Теперь карьера Линнея могла бы быть обеспеченной, тем более что Стобеус привлек его к участию в своей медицинской практике и обещал впоследствии передать ее всецело ему. Но в следующем же году Линней покинул Лунд и перешел в другой университет, в Упсалу; его манила туда репутация двух профессоров, Рогберга и Рудбека, преподававших медицину и ботанику, и ботанический сад, принадлежавший университету; кроме того, он надеялся на возможность получить в Упсале королевскую стипендию. Старый друг, доктор Ротман, поддержал его в этом намерении. Посетив на каникулах родительский дом и получив от отца единовременно небольшую сумму денег, Линней перебрался в Упсалу. Отцовские деньги вышли, стипендии он не получил и вскоре впал в крайнюю нужду; у него не было ни обеда, ни сапог, ни платья; он должен был пользоваться помощью товарищей и, получивши в подарок старые сапоги, сам чинил их себе, заделывая дырявые подметки картоном и древесной корой. Теперь уж он жалел, что не остался в Лунде у Стобеуса; отец советовал ему бросить ученье, вернуться домой и, возвращаясь к прежнему плану, поступить в духовное сословие. Находясь в безвыходном положении, Линней решил наконец послушаться отца, но счастливая звезда выручила его и на этот раз. Решение расстаться с университетом было уже окончательно принято, и накануне отъезда он пошел в последний раз в университетский сад проститься со своими любимыми цветами и гордыми мечтами молодости. Он наклонился срезать на память в своей гербарий редкий, только что распустившийся цветок, когда с ним заговорил Олаус Цельзий, соборный священник, ученый богослов и любитель ботаники. Разговорившись с молодым студентом, Цельзий был поражен его огромными ботаническими познаниями и подробным знакомством с ботаническим садом университета; он увидел бедственное положение юноши и узнал о принятом им против воли решении. Судьба опять пришла на помощь Линнею в самую критическую минуту: Цельзий радушно предложил студенту поселиться у него в доме, пока не устроятся его дела. Можно себе представить, какими глазами посмотрел Линней на Цельзия и на свой любимый ботанический сад, который был так неожиданно вновь возвращен ему.
Теперь самый критический период жизни Линнея миновал; хотя ему и приходилось еще переносить и неудачи, и лишения, но ни разу уже не пришлось сворачивать с пути, по которому он стремился.
Мало-помалу его дела пошли на лад. Новый покровитель Линнея, Цельзий, работал над ученым, духовно-ботаническим сочинением «Hierobotanicum»; это должен был быть трактат обо всех растениях, названия которых встречаются в Священном Писании. Линней стал помогать ученому автору в собирании литературных справок по этому сочинению. Вскоре у него нашлись частные уроки, и он смог наконец на свои собственные деньги купить себе башмаки и нужное платье.
В это время Линней впервые выступил с самостоятельным научным рассуждением: по поводу одной диссертации, защищавшейся в Упсальском университете, он написал небольшую статейку о поле растений. В ней уже находились зародыши тех идей, которые впоследствии привели его к новой системе растительного царства. Цельзий прочитал его рукопись и передал ее Рудбеку, профессору ботаники и медицины; Рудбек обратил внимание на большие сведения и самостоятельные взгляды, которые обнаружил молодой студент в своей статье, и стал принимать в нем такое же участие, как Цельзий. Он пригласил Линнея давать уроки своим сыновьям, разрешая пользоваться для занятий своей библиотекой.
В 1730 году Рудбек по старости лет решил передать кому-нибудь часть своих лекций, и выбор его остановился на Линнее. Факультет произвел ему испытание и одобрил его, хотя профессор Рогберг и считал рискованным «делать доцентом студента, не пробывшего еще трех лет в университете». Но опасения его были напрасны: Линней стал исполнять свои новые обязанности с полным успехом. Кроме лекций, он предпринимал со своими слушателями ботанические экскурсии: на эти практические занятия у него явилось много желающих, и он стал получать порядочное вознаграждение.
