В политическом отношении Директория унаследовала структуры власти Временного Сибирского правительства, фактически преобразованного (с 4 ноября 1918 г.) в Совет министров при Директории.
Наряду с другими министерствами было образовано МВД, в состав которого вошел Департамент милиции (ДМ). Первоначально милиция, как и при Временном правительстве России, находилась в ведении местных выборных органов самоуправления (земских и городских). Однако практика показала, что эффективность «силовых» правоохранительных структур была значительно выше до революции, когда их система была централизованной. Поэтому уже 8 августа 1918 г. постановлением Временного Сибирского правительства был образован Департамент милиции в составе МВД, в руках которого и сосредоточилась милицейская деятельность. В его состав вошли: канцелярия (состоявшая из стола общей переписки, стола личного состава, регистратуры, бухгалтерии и экзекуторской части); 4 отделения: I — инспекторское, II — общих дел, III — финансовое и IV — наградное; и 4 отдела: юридический, уголовный, городской и железнодорожный>{76}.
Судя по этому документу, функция политического розыска на ДМ первоначально не возлагалась.
К концу 1918 г. ситуация на Восточном фронте складывалась не в пользу белых армий. Они оставили Ижевск и готовились к обороне по Уральскому хребту. Большевики собирали силы для удара по северному флангу. После капитуляции Австро-Венгрии чехословаки потребовали их отправки домой. Фронт оказался под угрозой развала. Спасти критическое положение демократическая власть оказалась не в состоянии. В ночь на 18 ноября 1918 г. в Омске восстало сибирское казачество, требуя отставки Директории и установления сильной власти. Офицеры и казаки арестовали левое крыло Директории — Н.Д. Авксентьева, В.М. Зензинова и А.А. Аргунова. Премьер-министр П.В. Вологодский созвал экстренное заседание Совета министров, на котором было принято решение передать руководство военному диктатору. Согласно принятому «Положению о временном устройстве власти в России», эта власть передавалась военному и морскому министру вице-адмиралу А.В. Колчаку, провозглашенному Верховным правителем и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России и произведенному в «полные» адмиралы>{77}. После прихода к власти адмирала А.В. Колчака вся реальная политическая, административная и даже судебная власть сконцентрировалась в руках военных. Верховный правитель в своем воззвании «К населению России» от 18 ноября 1918 г. главной своей целью поставил «создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка»>{78}. А.В. Колчак считал, что военная власть, которую он возглавляет как Верховный главнокомандующий вооруженными силами России, имеет верховенство над гражданской. Иной точки зрения придерживался председатель Совета министров П.В. Вологодский, указывавший на ограниченный характер власти Верховного правителя, т.к. ни один приказ, ни одно распоряжение не претворялись в жизнь, прежде чем не проходили через Совмин>{79}.
В конце ноября 1918г., когда фронт проходил по линии восточнее Новодзенска, Бузулука, Бугульмы и по Верхнему Уралу, обнаружились недостатки военного управления. Адмирал А.В. Колчак и его окружение понимали, что для достижения победы над противником важна четкая организация руководства войсками, и начали реорганизацию армии.
В ходе реорганизации были проведены разграничения функций управлений и отделов штаба ВГК. Так, КРО из управления 1-го генерал-квартирмейстера передали в управление 2-го генерал-квартирмейстера, а 29 ноября 1918 г. на его базе сформировали центральное отделение военного контроля (ЦОВК), которое вошло в состав разведывательного отдела>{80}. Возглавивший ЦОВК полковник Н.П. Злобин своим приказом обязал находившихся в его подчинении начальников отделений нижестоящих штабов докладывать все добытые ими сведения начальникам штабов и генерал-квартирмейстерам. Однако данный приказ вызывал противодействие со стороны руководителей военно-контрольных отделений и пунктов, сформированных капитаном И.И. Зайчеком.