтобы сначала провести с Октавианом переговоры о сохранении ее трона, а в случае их неудачи – драться с ним насмерть. Мысль о бегстве не приходила ей в голову, и, хотя с материнской заботой она пошла на эти авантюрные меры ради безопасности своего любимого сына, ей, похоже, не приходило на ум уехать вместе с ним на Восток, где она, по крайней мере, могла бы найти временное пристанище. Расставание Клеопатры с Цезарионом, вероятно, было одним из самых горьких событий ее несчастливой жизни. За его безопасность и за его права она боролась семнадцать лет, а теперь необходимо было отправлять его с индийскими купцами через опасные моря в чужие земли, чтобы спасти силы от когтей его удачливого соперника Октавиана, а она сама оставалась, чтобы встретиться с их врагами и сражаться за их общий трон. Ее мысли в те горестные дни снова обращались к памяти отца мальчика, великого Юлия Цезаря, ведь она, наверное, часто смотрела на его портреты или перечитывала письма, которые тот когда-то написал ей. А теперь, когда Клеопатра отправила юного Цезаря в далекое плавание к землям, которые всегда так сильно интересовали его отца, она, наверное, взывала к духу этого человека, которому поклонялся весь римский мир как Божественному Юлию, и в исступлении, вероятно, умоляла его прийти на помощь своему единственному сыну и наследнику.