А между тем гнев шаха не был потушен кровью Кетевани и молодого Саакадзе, и персидское войско шло на Грузию, предводимое Исаханом. Саакадзе, соединив под своим предводительством войска царя Теймураза, эристава Арагвского Зураба и других князей, 12 июня 1624 года на реке Алгете рассеял Исахановы войска, а вслед за тем с небольшим отрядом разбил и шедшего на помощь Исахану эриванского бека. Но победа неожиданно была вырвана из рук моурава царствовавшим в стране духом смуты и недоверия – наследием недавнего прошлого. В числе погибших на поле сражения был некто Теймураз, князь Мухранский; на этом факте возник темный слух о смерти царя Теймураза, будто бы убитого изменнически, и войска взбунтовались и беспорядочными толпами пошли к Тифлису. Персы как нельзя лучше воспользовались этим случаем: они устремились за толпами грузин, беспощадно истребляя их, и по трупам дошли до самого Тифлиса, где все еще продолжал сидеть в цитадели царь Симон-хан.
Войска грузинского более не существовало, и страна была беззащитна. Но моурав Саакадзе оставался бодр и крепок духом и начал блистательную, наиболее выказавшую его дарования, партизанскую войну. Раз с шестьюдесятью всадниками он бросился на большой отряд персидского войска, спускавшегося с гор, и семьсот персидских трупов осталось на месте. Целый ряд таких подвигов сделал уже самое имя его, как выражается историк, настолько же страшным для персов, насколько силы персов были страшны для Грузии. Исахан боялся рассыпать малые партии, всегда истребляемые моуравом, и замыслил поход с сильным войском в Картли. Узнав об этом, Саакадзе начал обширные приготовления к встрече, устраивая крепкие завалы в теснинах Гартискарских, и, вероятно, успел бы остановить врага, но измена эристава Арагвского, пропустившего через свои владения персидский отряд под предводительством Хосро-Мирзы, сделала бесполезными воздвигнутые моуравом укрепления и изменила шансы войны и победы.
Прошлое, видимо, тяготело над Саакадзе, уничтожая все плоды его личной доблести и военного дарования. Память о зле, сделанном им некогда царям грузинской земли, подрывала при неудачах доверие к нему; и вот в лице пришедшего теперь Хосро-Мирзы он сам же некогда приготовил себе счастливого врага. Было время, когда побочный сын грузинского царя-магометанина, этот Хосро, никем не знаемый и нищий, искал покровительства могущественного при персидском дворе моурава Саакадзе. Последнему пришла в голову мысль приготовить в нем соперника и наследника ненавистному Лаурсабу, уже бывшему в руках шаха, в заключении. И тогда произошло следующее. Однажды у моурава был пир, и он сидел, окруженный персами. Видя входящего Хосро-Мирзу, он поспешно встает, почтительно идет к нему навстречу, просит его занять первое место, а сам садится в почтительной от него дали. Изумленные персы узнают, что то грузинский царевич и наследник престола. Шах-Аббас потребовал к себе еще не известного ему принца крови и почтил его достоинством губернатора города Испагани. Этот-то Хосро-Мирза и является теперь соперником и врагом самого моурава.
Хосро-Мирза с сильным отрядом двинулся на Саакадзе и одолел его огромным преимуществом в числе воинов. Моураву пришлось уступить силе, и снова с небольшим преданным ему войском он начинает свою партизанскую войну. Ряд побед сопровождал его повсюду, но они не могли уже изменить главного хода войны. В сражении в теснинах Ксанских моурав внес в ряды персов такое страшное истребление, что река Ксан покрылась трупами убитых, и кровь окрасила воду, но массы врагов все-таки прошли теснины, и скоро Хосро-Мирза вступил в Тифлис. Картли смирилась.
Но Саакадзе не считал еще своего дела проигранным. Уже не полководец, а «рыцарь, странствующий по развалинам любезного отечества», он с горстью гверельясов продолжает упорную, отчаянную борьбу с ненавистными персами. Сегодня он разбивает отряд их, завтра берет крепость и вырезает гарнизон. В то же время он сносится с турками, прося у них помощи, мирится с эриставом Арагвским и, замышляя обширный план освобождения отечества, пытается привлечь к войне Имеретию, Менгрелию и другие княжества.