Мурад-бей произвел несколько атак в надежде восстановить связь со своим лагерем и облегчить отход находившимся в нем войскам. Все эти атаки не удались. К ночи он отступил и приказал поджечь флот. Нил тотчас же запылал. На этих судах находились сокровища Египта, которые погибли, к большому сожалению армии. Из 12 000 мамлюков только 3000 во главе с Мурад-беем отступили в Верхний Египет; 1200, которые оставались с Ибрагим-беем для обороны Каира, впоследствии отошли в Сирию; 7000 нашли свой конец в сражении, столь гибельном для этого храброго ополчения, которое никогда уже не поднялось вновь. Трупы мамлюков несколько дней спустя доставили весть о победе французской армии в Дамиетту, Розетту и деревни Нижнего Египта. В начале сражения Наполеон сказал своим войскам, указывая им на пирамиды: "Солдаты, сорок веков смотрят на вас". Увидев, что сражение проиграно, арабы по своему обыкновению удалились и рассеялись в пустыне.
Если бы французская флотилия смогла прибыть вовремя, удалось бы достигнуть более решительного успеха. Она взяла бы пленных и спасла бы часть грузов. Весь день она слышала канонаду с поля сражения. Северный ветер заглушал эти звуки. Но к вечеру, когда ветер стих, огонь пушек усилился, стало казаться, что артиллерийский огонь продолжается. Команды судов решили, что сражения проиграно. Их вывело из заблуждения только большое число турецких трупов, которые нес Нил.
Главная квартира прибыла в Гизу в 9 часов вечера. На красивой даче Мурад-бея не оставалось ни одного раба. Ничто в ее внутренней планировке не напоминало дворцов Европы. Тем не менее офицеры с удовольствием взирали на этот хорошо меблированный дом, диваны, обитые лучшими лионскими шелками с золотой бахромою, следы роскоши и искусств Европы. Сад был полон прекраснейших деревьев, но в нем не было ни одной аллеи. Большой виноградник с самыми лучшими ягодами на лозах оказался драгоценным ресурсом. Слух о нем распространился по лагерю, и солдаты массами устремились туда; сбор винограда был произведен быстро. Дивизии, взявшие лагерь Эмбаба, имели теперь в изобилии все: они нашли там вещи беев и киашифов, буфеты, полные варенья и сладостей. Ковры, фарфор, серебряная посуда оказалась там в большом количестве. Всю ночь на фоне огненного вихря, бушевавшего на объятых пламенем 300 египетских судах, вырисовывались минареты Каира. Отблески пламени отражались даже на гранях пирамид. В дни, последовавшие за сражением, солдаты занимались вылавливанием трупов; на многих из них находили по 200-300 золотых монет. Французская армия потеряла 300 человек убитыми и ранеными. Противник потерял убитыми, ранеными, утонувшими или пленными 10000 мамлюков, арабов, янычар, азабов и т. д.
VII. На рассвете дивизия Виаля перешла на остров Руда, выделив один батальон на мекиас. Стрелки переправились через канал и укрепилась на даче Ибрагим-бея. Дул сильный северный ветер, но флотилия не появлялась. Наконец, контрадмирал Перрэ дал знать, что на него нельзя больше рассчитывать, что суда сели на мель, что он сможет прибыть только тогда, когда уровень Нила поднимется на фут. Это было крайне неприятно. В Каире было очень тревожно. Часть населения грабила дома беев, ставшие французской собственностью; другую часть его усиленно обрабатывал Ибрагим-бей, который стремился внушить жителям смелость и волю к сопротивлению. Но каирское ополчение было разбито так же, как и мамлюки в битве у пирамид; в нем участвовали все жившие в городе мужчины, которые смогли добыть оружие. Они впали в уныние и были обескуражены. Французы казались им больше чем людьми.
Письмо паше, написанное в Александрии и переведенное на арабский язык, распространялось по городу. К улемам и шейхам мечети Аль-Азхар был направлен драгоман. Они собрались, взяли на себя управление городом и решили подчиниться. Ибрагим-бей и паша удалились в Бирка-аль-Хаджи. Депутация шейхов во главе с кахья паши явилась в Гизу. Она уверилась в милосердии победителя. Город с величайшим беспокойством ожидал ее возвращения. Депутация была обрадована оказанным ей приемом и добрыми намерениями султана Кебира. Генерал Дюпюи прибыл в Каир в качестве военного коменданта, вступил в управление цитаделью и важнейшими позициями. Он велел расклеить следующую прокламацию главнокомандующего: "Жители Каира, я доволен вашим поведением... Я пришел, чтобы уничтожить род мамлюков, защищать торговлю и коренных жителей страны. Пусть все, кто охвачен страхом, успокоятся; пусть те, кто удалился, вернутся. Пусть моление происходит сегодня, как обычно... Не бойтесь за свои семьи, дома, имущество и особенно за религию пророка, которого я люблю... Будет созван диван из семи лиц, которые соберутся в мечети Вер..."