Но вскоре пришли годы средневековья с идеологической ненавистью и разрушительным разграблением камней, кирпичей и плиток. От великолепных августовских строений мало что осталось бы, если бы не описания историков и не кропотливые восстановительные работы археологов. Из пятидесяти древних герм из чёрного мрамора, что украшали святилище Аполлона, например, откопали три. Сейчас они выставлены в унизительном полумраке в маленьком зале неподалёку от этого места вместе с другими убогими остатками. От гигантской статуи бога остались лишь уложенные в кучу мраморные фрагменты, ожидающие возможного восстановления. Громада дворца Тиберия, лишённая всего мрамора, колонн, стен на верхних этажах, много веков оставалась в запустении под беспорядочной массой деревьев и кустов. На развалинах построили множество монастырей и церквушек. В эпоху Возрождения наступили дни псевдоархеологических изысканий, а по сути расхищений. В погребённых под завалами и зарослями ежевики стенах стали проделывать варварские проломы, чтобы проникнуть в огромный подземный лабиринт сообщающихся между собой дворцов. И долгое время администрация понтифика продавала «спасённые строительные материалы». В XVI веке Папа Павел III Фарнезе снёс часть дворца Тиберия и построил там виллу с парком, который в честь своей фамилии назвал Horti Farnesiani (сады Фарнезе), а в 1731 году они по брачному наследству перешли к неаполитанским Бурбонам. Бурбоны же не нашли ни времени, ни желания заниматься виллой и парком, и те окончательно пришли в упадок. В 1861 году Наполеон III купил себе вершину Палатина за скромную цену в 50 000 скудо. Только в 1870 году молодое итальянское государство после терпеливых конфискаций и покупок парка, монастырей и разных вилл смогло начать на императорских холмах первые неуверенные попытки археологических раскопок.
Озеро Неморенсис (Неми). В 1840 году английский художник Джон Тёрнер спустился по узкой извилистой тропе к озеру и с романтической сентиментальностью написал развалины огромной пещеры, одеон и полузадушенные зарослями ежевики скульптуры. Изучение таинственных руин затруднялось, кроме прочего, ещё и фантастической легендой, которой английский адвокат Джеймс Фрейзер со страстью этнолога и мифолога посвятил много страниц. Там говорилось, что в древние времена беглый раб мог найти спасение в этой роще, окружавшей озеро, если бы, отломив золотую ветвь священного дерева, принял кровавый поединок с местным жрецом и вышел победителем. Это казалось бессмысленной и грубой сказкой. Но деревенская сказка о поединке, возможно, скрывала историю о каких-то древних отчаянных восстаниях рабов.
Однако вокруг озера во времена упадка империи и в средние века сохранялась запутанная народная память о двух затонувших кораблях. Самой истории никто не знал, знали только, что внизу лежат реликты, потому что рыбацкие сети не раз вытаскивали на поверхность балки, обломки плит и мрамора.
В эпоху Возрождения к загадочному озеру пробудилось внимание учёных. После веков глухого пренебрежения они начали понимать, что всё рассказанное о величии имперского Рима древними книгами — ничто по сравнению с действительностью, погребённой под землёй: руинами, колоннами, статуями, могилами, драгоценностями. И многие с остервенением стали выискивать корабли и строить планы, как их поднять. Ни у кого ничего не вышло. Собрали только несколько разрозненных, хотя и прекрасных фрагментов мебели.
В XIX веке начались изыскания не обременённых предрассудками антикваров и авантюристов-водолазов. Из воды достали бронзовые изделия искуснейшей работы, оконечности брёвен и кольца кормил, статуи и неразрешимо загадочные предметы, которые в конце концов оказались в музеях Лондона, Ноттингема, Парижа, Берлина и даже в России, в Эрмитаже. Кое-что после споров осталось в Римском Национальном музее. С остатков кораблей крюками и верёвками содрали большое количество прекрасной резной древесины, и вся она впоследствии попала в ватиканские музеи, Киркерианский музей в Сант-Игнацио и во дворец одного представителя семейства Торлонья, сделавшего из этой древесины мебель. А поскольку многие тяжёлые брёвна остались гнить на берегу под солнцем и дождём, кто-нибудь наверняка воспользовался ими как дровами.