На освободившиеся должности назначили М.Ф. Фрунзе — креатуру Зиновьева. Вскоре Михаил Васильевич совместил еще два ответственных поста — начальника штаба РККА и начальника Военной академии РККА. Был образован новый состав Реввоенсовета. Председателем пока оставался Троцкий, но совет оказался значительно «оздоровлен» его оппонентами: С.М. Буденным, К.Е. Ворошиловым, Г.К. Орджоникидзе, С.С. Каменевым, М.М. Лашевичем, М.Н. Тухачевским.
В апреле чекист И.С. Уншлихт возглавил Управление начальника снабжений РККА. В мае убежденного троцкиста Н.И. Муратова на посту командующего войсками Московского военного округа сменил Ворошилов. Комиссия под председательством Бубнова провела чистку преподавательского состава академий и вышвырнула в отставку 199 «чуждых Советской власти или не имеющих достаточного профессионального уровня элементов».
На IX-й Всекрымской областной партийной конференции новый начальник ПУР продемонстрировал, что твердо вернулся «на ленинские позиции» и доверие оправдывает. Критикуя компромиссное решение крымских коммунистов, посчитавших антитроцкистскую кампанию внутренними московскими делами, Бубнов заявил: «Вы оправдали этим оппозицию и обвинили руководящих товарищей, то есть основную группу ЦК партии… Троцкизм надо бить беспощадно и прямо».
Одновременно правящая тройка урезала финансирование военных расходов. Армия буквально нищенствовала. Реввоенсовет сообщал, что «ассигнования, произведенные на армию на февраль и на март, ставят армию в совершенно тяжкое положение, еще более ухудшающее ее нынешнее положение». В ответ правительство выражало намерение еще более сократить военный бюджет даже «за счет значительного сокращения боеспособности Красной Армии в течение летнего периода».
В августе Реввоенсовет принял специальное постановление, в котором говорилось, что сокращение сметы до 380 млн. рублей неизбежно приведет к сокращению численности армии, а «армия такой численности, т.е. ампутированная на 1/3, ни в коем случае не может отвечать задачам обороны, имея в виду реальные силы возможных врагов». Правительство отвечало, что «дело не в порядке выдачи ассигновок и не в недостатке кредитов, а в организационной стороне дела, в дефектах организационного характера». Мол, не умеете вести хозяйство. Пришлось 610-тысячные вооруженные силы сократить еще на 50 тысяч человек.
Все это делалось несмотря на то, что НЭП позволил в значительной степени восстановить экономический потенциал страны, и 1924 год оказался в этом смысле весьма удачным. То есть развал армии в условиях роста экономики диктовался исключительно логикой внутрипартийной борьбы. Сразу после устранения Троцкого деньги на армию нашлись.
Работа по вытеснению сторонников Троцкого из военного ведомства приняла массовый характер в ходе одного из основных мероприятий военной реформы — введения единоначалия. Ряд видных полководцев — Федько, Фабрициус, Лацис, Дыбенко, Якир, Вострецов… — вдруг обратились в Центральный Комитет партии с докладной запиской «Об итогах строительства Красной Армии к 6-й годовщине ее существования». В ней они утверждали, что в войсках выросло достаточное количество преданных Советской власти командиров, способных обойтись без опеки комиссаров, превратившихся в тормоз военного строительства и занимавшихся в основном склоками и доносами. Ну, писать доносы — самая прямая комиссарская обязанность, но властные их полномочия решили слегка ограничить.
Сталин переадресовал письмо Бубнову. Тонкость момента была в том, что буквально за год до этого именно Андрей Сергеевич принципиально возражал против приказа Реввоенсовета № 511, допускавшего отсутствие комиссара даже при беспартийном начальнике и тем самым «неоправданно сужавшего роль комиссаров в Красной Армии». Партии тогда пришлось поправить преждевременную инициативу товарища Троцкого. Однако теперь — совсем другое дело!
Подумав, Бубнов предложил не форсировать введение единоначалия, а растянуть процесс во времени, не оказывать всем командирам огульное доверие, а подходить к каждому индивидуально, в зависимости от уровня подготовки. Заодно переаттестовать весь командный и политический состав. А еще заодно, как выяснилось, и пересчитать, поскольку обобщенными сведениями о численности командиров, как и системой учета личного состава в армии, Штаб РККА не располагал.