Армия нуждалась в лошадях для своей кавалерии, верблюдах для перевозки материальной части и продовольствия. Ресурсы, которые могла предоставить Александрия, были незначительны. Одни только арабы Бехейры могли удовлетворить все нужды. С другой стороны, важно было завоевать их симпатии, чтобы предохранить коммуникации и тылы армии. Кораим направил им на дромадерах свободные пропуска. Он был их покровителем, и они поспешили явиться на его зов. 4 июля 30 шейхов племен хенади, аулад-али и бениаунус прибыли в главную квартиру. Вид этих людей пустыни возбудил любопытство солдат, а все, что они видели во французской армии, - возбуждало большое любопытство в них самих. Они прикасались ко всему. Они подписали договор, по которому обязались держать открытой дорогу из Александрии в Даманхур даже для отдельных лиц; представить в 48 часов 300 лошадей по цене в 240 ливров и 500 дромадеров по цене в 120 ливров; сдать в наем 1000 верблюдов с погонщиками; вернуть всех взятых ими пленных. Они ели и пили вместе с главнокомандующим. В качестве задатка и в подарок им была выдана тысяча луидоров. Армия поздравила себя с этим счастливым событием, которое казалось и счастливым предзнаменованием. Назавтра они вернули 12 солдат, взятых ими в плен, представили 80 лошадей и сотню верблюдов. Остальных они обещали сдать в ближайшие дни.
Между тем эскадра все еще не входила в порт, оставаясь в открытом море. Турецкие лоцманы отказались провести в порт 74-пушечные линейные корабли и тем более 80-пушечные. Капитану Баррэ было поручено проверить фарватеры и произвести промер глубин. Однако поскольку корабли эскадры были загромождены большим количеством артиллерии и прочего армейского имущества, адмирал пожелал стать на якорь на абукирском рейде, чтобы освободиться от него и облегчить корабли. Он указывал на то, что под парусами на это потребуется неделя, а на якорной стоянке он сделает все за 3 дня. Между тем 13 июля капитан Баррэ представил свой рапорт. Он заявил, что эскадра может входить без всяких опасений. Наполеон немедленно послал адмиралу соответствующий приказ. Но рапорт капитана Баррэ подвергся критике. Адмирал собрал своих контр-адмиралов и капитанов 1 ранга. Этот военно-морской совет решил, что необходима проверка. Между тем главнокомандующий покинул Александрию и направился в Каир. Отбывая, он послал адмиралу повторный приказ войти в порт Александрии; если же это будет признано невозможным, он должен идти на Корфу и получить там приказ французского посланника в Константинополе; если же такого приказа не оказалось бы, ему надлежало идти в Тулон и взять там под свою охрану готовившийся к выходу в море конвой, на котором находилось 6000 человек, отставших от своих полков по причине болезни или отпуска, в связи с быстротой и секретностью движения войск к Тулону.
Генерал Клебер, нуждавшийся в отдыхе для лечения своей раны, был оставлен в Александрии в качестве коменданта города и провинции, с гарнизоном в 8000-9000 человек. Полковник Кретэн, один из лучших офицеров инженерных войск, получил инструкцию относительно фортификационных сооружений крепости. Имелось много препятствий; он преодолел их все и за несколько месяцев соорудил форты на трех господствующих высотах; в этой работе он применил все секреты своего искусства. Марабут, Фарос и подступы к портам были защищены батареями 36-фунтовых пушек и дальнобойных мортир. С тех пор всякий раз, как англичане пытались к ним приблизиться, им приходилось в этом раскаиваться.
III. Армия двинулась на Каир. Она состояла из шести дивизий под командой генералов Дезэ, Ренье, Бона, Дюгуа и Виаля; резерва в 2600 человек под командой генерала Мюрата и двух бригад спешенной кавалерии численностью в 1500 человек каждая, под командой бригадных генералов Зайончека и Андреосси. Пешая и конная артиллерия состояла из 42 пушек, 4 кузниц, 6 запасных лафетов, 50 зарядных ящиков, запряженных 500 лошадей или мулов; остальные боеприпасы были навьючены на мулов. Общая численность составляла 21 000 человек всех родов войск.
Контр-адмирал Перрэ, отважный моряк из порта Сэн-Валери-сюр-Сомм, взял на себя командование Нильской флотилией, состоявшей из двух полугалер, трех полушебек, четырех посыльных судов и шести вооруженных джерм, то есть из пятнадцати судов с командами из французских моряков общей численностью 600 человек. Нельзя было терять времени, чтобы вступить в столицу, воспользовавшись первым моментом растерянности и не дав противнику вооружить и укрепить этот большой город. 5 июля генерал Дюгуа двинулся на Розетту со своей дивизией и обеими бригадами спешенной кавалерии. Контр-адмирал Перрэ с флотилией отправился к озеру Мадия, чтобы переправить через него войска. 6-го генерал Дюгуа, следуя берегом моря, достиг устья Нила и овладел фортом Жюльен в то самое время, как контр-адмирал Перрэ прошел богаз и бросил якорь перед Розеттой. Генерал Мену принял на себя командование в этой провинции. Его рана требовала отдыха. В качестве гарнизона ему был оставлен батальон пехоты, артиллерийская батарея без упряжек, пятьсот спешенных кавалеристов с седлами, которых он должен был обеспечить лошадьми, и, наконец, два вооруженных судна. Контр-адмирал Перрэ собрал баржи, необходимые для погрузки бригад спешенной кавалерии, их седел и обоза, продовольствия и боеприпасов. Он взял этот конвой под свою охрану. 9-го он отплыл из Розетты и поднялся вверх по Нилу. Генерал Дюгуа со своей дивизией следовал за ним, поднимаясь по левому берегу.