Тогда больная сестра обратилась к Н. Н. с просьбой об исповеди и Причастии.
Она не говела сорок лет. Просьбу больной Н. Н. выполнил сам, и видения прекратились. В душе больной совершился перелом: она стала добра и кротка со всеми. Стала ласкова. [Эта перемена чрезвычайно поразила домашних и всех знавших ее.] Н. Н. рассказывал, что после Причастия она рассуждала с ним о том, что если бы это галлюцинации были, то почему же они сразу прекратились после Причастия Святых Тайн и повторялись несколько раз до него? Ум ее работал до последнего вздоха. Она сказала, что если бы она выздоровела, то первая ее дорога была бы в церковь, в которой она не была сорок лет. Сознание у нее было ясное, и она много думала и говорила: “Каждый человек должен умереть в вере отцов!”»
Эту историю рассказывал и сам батюшка, но передавал только следующие слова старцев: «У вас в доме есть священник, обратись к нему». Вероятно, были сказаны и те, и другие слова, но батюшка умолчал об одних, а Е. В. забыла или ей не были переданы другие.
С открытием церквей батюшка приступил к священнослужению. В 1944 году епископом Калужским Василием он был назначен настоятелем Благовещенской церкви города Козельска, где и служил до 1948 года.
Здесь он жил на квартире у одних монахинь и вел очень аскетичный образ жизни. По воспоминаниям многих, общавшихся с ним в этот период, он был невероятно истощенным. Батюшка все свое свободное время проводил в чтении слова Божия, молитве и изучении святых отцов. Проповеди батюшки были всегда глубоко духовными и отличались особой силой и убедительностью. Это привлекало к нему верующих.
Отец Никон имел духовное общение с жившим в Козельске старцем — иеросхимонахом Мелетием (Барминым; †12 ноября 1959), последним духовником Шамординской обители. Это был человек святой жизни, особый, исключительный. Старец Мелетий был последним постриженником преподобного Амвросия Оптинского, который постриг его в 1891 году, в год своей кончины.
Отец Мелетий также какое-то время провел в лагерях. Он был большим молитвенником, отличался крайним безмолвием, был очень немногословным. Спросят его: «Батюшка, ну как жить?» А он отвечает: «Всегда молитесь», — и все. Вокруг него царил особый благодатный мир, покой. Человек, пришедший к нему на исповедь расстроенным, умиротворялся.
С отцом Мелетием общался и отец Рафаил, и другие священники; у него окормлялись шамординские сестры, которых было очень много в Козельске; множество людей приезжало к нему из других мест. Отец Мелетий скончался в глубокой старости, ему было около 96ти лет. Могила его находится в Козельске.
В 1948 году отца Никона переводят в город Белев, затем в город Ефремов, далее — в Смоленск. Из Смоленска епископом Сергием он в том же 1948 году был направлен в захудалый в то время приход — в город Гжатск. Батюшка так и говорил: отправили в ссылку. Очень не понравилось ему здесь сначала. Неприветливо встретили его. Трудно было и в материальном отношении.
Денег он вообще никогда не имел, так как раздавал их. Имущества у него не было никакого. В Гжатск он приехал, имея старую теплую рясу одного оптинского иеромонаха, столь же старый теплый подрясник, который он через некоторое время сжег ввиду полной его ветхости, летнюю рясу с двумя-тремя подрясниками и книги. Вот и все его имущество, если не считать еще двух-трех алюминиевых столовых приборов. Он никогда не придавал значения всем этим внешним вещам. Точнее же сказать, он был решительным противником всякой роскоши, красивости, мягкости и т. п., ибо видел во всем этом материал для развития в человеке тщеславия, праздности и самолюбия. Его одежда всегда была сшита из простого материала самой обычной портнихой и поэтому выглядела иногда довольно неуклюже. Но он был этим доволен.
Батюшка любил рассказывать следующий эпизод из жизни преподобного Пахомия Великого. Когда в одном из монастырей, над которыми преподобный начальствовал, братия поставила очень красивые ворота и с восторгом стали показывать их преподобному Пахомию, тот приказал привязать к верху ворот веревки и тянуть до тех пор, пока ворота не перекосились. Братия огорчилась, но преподобный ответил, что монаху нельзя привязываться к тленным вещам. Батющка всегда и во всем строго придерживался этого правила.