Между тем полк получил приказание выступить к Вильно. Цицианов по пути выгнал из Слонима мятежные банды князя Сапеги, затем командовал всеми войсками, которые штурмовали Вильно, а в августе с одним батальоном быстро перешел в Минскую губернию и у местечка Любавы наголову разбил отряд Грабовского, взяв его самого в плен вместе со всей артиллерией. Подвиги Цицианова так выделились тогда на общем фоне военных действий, что сам Суворов в одном из приказов предписывал войскам «сражаться решительно, как храбрый генерал Цицианов»… Ордена Святого Владимира 3-й степени за Гродно, Георгия на шею за Вильно, золотая шпага с надписью «За храбрость» за поражение Грабовского и полторы тысячи десятин земли за окончание войны были наградами князя Цицианова.
Назначенный императрицей в корпус графа Валериана Александровича Зубова, Цицианов участвовал в Персидском походе и некоторое время был комендантом в городе Баку, где сблизился с Гуссейн-Кули-ханом, сделавшимся впоследствии его гнусным убийцей.
Короткий период царствования Павла Петровича, подобно большей части лиц, отличенных Екатериной, Цицианов провел в отставке. Император Александр снова призвал его на службу, произвел в генерал-лейтенанты и 11 сентября 1802 года назначил инспектором Кавказской линии и главнокомандующим в Грузию. Истомленная борьбой Грузия требовала энергичного, твердого правителя, и в этом отношении выбор Цицианова был безошибочен. С назначением его для Грузии наступают лучшие времена, времена действительной защиты царства русским оружием и полной перемены внутренней и внешней политики, приведшей к покорению всего того, что издавна было враждебно царству и мешало его жизни и правильному развитию. При Цицианове уже не враги разоряют Грузию, а сама Грузия берет в свои руки судьбу окружающих ее народов.
Когда Цицианов прибыл в Тифлис, страна, только что присоединенная к России, была раздираема еще внутренними смутами, во главе которых становился то тот, то другой царевич, домогавшийся сесть на престол Ираклия. Цицианов, сам грузин и близкий родственник царицы Марии, вдовствующей супруги Георгия XIII, урожденной также княжны Цициановой, хорошо знал свою родину и имел то убеждение, что России предстоит одно из двух: или отозвать обратно войска и бросить страну на жертву анархии, или же ввести твердое управление, сообразное с достоинством и нуждами народа, но что в этом случае всех членов грузинской царской фамилии необходимо было выслать из Грузии в Россию.
Получив на то разрешение еще в Петербурге, Цицианов принялся за дело со свойственной ему энергией и настойчивостью. Напрасно царицы притворялись больными, напрасно царевич Вахтанг разыгрывал комедии, бросаясь перед ним на колени: все те, которые не бежали из Грузии, должны были отправиться в Россию. Очередь дошла наконец и до царицы Марии. Она сказалась больной, задумав в тот же день бежать из Тифлиса вместе со своими сыновьями. Цицианов, извещенный заранее о намерении царицы, приказал генералу Лазареву арестовать ее, в то время как генерал Тучков должен был захватить царевичей. Тучков удачно исполнил поручение и в тот же день вывез арестованных в Мцхет, откуда все царское семейство должно было ехать в одном общем поезде. Но не так счастлив был Лазарев. В шесть часов утра 19 апреля он прибыл в дом царицы и объявил ей волю князя Цицианова. Царица приняла его в постели и ответила, что ехать не желает. Тогда Лазарев, оставив при ней одного офицера, сам отправился сделать все нужные распоряжения. Но едва он вышел, как необычайный шум в покоях царицы заставил его вернуться. Там шла ожесточенная борьба: царевич Джабраил и царевна Тамара с кинжалами в руках напали на русского офицера. Лазарев подошел к кровати, на которой лежала царица, чтобы уговорить ее остановить детей, как вдруг в руках самой Марии сверкнул кинжал, и Лазарев, пораженный в бок, мертвым упал на пороге комнаты. Происшествие это наделало тревоги в целом Тифлисе. Все высшие сановники тотчас же съехались к царице, уговаривая ее не противиться воле русского государя, но она ничего не хотела слушать. Тогда полицмейстер Сургунов, завернув свою руку в толстую папаху, решительно и смело подошел к царице и вырвал из ее рук оружие. Царевна Тамара кинулась на помощь к матери с кинжалом в руках, но второпях она промахнулась и ранила самую же царицу в плечо. Царское семейство было арестовано и в тот же день отправлено в Мцхет. Цицианов был справедливо раздражен смертью Лазарева и предписал Тучкову обращаться во время пути с Марией и ее детьми не как с особами царского рода, а как с простыми преступниками.
