Реакция синагогальных властей, впрочем, была предсказуема: для этой богословской школы была характерна практика мистического экстаза, в котором человек словно на крыльях воспаряет в духовные высоты и ощущает своё глубокое единство с Богом и посланным им Мессией. В любых религиях мистики подозрительны для ортодоксий, и иудаизм I века не был исключением. По мере развития школы трения и подозрения переросли в отчуждённость, а отчуждённость во враждебность, враждебность, усугублявшуюся к тому же снисходительным (мягко говоря) отношением самих Иоанновых христиан к евреям-нехристианам. Когда же руководители школы произвели философскую рационализацию некоторых мистических откровений, создав понимание Иисуса как воплотившегося Божественного Слова (отчасти под влиянием идей философа Филона Александрийского), терпение истеблишмента лопнуло, и последовало отлучение от синагоги. По мнению синагогальной ортодоксии, Иоанново богословие шло вразрез с основами иудаизма, особенно иудейским монотеизмом.
Проблемы усугублялись ещё и тем, что мистики Иоанновой школы, в молитвенных экстазах постигая волю и учение воскресшего Христа, формулировали эту волю в виде речей Воскресшего, которые почитали даже с большим уважением, чем предания об учении Иисуса земного, исторического. Впрочем, эта практика Иоанновой школы вызывала подчас недоумение не только у еврейского истеблишмента, но и у многих христиан. И в самом деле, дерзновение Иоанновых христиан поразительно: страницы четвёртого Евангелия наполнены речами Воскресшего, которые вложены уже в уста Иисуса земного, не прошедшего через Голгофу! Поэтому далеко не сразу Евангелие от Иоанна получило широкое христианское признание. Споры о его надёжности и авторитетности продолжались до начала III века.
Для историка этот текст представляет серьёзную проблему. С одной стороны, он доносит до нас нечто исключительно важное из учения самого Иисуса, который сам был поэтом и мистиком. С другой стороны, поскольку Евангелие от Иоанна смешивает воедино речи Иисуса земного и откровения о словах Иисуса воскресшего, провести грань между этими двумя видами материалов крайне сложно, а подчас и невозможно. Соответственно, большинство современных историков, соблюдая осторожность, предпочитают вовсе выносить Евангелие от Иоанна за скобки при реконструкции образа Иисуса. В последующих главах мы последуем этой респектабельной академической традиции, обращаясь к текстам Иоанна лишь тогда, когда за мистико-богословской тканью этого произведения просматриваются очертания реальной земной истории.
Большинство из неканонических Евангелий носят поздний и недостоверный характер, однако есть и такие, которые сообщают важные дополнительные сведения. Наиболее ценное из таких неканонических произведений — Евангелие от Фомы. В древности оно было широко известно, потом потерялось. В конце XIX века несколько греческих фрагментов из него были найдены в египетском городе Оксиринхе. В 1945 году возле другого египетского городка (Наг-Хаммади) был найден и коптский перевод всего Евангелия от Фомы. Коптская рукопись относится к IV веку, греческие фрагменты — к концу II века, однако сам текст написан, конечно, раньше.
Евангелие от Фомы создавалось в два приёма. Первая его редакция относится ещё к 60-м годам I века и принадлежит к числу самых ранних христианских текстов. Спустя полстолетия это Евангелие было дописано: к нему добавили ряд новых высказываний Иисуса, причём некоторые уже являлись не точным воспоминанием о том, что Иисус сказал, а философской разработкой его учений. Здесь для историка ещё более остро, чем в случае с каноническими Евангелиями, стоит вопрос: как отличить подлинные слова Иисуса от поздних добавлений?
Евангелие от Фомы вышло из кругов философско-мистической школы, в чём-то близкой Иоаннову кругу (см. выше). Главное отличие состояло в том, что Иоанново направление брало всё больший курс на христоцентризм: иными словами, фигура Иисуса обретала для него центральную значимость. Фомино христианство также глубоко чтило Иисуса, но в нём Иисус мыслился скорее как Учитель. Евангелие от Фомы говорит не столько о божественности самого основателя христианства, сколько о том, как его учение позволяет людям раскрыть сокрытый в них божественный свет, преодолеть внутренние и внешние конфликты и противоречия, сделать Землю более приятным и гармоничным местом для жизни. Открытие его в XX веке позволяет увидеть доселе малозаметные мосты раннего христианства с индийской мистикой. Пропасть между этими мирами, ранее казавшаяся бездонной и непреодолимой, оказалась преодолимой.
