Статья II. Завтра, 13 июня, форт Риккацоли, замок св. Эльма, укрепления городов Валетты, Флорианны и всех других будут переданы в полдень французским войскам.
Статья III. Сегодня, в 10 часов утра, французские офицеры явятся к великому магистру, чтобы получить у него приказы комендантам различных портов и укреплений, которые должны быть переданы французам. Их будут сопровождать мальтийские офицеры. Офицеров будет столько, сколько будет передано фортов.
Статья IV. Такие же меры, как означенные выше, будут приняты в отношении фортов и укреплений, подлежащих передаче французам завтра, 13 июня.
Статья V. Одновременно с передачей фортификационных сооружений будет осуществлена передача артиллерии, складов и документов инженерных войск.
Статья VI. Находящиеся на острове войска Мальтийского ордена смогут оставаться в занимаемых ими казармах впредь до иного распоряжения.
Статья VII. Адмирал, командующий французским флотом, назначит офицера, который примет сегодня корабли, галеры, суда, склады и прочее имущество военно-морского флота Мальтийского ордена".
Обнародование этого соглашения о капитуляции успокоило умы, положило конец мятежу и восстановило порядок. Наполеон написал епископу Мальты, чтобы успокоить священников, которые были сильно встревожены:
"Я с подлинным удовлетворением узнал, господин епископ, о вашем хорошем поведении и приеме, оказанном вами французским войскам при вступлении их в Знатный Город. Вы можете заверить ваш клир, что римско-католическая апостольская вера не только будет уважаться, но и что священникам этой религии будет оказываться особое покровительство... Я не знаю человека более почтенного и заслуживающего уважения, чем священник, который, проникшись подлинным духом Евангелия, уверен в том, что долг его требует послушания светской власти и поддержания мира, спокойствия и единения среди своей паствы... Я желаю, господин епископ, чтобы вы тотчас же явились в город Ла-Валетта и своим влиянием поддержали порядок и спокойствие среди народа. Я сам отправлюсь туда сегодня вечером. Сразу же по прибытии моем в город вы представите мне всех священников и руководителей монашеских орденов... Будьте уверены, господин епископ, в моем желании дать вам доказательства уважения и почтения, которые я питаю к вашей особе".
IX. 12-го, в 8 часов утра, порты и форты Мальты были переданы французским войскам. Было объявлено, что назавтра прибудет главнокомандующий. Но в час пополудни он высадился инкогнито, обошел крепостные стены, побывал во всех фортах и явился с визитом к великому магистру, чем сильно его озадачил. 13-го на рассвете эскадра вошла в порт. Это было великолепное зрелище. Триста судов встали на якорь без всякого беспорядка. В этом прекрасном порту могло разместиться втрое большее число судов. Склады Мальты были заполнены. На рейде стоял 64-пушечный линейный корабль ордена и еще один находился на стапелях. Чтобы увеличить количество легких судов флота, адмирал забрал две полугалеры и две шебеки. Он взял на эти суда матросов, служивших ордену. Триста турок, находившихся в качестве невольников на каторге, приодели и распределили по линейным кораблям. За армией последовал легион, составленный из батальонов, названных мальтийскими. Он был сформирован из солдат, служивших ордену. На службу поступили также гренадеры гвардии великого магистра и несколько рыцарей. Некоторые жители, говорившие по-арабски, пожелали быть прикомандированными к генералам и различным учреждениям.
Три роты ветеранов, составленные из всех старых солдат ордена, были отправлены на Корфу и на Корсику. В крепости имелось 1200 пушек, 40000 ружей, 1 миллион фунтов пороха. Начальник артиллерии велел погрузить на суда все, что он счел нужным для пополнения и укомплектования материальной части. Эскадра запаслась водой и продовольствием. Склады ржи были очень велики, их содержимого хватило бы городу на три года. Фрегат "Сансибль" отвез во Францию трофеи и несколько редкостей, которые главнокомандующий отправил правительству. Генерал Барагэ д'Илье, который в силу непостоянства своего характера пожелал вернуться в Париж, получил разрешение на отъезд, причем ему было поручено доставить штандарт ордена. Все мальтийские рыцари - французы и итальянцы - получили паспорта для въезда во Францию в в Италию. По условиям капитуляции все остальные эвакуировались с острова. К 18 июня на Мальте не оставалось больше ни одного рыцаря. Великий магистр 17-го отплыл в Триест. Найденная в казнохранилище серебряная посуда стоимостью. в миллион была по прибытии в Каир перечеканена в монету.