Ереси были известны еще с первых веков христианства, и борьба с еретиками началась с того же времени. Иреней, епископ Лионский, живший около 180 г., внес большой вклад в придание юной христианской религии стабильной формы. Его объемистое опровержение фальшивой теологии «Libros Adversus Haereses» («Книга против ересей») с жаром осуждало и обвиняло все отклонения от ортодоксии и издавна известные еретические течения. Их различию, их преступлениям и их заблуждениям он противопоставлял истинность и превосходство христианской церкви, единственной «достойной преданности» и способной даровать спасение, вне которой существуют только еретики, заслуживающие самой жестокой кары.
Одной из злейших форм отклонения, облаченных в христианскую доктрину, была в глазах Иренея теория гностиков. Гностики основывались на личном опыте и на личной связи с Богом; их вера сводила к минимуму роль священников и епископов. Епископ Лионский стремился разрушить гностицизм, отвергая личное общение с Богом в пользу коллективной веры. Так родились теологическая система и совокупность основных принципов, не оставлявшая места личной инициативе. Ей Иреней противопоставлял «католическую», то есть универсальную, церковь, основанную, с одной стороны, на апостольских преданиях, а с другой — на Писании.
Тем не менее ереси не исчезли. Как раз напротив, они продолжали быстро распространяться и после II в., несмотря на все усилия, принимаемые для упрочения юной ортодоксии Иренеем в богословской области и императором Константином в области политической. Но благодаря Иренею христианство стало прочной доктриной с четкой структурой — условие, необходимое для того, чтобы оно выжило и имело успех.
Нельзя не признать, что римское папство с незапямятных времен старалось приспособить тогда еще новое христианское учение к языческим привычкам варваров, выдвигая на первый план обряд и культ. Такое направление, возвышавшее роль и значение духовенства в глазах простого народа, с течением времени все укреплялось так, что обряд заслонил моральную сторону религии. Вера Средневековья — это поклонение реликвиям. Для толпы все божественное заключалось в почитании мощей святых.
Сомнения в благодетельной силе таинств крещения и покаяния, самовольное толкование Библии, отрицание святости образов и мощей, отказ от молитвы и любые умствования рассматривались как проявление ереси.
Еретики указывали на очевидное: что многие священнослужители, включая высший клир и самого папу, не соблюдают те каноны, которые сами проповедуют. Они живут в роскоши, содержат любовниц и многочисленное внебрачное потомство, носят доспехи и оружие, вмешиваются в дела светских правителей. Симония — покупка церковных должностей и даже папского титула — обычное дело среди духовенства.
Иногда сами папы являлись носителями еретических идей. Приближенный, учитель и друг императора Оттона III, папа Сильвестр II — в миру француз Герберт Орильяк, ранее архиепископ Реймсский, поражал своими познаниями в области математики и философии, которыми якобы был обязан дьяволу. Утверждали, что он обнаружил в Севилье гнусную книгу, заключавшую каббалистические формулы, с помощью которых заставил Люцифера повиноваться себе.
Ученик Орильяка, Роберт II, прозванный Благочестивым, второй король из молодой французской династии Капетингов, был кровно заинтересован в усилении влиянии церкви в противовес светским магнатам. Этот монарх отличался редкостной набожностью. Он чувствовал себя в родной стихии на церковных соборах, где осуждались ереси; при нем повсюду звучали духовные песнопения и, «несмотря на его благодушие, во Франции пылали костры и пахло паленым человеческим мясом». Его супруга Констанция собственноручно выколола глаза посохом духовнику короля и своему старому учителю Стефану. Несчастный был объявлен еретиком и окончил жизнь на костре.
Сам Фома Аквинский, которого папы рекомендовали верующим как лучшего представителя истинной богословской философии, не был чужд заблуждений. По крайней мере, в конце XIII столетия строгие ревнители католической ортодоксальности торжественно осудили целый ряд тезисов, заимствованных из его произведений